Исподволь Великий магистр пытался разузнать, как отреагируют его соседи-князья, если он последует совету Лютера, как делали многие немецкие епископы, и секуляризирует свои прусские владения. Уже во время его отсутствия протестантские священники ввели основы реформ – немецкий язык в церковные церемонии, пение гимнов, запрет на паломничества и на почитание святых. Эта реформа была очень практичной, она базировалась на общем неудовлетворении состоянием дел в церкви, но без методологических или теологических обоснований, появившихся позднее. Теперь, когда монахи, монахини и священники снимали с себя обеты целибата, поползли слухи, что Великий магистр также собирается снять с себя этот обет, жениться и стать главой светского государства. Этот вероятный скандал обсуждался повсюду.
Как ни удивительно, такие новости вызвали очень мало возмущения. Папа и император, конечно же, посоветовали Альбрехту не предпринимать подобных шагов, бранденбургские родственники Альбрехта также не одобрили его политику, но рыцари, знать и города Пруссии решительно поддержали ее, и король Польши позволил себе также одобрить ее. Секуляризация разом решала две насущные проблемы. Конфискация оставшейся церковной собственности дала бы Великому магистру возможность оплатить долги, а также открывался бы прямой путь для включения Восточной Пруссии в польское королевство. Таким образом устанавливались мирные, без угроз, взаимоотношения с польским монархом. 10 апреля 1525 года герцог Альбрехт принес клятву верности в Кракове, что запечатлено на одной из величайших польских картин Яна Матейко, художника, боровшегося за национальное освобождение Польши в XIX веке.
Восточная Пруссия так и не была включена в польское государство даже в такой минимальной мере, как это было с Западной. У герцога оставалась собственная армия, свои деньги, ассамблея и более или менее независимая внешняя политика. Административная система практически не изменилась, и все законы оставались в силе. Были лишь пересмотрены некоторые титулы. Введение лютеранских реформ привело к куда более заметным результатам.
В 1526 году Альбрехт вступил в «подлинное целомудрие брака» с Доротеей, старшей дочерью Фридриха Датского (1523-1533). Дания специализировалась на поставках невест для немецких государств на побережье Прибалтики, и Пруссия завершала коллекцию местных альянсов. Этот союз давал Альбрехту могущественного защитника и нескольких высокопоставленных сводных братьев и сестер. Кроме прочего, Фридрих был самым важным лютеранским правителем в это время.
Вопль возмущения в Верхней Германии был столь же громким и угрожающим, как и овации в протестантской Германии, но в Пруссии все было тихо. Горстка рыцарей, слишком старых или не готовых следовать требованиям светского рыцарства, или все еще хранивших верность католицизму, отправились к немецкому магистру в Мергентхайм и были распределены там по монастырям и госпиталям. Те, кто остались в Пруссии, получили посты или фьефы, некоторые женились и основали семейства, став частью класса юнкеров, которым впоследствии прославилась бранденбургская Пруссия. В целом, однако, знать Пруссии мало изменилась по своему составу. Сильно изменилась власть землевладельцев над своими крепостными, которая значительно возросла, когда Восточная Пруссия стала светским государством. Впрочем, знать и горожане так и не получили политического влияния, на которое они рассчитывали после подписания Краковского договора. Великое крестьянское восстание 1525 года стало реакцией свободных крестьян на слух, что их новые господа низведут их до состояния крепостных. Альбрехт легко подавил это восстание, но оно настолько подорвало самоуверенность знати и мелкого дворянства, что они стали смотреть на герцога как на лидера в этих, и других вопросах.
Альбрехт Прусский вскоре оставил попытки стать князем империи. Благодаря этому он получил прощение императора и его защиту от чрезмерных притязаний Польши в будущем. Однако Карл V был далеко или слишком занят проблемами с Лютером и турками, чтобы внимательно отнестись к таким незначительным делам, даже когда у него находилось на это время. В 1526 году, однако, увидев, что произошло в Восточной Пруссии из-за его бездействия, император даровал княжеский титул ливонскому магистру. В 1530 году Карл V назвал немецкого магистра новым Великим магистром ордена, с тем чтобы орден служил политическим целям Габсбургской династии.