Укрепив свое положение этим приговором, Тереза, которой было уже пятьдесят семь лет, решила реформировать орден монахинь-кармелиток. Вместо того чтобы попытаться восстановить старую аскетическую дисциплину в монастыре Воплощения, она решила открыть отдельный монастырь, куда приглашала тех монахинь и послушниц, которые соглашались на режим абсолютной бедности. Первые кармелитки носили грубую мешковину, ходили всегда босиком, питались скудно и часто постились. Тереза требовала от своих кармелиток-дискалиток (без обуви) примерно таких же строгих правил, но не как самоцель, а как символ смирения и отречения от этого соблазнительного мира. Возникла тысяча препятствий; жители города Авила осудили этот план, поскольку он грозил прекратить всякое общение монахинь с родственниками. Провинциал ордена отказал в разрешении на строительство нового монастыря. Тереза обратилась к папе Пию V и получила его согласие. Она нашла четырех монахинь, которые присоединились к ней, и в 1562 году на узкой улице Авилы был освящен новый монастырь святого Иосифа. Сестры носили сандалии из веревки, спали на соломе, не ели мяса и жили строго в своем доме.
180 монахинь из старшего монастыря не обрадовались такому простому разоблачению их легкого поведения. Настоятельница, считая, что Тереза связана с ней обетом послушания, велела ей вернуть прежнее белое одеяние, надеть туфли и вернуться в монастырь Воплощения. Тереза повиновалась. Ее признали виновной в высокомерии и заточили в келью. Городской совет постановил закрыть монастырь Святого Иосифа и послал четырех крепких мужчин выселить оставшихся без руководства монахинь. Но девы в сандалиях сказали: "Бог хочет, чтобы мы остались, и мы останемся", и закоренелые служители закона не посмели их принудить. Тереза напугала провинциала кармелитов, предположив, что, препятствуя ее планам, он оскорбляет Святой Дух; он приказал освободить ее. Четыре монахини ушли с ней, и пять женщин пошли по снегу к своему новому дому. Четыре монахини радостно приветствовали Терезу как Мадре. Почти для всей Испании она стала Терезой де Хесу, сокровенной Госпожой.
Ее правила были любящими, веселыми и твердыми. Дом был закрыт от посторонних глаз, посетителей не пускали, окна занавешивали тканью, плиточный пол служил кроватями, столами и стульями. В стену был встроен вращающийся диск, на внешнюю половину которого люди с благодарностью принимали любую еду, но монахиням не разрешалось просить милостыню. Они добывали себе пропитание прядением и рукоделием; изделия выставлялись на улицу у монастырских ворот; любой покупатель мог взять то, что ему нравилось, и оставить взамен то, что ему нравилось. Несмотря на все эти аскезы, в монастырь приходили новые члены, и одна из них была самой красивой и обходительной женщиной в Авиле. Генерал кармелитов, посетивший маленькую обитель, был так глубоко впечатлен, что попросил Терезу основать подобные дома в других частях Испании. В 1567 году, взяв с собой несколько монахинь, она проехала на грубой телеге семьдесят миль по неровным дорогам, чтобы основать женский монастырь кармелиток-дискалиток в Медина-дель-Кампо. Единственный дом, который ей предложили, был заброшенным и ветхим зданием с осыпающимися стенами и протекающей крышей; но когда горожане увидели, что монахини пытаются жить в нем, плотники и кровельщики пришли, без спроса и без оплаты, чтобы сделать ремонт и простую мебель.
Настоятель кармелитского монастыря в Медине, желая исправить своих расслабленных монахов, пришел к Терезе и попросил у нее правила дисциплины. Настоятель был высокого роста, но его сопровождал юноша, такой невысокий и хрупкий, что Тереза, с юмором, который скрашивал ее аскезы, воскликнула, когда они уходили: "Благословен Господь, ибо у меня есть полтора монаха для основания моего нового монастыря". 24 Маленькому монаху Хуану де Йепису-и-Альваресу суждено было стать Сан-Хуаном де ла Крусом, святым Иоанном Креста, душой и славой монахов-дискальщиков-кармелитов.
Трудности Терезы на этом не закончились. Провинциал кармелитов, возможно, чтобы проверить ее правильность и мужество, назначил ее настоятельницей монастыря Воплощения. Тамошние монахини ненавидели ее и боялись, что теперь, в отместку, она подвергнет их всем унижениям. Но она вела себя с такой скромностью и добротой, что одна за другой покоряла их, и постепенно новый, более строгий режим заменил прежнюю расхлябанность. После этой победы Тереза стала основательницей нового монастыря в Севилье.