Теперь это приняло форму атаки священнослужителей на епископов. Они, католическое наследие Кирка, формально выбирались священнослужителями, но фактически назначались, а часто и навязывались духовенству регентом или королем, и передавали государству значительную часть своих церковных доходов. Священнослужители не видели в Писании оснований для епископата и решили изгнать его из Шотландии как несовместимый с народной организацией Кирка.
Их лидер, Эндрю Мелвилл, был вспыльчивым шотландцем, по своей природе способным унаследовать мантию Джона Нокса. Получив университетское образование в Сент-Эндрюсе, он продолжил учебу в Париже, а затем впитал кальвинистское Евангелие от Беза в Женеве. Вернувшись в Шотландию (1574), он сразу же, в возрасте двадцати девяти лет, был назначен директором университета Глазго и умело реорганизовал его учебный план и дисциплину. В 1578 году он участвовал в составлении Второй книги дисциплины, в которой осуждался епископат во имя равенства священнослужителей. Он выступал за четкое разделение сфер между Церковью и государством, что повлияло на их разделение в Соединенных Штатах; но он утверждал право священнослужителей учить гражданских магистратов, как осуществлять свои полномочия "по слову".7 Яков, однако, не хотел быть абсолютным правителем, как Генрих VIII или Елизавета; он верил в епископов как в необходимых для церковного управления и как в удобных посредников между церковью и государством.
В 1580 году Генеральная ассамблея Кирка "прокляла" должность епископов как "глупость, придуманную людьми"; всем епископам было велено под страхом отлучения прекратить исполнение своих обязанностей и обратиться в Ассамблею с просьбой принять их в качестве простых священнослужителей. Правительство отвергло Вторую книгу Дисциплины и постановило, что никакое отлучение не может быть действительным, если оно не ратифицировано государством. В 1581 году Леннокс, бывший в то время регентом, выдвинул Роберта Монтгомери на пост архиепископа Глазго. Министерство Глазго отказалось избрать его; он настаивал на том, чтобы исполнять свои обязанности, но все же исполнял; Генеральная ассамблея, возглавляемая Мелвиллом, отлучила его от церкви (1582); Монтгомери уступил и отошел от дел. Мелвилл, обвиненный в мятеже, отказался от гражданского суда и потребовал церковного; осужденный за неуважение к суду, он бежал в Англию (1584). Яков убедил парламент объявить изменой любой отказ подчиниться светской юрисдикции, любое вмешательство священнослужителей в государственные дела, любое сопротивление епископату, любые созывы, не санкционированные королем. Многие священнослужители, не желая принимать эти указы, последовали за Мелвиллом в изгнание. Иаков, смакуя свой суверенитет, предался террору: священнослужители были наказаны за то, что молились за своих изгнанных братьев; два человека были преданы смерти за общение с ними; еще двое были казнены по обвинению в заговоре.
Духовенство и его прихожане сопротивлялись с шотландским упорством. Памфлеты неизвестного происхождения очерняли короля, баллады воспевали позор его тирании, даже женщины писали диатрибы, предавая его аду. Его епископы получали все меньше и меньше денег, передавая государству все меньше и меньше; Яков испытывал голод на монеты - самые сильные стороны его воли. Год за годом он слабел, пока парламент 1592 года с его угрюмого согласия не проголосовал за хартию вольностей для Кирка, вернув ему все его полномочия по юрисдикции и дисциплине и упразднив епископат. Изгнанники вернулись.
Мелвилл, смелее, чем когда-либо, назвал Якова в лицо "глупым вассалом Бога" и передал ему теократическое Евангелие в 1596 году так же твердо, как Григорий VII императору Генриху IV за пятьсот лет до этого (1077 год): "В Шотландии есть два короля и два королевства: есть Христос Иисус и Его королевство Кирк, чьим подданным является король Яков VI... не король, не глава, не лорд, но член".8 Дэвид Блэк, священник из Сент-Эндрюса, заявил своим прихожанам (1596 г.), что все короли - дети дьявола, Елизавета - атеистка, а Яков - сам сатана.9 Английский посол выразил протест. Тайный совет вызвал Блэка в суд. Он отказался явиться, заявив, что проступок на кафедре подлежит рассмотрению только судом Кирка, и что, кроме того, он получил свое послание от Бога. Яков приказал судить его заочно. Комитет священнослужителей явился к королю; тот ничего не уступил; напротив, он потребовал, чтобы акты церковного собрания, как и парламента, подлежали его ратификации. Министры провозгласили всеобщий пост и зловеще заявили, что, что бы ни случилось, "они свободны от крови Его Величества".10