В июне 1583 года она предложила в случае освобождения отказаться от всех претензий на английскую корону, никогда больше не общаться с заговорщиками, жить в любом месте Англии по выбору Елизаветы, никогда не удаляться от места жительства более чем на десять миль и подчиняться наблюдению соседних джентльменов. Елизавете посоветовали не доверять ей.
Мария возобновила свои планы по спасению. С помощью различных отчаянных приемов ей удавалось тайно переписываться с французскими и испанскими послами и правительствами, со своими приверженцами в Шотландии и с представителями Папы Римского. Письма тайно ввозились и вывозились, в стирке, в книгах, в палках, в париках, в подкладках туфель. Но шпионы Сесила и Уолсингема вовремя раскрыли все заговоры. Даже среди студентов и священников иезуитского колледжа в Реймсе у Уолсингема был свой агент, который держал его в курсе событий.
Романтический ореол плененной королевы вызывал симпатии многих молодых англичан и возбуждал пыл католической молодежи. В 1583 году Фрэнсис Трокмортон, католический племянник покойного посла Елизаветы во Франции, организовал очередной заговор с целью ее освобождения. Вскоре его раскрыли; под пытками он признался: "Я разгласил тайну той, кто была мне дороже всех на свете".59 Он умер под топором палача в возрасте тридцати лет.
Год спустя Уильям Парри, шпион на службе у Сесила, убедил папского нунция в Париже направить Григорию XIII просьбу о пленарном снисхождении, мотивируя это опасной попыткой освободить Марию Стюарт и вернуть Англию в лоно католической церкви. Папский государственный секретарь ответил (30 января 1584 года), что Папа видел прошение Парри, радуется его решимости, посылает ему желанную индульгенцию и вознаградит его усилия.60 Парри отнес этот ответ Сесилу. Другой английский шпион, Эдмунд Невилл, обвинил Пэрри в том, что тот подстрекал его к убийству Елизаветы. Парри был арестован, признался в содеянном, был повешен и, еще живой, расчленен на части.61
Разгневанный длинной чередой заговоров и напуганный убийством Вильгельма Оранского, Совет Елизаветы составил (октябрь 1584 года) "Узы ассоциации", в которых подписавшиеся обязывались никогда не принимать в качестве преемника своей королевы человека, на жизнь которого покушались, и преследовать до смерти любого, кто будет вовлечен в такое предприятие. Завещание было подписано Советом, большинством членов парламента и видными деятелями Англии. Через год парламент придал ему силу закона.
Это не остановило дальнейшие заговоры. В 1586 году Джон Баллард, католический священник, склонил Энтони Бабингтона, богатого молодого католика, к организации заговора с целью убийства Елизаветы, вторжения в Англию войск из Испании, Франции и Низких стран и возведения Марии на престол. Бабингтон написал Марии о заговоре, сообщил, что шесть католических дворян согласились "избавиться от узурпатора трона", и попросил ее одобрить план. В письме от 17 июля 1586 года Мария приняла предложения Бабингтона, не дала прямого согласия на убийство Елизаветы, но пообещала вознаграждение за успех затеи.62 Посыльный, которому ее секретарь доверил этот ответ, был тайным агентом Уолсингема; он скопировал письмо и отправил копию Уолсингему, а само письмо - Бабингтону. 14 августа Бабингтон и Баллард были арестованы; вскоре триста видных католиков оказались в тюрьме; оба лидера признались, а секретаря Марии убедили признать подлинность письма Марии.63 Тринадцать заговорщиков были казнены. По всему Лондону зажгли костры, звонили колокола, дети пели псалмы в знак благодарности за сохранение жизни Елизаветы. Вся протестантская Англия взывала к смерти Марии.
В комнатах Марии провели обыск и изъяли все ее бумаги. 6 октября ее перевезли в замок Фотерингей. Там ее судила комиссия из сорока трех дворян. Ей не предоставили защитника, но она решительно защищала себя. Она признала причастность к заговору Бабингтона, но отрицала, что санкционировала убийство. Она заявила, что как человек, несправедливо и незаконно заключенный в тюрьму на девятнадцать лет, она имеет право освободиться любым способом. Ее единогласно осудили, и парламент попросил Елизавету отдать приказ о ее смерти. Генрих III Французский обратился к с вежливой мольбой о пощаде, но Елизавета посчитала, что такая мольба прозвучала не слишком благородно со стороны правительства, которое без суда и следствия расправилось с тысячами протестантов. Большая часть Шотландии теперь защищала свою королеву, но ее сын сделал лишь полусерьезное ходатайство, поскольку подозревал, что из-за его протестантизма она отреклась от него в своем завещании. Его агент в Лондоне предложил Уолсингему, что Яков VI, хотя и очень хочет, чтобы его мать не обезглавили, может примириться со многим, если английский парламент подтвердит его титул преемника Елизаветы и если Елизавета увеличит пенсию, которую она ему посылала. Хитроумный шотландец так жадно уклонялся от ответа, что жители Эдинбурга заклеймили его на улицах.64 Между Марией и смертью не оставалось ничего, кроме нерешительности Елизаветы.