Маюцца звесткi, што войска ордэна прымала ўдзел у вайне з мангола-татарамi ў 1240-1241 гг., але не вельмi ўдала.Татары разбiлi аб'яднаныя хрысцiянскiя войскi ў 1241 г. пад Лягнiцай, у баi быў паранены прускi ландмаршал.
У саюз з прусамi супраць ордэна ўвайшоў паморскi князь Святаполк. Вiдавочна, ён першы зразумеў, што пасля заваёвы паганаў-прусаў прыйдзе чарга i да суседнiх хрысцiянскiх земляў. Пасля непрацяглай, але кровапралiтнай вайны ордэн з дапамогай польскiх князёў перамог. Па мiрнай дамове ў 1242 цi 1243 г. Святаполк абавязаўся дапамагаць крыжакам ва ўсiх войнах з паганамi. Аднак праз непрацяглы час князь, аб'яднаўшыся з прусамi Судовii, спустошыў Хэлмiнскую зямлю i разбiў крыжацкае войска, пры гэтым загiнуў прускi маршал. Святаполк патрабаваў вярнуць яго сына, якi знаходзiўся ў руках ордэна як закладнiк. Браты-рыцары адмаўлялiся, заклiкаючы князя скарыцца. Святаполк збудаваў на востраве пасярод Вiслы замак Зантыр i перакрыў крыжакам водны шлях. У ходзе новай вайны ордэн з дапамогай крыжакоў з Германii i Польшчы зноў узяў верх. Святаполк быў змушаны ў 1246 г. заключыць мiр, абавязацца парваць адносiны з прусамi, дапамагаць у барацьбе з паганствам, сына пакiнуць у закладзе. Аднак i гэтая сутычка была не апошняй. Толькi ў 1248 г., вычарпаўшы свае сiлы, Святаполк пры пасрэднiцтве папскага легата заключыў мiрную дамову.
Браты-рыцары таксама з дапамогай легата 7 лютага 1249 г. увайшлi ў пагадненне з новахрышчанымi прусамi з Памеранii, Вармii i Натангii. Мясцовыя хрысцiяне атрымлiвалi пэўныя правы: маглi самастойна купляць i прадаваць зямлю, распараджацца рухомай маёмасцю, уступаць у шлюб. Яны абяцалi крыжакам не палiць сваiх памёршых, трымацца хрысцiянства, быць вернымi ордэну. Аднак прусаў-хрысцiянаў было яшчэ вельмi мала, ды i тыя не цвёрда трымалiся новай веры. Яны ў хуткiм часе аб'ядналiся з язычнiкамi, перакрылi дарогi памiж крыжацкiмi замкамi, знiшчылi вялiкi атрад тэўтонскага войска.
Ордэну зноў дапамаглi крыжакi, якiя ў 1257 г. прыбылi з Германii ў вялiкай колькасцi. З iх дапамогай ордэн заваяваў Памеранiю, Вармiю, Натангiю, Бартыю i Галiндыю. Мясцовы люд быў змушаны прыняць хрысцiянства.
У 1252 г. ордэн ваяваў Памор'е, а праз год заключыў новы мiр са Святаполкам на ўмовах, што калi той што-небудзь зробiць супраць ордэна, то пазбавiцца горада Гданьска.
З дапамогай заходнеэўрапейскiх крыжакоў у 1254 г. была заваёвана Самбiя, а праз год збудавалi замак Кёнiгсберг. Супрацiўленне прусаў узмацнiлася пасля таго, як аб'яднанае войска прускай i лiвонскай частак ордэна разам з датчанамi пацярпелi моцную паразу ад лiцвiнаў у 1259 г. ля возера Дурбе. У тыя ж часы лiвонская фiлiя ордэна ваявала з мясцовымi плямёнамi, Псковам, Ноўгарадам i маладой яшчэ дзяржавай - Вялiкiм Княствам Лiтоўскiм.
У супрацьстаяннi з паганамi крыжакi не лiчылi абавязковым прытрымлiвацца нормаў хрысцiянскай маралi. Ордэнскi войт Вармii i Натангii брат Вальрад Мiрабiлiс сабраў на пiр да замка Ленцэнберг мясцовых арыстакратаў. Тыя прыйшлi без асаблiвай насцярожанасцi, бо такое адбывалася ўжо не адзiн раз. Калi госцi як след захапiлiся пiтвом i ежай, па загаду войта ў памяшканнi, дзе адбываўся пiр, былi зачынены дзверы i вокны, а дом падпалены. Вырвацца з полымя не здолеў нiхто. Гэты выпадак выклiкаў абурэнне ў Прусii i паспрыяў разгортванню паўстання супраць ордэна.
Толькi Хэлмiнская зямля i Памезанiя захавалi вернасць крыжакам, бо ўжо амаль поўнасцю былi заселеныя каланiстамi-хрысцiянамi. Самбiйскiя, натангiйскiя, вармiнскiя, пагезанскiя, бартыйскiя прусы паўсталi. Размах барацьбы, выбухнуўшай у вераснi 1260 г., быў такiм, што ледзь не знёс уладу ордэна ў Прусii. У шэрагу выпадкаў кiраўнiкамi паўстаўшых сталi людзi, якiх крыжакi ў маладых гадах выслалi да Германii для выхавання з iх руплiўцаў хрысцiянства. Тыя хрысцiяне, хто не паспеў схавацца па замках, былi забiтыя або захопленыя ў палон. Паўстанцы палiлi касцёлы, каплiцы, дамы хрысцiянаў, забiвалi святароў. Хранiст паведамляе, як аднаго святара самбiйцы паклалi галавой памiж двух бярвенняў i, сцiскаючы iх, павольна задушылi, гаворачы са здзекам, што ня смеюць пралiваць крывi такой святой асобы. Некаторых палонных прусы прыносiлi ў ахвяру сваiм багам. Так, у поўным узбраеннi на канi быў жыўцом спалены адзiн з палонных рыцараў.