Из Карлайла она отправила Елизавете еще одно послание с просьбой о беседе, в ходе которой она могла бы объяснить свое поведение. Елизавета, принципиально не желающая поддерживать мятеж против законного государя, была склонна пригласить ее, но ее совет сбивал ее с толку предостережениями. Если бы Марии позволили отправиться во Францию, у французского правительства возникло бы искушение послать армию в Шотландию, чтобы восстановить ее и сделать Шотландию снова католическим союзником Франции и занозой в тылу Англии; тогда притязания Марии на английский престол были бы поддержаны как французским оружием, так и английскими католиками. Если бы Мария оставалась свободной в Англии, она всегда была бы возможным источником и центром католического восстания, а Англия в душе все еще была преимущественно католической. Если бы Англия заставила шотландских дворян вновь восстать на королеву, их жизни оказались бы под угрозой, а Англия потеряла бы своих протестантских союзников в Шотландии. Сесил, вероятно, согласился бы с Халламом в том, что насильственное задержание шотландской королевы нарушает все законы, "естественные, государственные и муниципальные".47 но он считал, что его главная обязанность - защищать Англию.
Поскольку одна из функций дипломатии - облекать реализм в мораль, Марии было сказано, что прежде чем ее просьба об интервью с Елизаветой будет удовлетворена, она должна очистить себя от различных обвинений перед судебной комиссией. Мария ответила, что она королева и не может быть судима непрофессиональными комиссарами, особенно из другой страны, и потребовала свободы вернуться в Шотландию или уехать во Францию. Она попросила встречи с Мортоном и Летингтоном в присутствии Елизаветы и пообещала доказать их виновность в смерти Дарнли. Английский совет приказал перевезти ее из Карлайла (как слишком близкого к границе) в замок Болтон, недалеко от Йорка (13 июля 1568 года). Мария согласилась на свободное заключение в этом замке по обещанию Елизаветы: "Отдайте себя в мои руки без остатка; я не буду слушать ничего, что будет сказано против вас; ваша честь будет в безопасности, и вы будете восстановлены на своем троне".48 Успокоенная таким образом, Мария согласилась назначить представителей в следственную комиссию. Она пыталась угодить Елизавете, притворяясь, что принимает англиканскую веру и вероучение, но заверила Филиппа Испанского, что никогда не откажется от католического дела.49 С этого момента Мария и Елизавета на равных соревновались в двуличии: одна оправдывала себя как преданная и королевская пленница, другая - как королева, находящаяся в опасности.
Судебная комиссия собралась в Йорке 4 октября 1568 года. Марию представляли семь человек, в основном Джон Лесли, католический епископ Росса, и католический лорд Геррис из западных районов Шотландии; Елизавета назначила трех протестантов: герцога Норфолка, графа Сассекса и сэра Ральфа Сэдлера. Перед ними предстали Мюррей, Мортон и Летингтон, которые в частном порядке показали англичанам Ларецкие письма. По их словам, если Мария признает Мюррея регентом и согласится жить в Англии на большую пенсию из Шотландии, письма не будут обнародованы. Норфолк, мечтавший жениться на Марии и таким образом стать королем Англии после смерти Елизаветы, отказался, а Сассекс написал Елизавете, что Мария, похоже, докажет свою правоту.50
Елизавета приказала перенести судебное разбирательство в Вестминстер. Там Мюррей представил Ларец писем на рассмотрение ее Совета. Мнения о подлинности документов разделились, но Елизавета постановила, что не может принять Марию, пока подлинность не будет опровергнута. Мария попросила показать ей письма, либо оригиналы, либо копии; члены комиссии отказались, и Мария так и не увидела ни копий, ни оригиналов.51 Комиссия распустилась, не объявив о своем решении (11 января 1569 года); Мюррей был принят Елизаветой, а затем вернулся в Шотландию с письмами; Мария, разгневанная и непокорная, была переведена под более строгую опеку в Татбери на Тренте. Иностранные правительства выразили протест; Елизавета ответила, что если бы они видели доказательства, которые были представлены комиссии, то сочли бы ее обращение с Марией скорее мягким, чем суровым.52 Испанский посол посоветовал Филиппу вторгнуться в Англию и пообещал сотрудничество католической северной Англии. Филипп скептически отнесся к такой помощи, и Алва предупредил его, что Елизавета может приказать убить Марию при первых признаках вторжения или восстания.