Его диплом давал ему право преподавать, и он сразу же начал читать в университете курс лекций, в которых смешивал философию с греческой и латинской литературой. Его занятия росли, доходы увеличивались, и он смог возместить своей овдовевшей матери сбережения, которые она пожертвовала, чтобы оплатить его выпускной экзамен. После семи лет подготовки он выпустил в 1543 году (annus mirabilis Коперника и Везалия) две работы, которые продолжили его кампанию по ниспровержению аристотелевской логики. Одна из них - "Аристотелевские враждебности" - представляла собой лобовую атаку, иногда выраженную в бурных инвективах; другая - "Разделы логики" - предлагала новую систему взамен старой. Она переосмысливала логику как ars disserendi, искусство ведения беседы, и объединяла логику, литературу и ораторское искусство в технику убеждения. Университетские власти вполне простительно видели в таком подходе некоторые опасности. Более того, они с подозрением относились к некоторым положениям Рамуса, которые попахивали ересью, например, "Неверие - начало знания".104-картезианское сомнение до Декарта; или его призыв заменить тома схоластов более глубоким изучением Писания - это имело протестантский оттенок; или его определение теологии как doctrina bene vivendi- что грозило свести религию к морали. А также раздражающие манеры Рамуса, его гордость и драчливость, его яростный противоречивый тон, его догматическое превосходство над догмой.
Вскоре после публикации этих книг ректор университета представил Рамуса парижскому прокурору как врага веры, нарушителя общественного спокойствия, развратителя молодежи опасными новинками. Суд проходил перед королевской комиссией из пяти человек - двое были назначены Рамусом, двое - его обвинителями, один - Франциском I. Недовольный процедурой суда, Рамус отозвал своих назначенцев. Оставшиеся трое приняли решение против него (1544), и королевский мандат запретил ему читать лекции, публиковать или нападать на Аристотеля в дальнейшем. Уведомление об осуждении было расклеено по всему городу и разослано в другие университеты. Студенты ставили бурлески, высмеивающие Рамуса, а Рабле небесполезно высмеивал эту сцену.
Продержавшись некоторое время, Рамус открыл курс лекций в Коллеж Аве Мария, но ограничился риторикой и математикой, и правительство смирилось с его неповиновением. В 1545 году он стал помощником ректора Коллеж де Пресль, и вскоре его лекционный зал был переполнен. Когда Генрих II сменил Франциска I, он отменил приговор Рамусу, оставил его "свободным и языком, и пером", а через год назначил его на кафедру в Королевском коллеже, где он был освобожден от университетского контроля.
Достигнув своей вершины в качестве самого известного преподавателя в Париже, Рамус посвятил много времени и усилий реформированию педагогических методов. Если он делал упор на "риторику" - что в то время означало литературу, - то не только для того, чтобы оживить философию поэзией, но и для того, чтобы привнести живой гуманизм в курсы, ставшие сухими и жесткими из-за абстракций и схоластических правил. В пяти трактатах по грамматике он применил логику к языку; он умолял французскую орфографию стать фонетической, но она пошла своим чередом; однако ему удалось ввести во французский алфавит буквы j и v вместо согласных i и u. Помня о своем собственном стремлении получить образование без гроша в кармане, он поощрял учреждение стипендий для бедных студентов и осуждал высокую плату, требуемую для получения диплома. В то же время он добивался повышения оплаты труда учителей.
В 1555 году он опубликовал "Диалектику", первую работу по логике на французском языке. Теперь он рассуждал не только о разуме, но и за разум. По своему темпераменту он был противником традиционализма и авторитетов; разум казался ему единственным авторитетом; и он с ренессансным пылом верил, что если оставить разум свободным, то он в течение столетия доведет все науки до совершенства.105 "Моим постоянным занятием, - писал он, - было устранить с пути свободных искусств... все интеллектуальные препятствия и замедления, сделать путь ровным и прямым, чтобы легче было прийти не только к интеллекту, но и к практике и использованию свободных искусств".106
Его характер и философия склоняли его к сочувствию протестантскому восстанию. Когда гугеноты на некоторое время добились от правительства веротерпимости и даже участия в нем, Рамус заявил о своей приверженности реформатской вере (1561). В начале 1562 года некоторые из его учеников разрушили религиозные изображения в часовне Коллеж де Пресль. Правительство продолжало выплачивать ему жалованье, но его положение становилось все более шатким. Когда началась гражданская война (1562), он покинул Париж, взяв с собой конспирацию от Екатерины де Медичи; он вернулся через год после подписания мира. Он вежливо отказался от приглашения занять кафедру в Болонском университете, заявив, что слишком обязан Франции, чтобы покинуть ее.