Последним его заблуждением была надежда на то, что если он вернется в Италию и будет допрошен инквизицией, то сможет (как и должен был) процитировать достаточно ортодоксальных отрывков из своих работ, чтобы обмануть Церковь, заставив ее считать его своим любящим сыном. Возможно, он надеялся, что в Италии не слышали об изданной им в Англии книге "Изгнание торжествующего зверя", в которой под изгоняемым зверем понимался католицизм, или христианство, или теологические догмы в целом.30 Должно быть, он тосковал по Италии, ведь как иначе объяснить ту готовность, с которой он принял приглашение Джованни Мочениго приехать в Венецию в качестве его учителя и гостя? Мочениго принадлежал к одной из самых знатных семей Венеции. Он был благочестивым католиком, но интересовался оккультными силами, и ему говорили, что Бруно хорошо осведомлен во всех отраслях магии и владеет секретами цепкой памяти. Инквизиция уже давно объявила Бруно преступником, подлежащим аресту при первой же возможности, но Венеция славилась тем, что защищала таких преступников и не подчинялась инквизиторам. Поэтому осенью 1591 года Бруно спешно покинул Франкфурт и перебрался через Альпы в Италию.
Мочениго предоставил ему комнату и брал у него уроки мнемоники. Ученик продвигался медленно, и Мочениго задавался вопросом, не скрывает ли его учитель от него какие-то эзотерические магические знания; в то же время он с трепетом относился к ересям, которые излагал этот болтливый и неосторожный философ. Мочениго спросил своего духовника, не следует ли ему донести на Бруно в инквизицию; священник посоветовал ему подождать, пока он не выведает о своем наставнике более определенно. Мочениго послушался; но когда Бруно объявил о своем намерении вернуться во Франкфурт, Мочениго сообщил об этом инквизиторам, и 23 мая 1592 года Бруно оказался в тюрьме Священной канцелярии в Венеции. Мочениго объяснил, что действовал "по принуждению своей совести и по приказу своего духовника".31 Он сообщил инквизиторам, что Бруно был противен всем религиям, хотя больше всего ему нравился католицизм; что он отрицал Троицу, Воплощение и Преображение; что он обвинял Христа и апостолов в том, что они обманывали людей с помощью мнимых чудес; Бруно говорил, что все монахи - ослы, оскверняющие землю своим лицемерием, скупостью и дурной жизнью, что религия должна быть заменена философией, что потакание "плотским удовольствиям" не греховно и что он, Бруно, удовлетворял свои страсти в меру своих возможностей;32 Бруно говорил ему, что "дамы доставляют ему удовольствие, хотя он еще не достиг Соломонова числа".33
С мая по сентябрь 1592 года инквизиция проводила допрос заключенного. Бруно утверждал, что писал как философ и воспользовался различием Помпонацци между "двумя истинами" - что как философ можно подвергать сомнению доктрины, которые он принимал как католик. Он признался в своих сомнениях относительно Троицы. Он признал, что был виновен во многих ошибках; он покаялся и просил трибунал, "зная мою немощь, прижать меня к груди Матери-Церкви, предоставляя мне средства, подходящие для моего благополучия, и используя меня с милосердием".34 Инквизиторы не дали ему утешения, но вернули его в камеру. 30 июля они снова осмотрели его, выслушали его исповедь и мольбу о пощаде и снова заключили его в камеру еще на два месяца. В сентябре глава римской инквизиции приказал венецианским инквизиторам отправить своего узника в Рим. Венецианское правительство возражало, но инквизиторы указали, что Бруно - гражданин Неаполя, а не Венеции, и сенат дал согласие на его выдачу. 27 февраля 1593 года Бруно был депортирован в Рим.