Самым эффективным из тех, кто предложил ей защиту, был Джеймс Хепберн, четвертый граф Ботвелл. Странный и роковой персонаж: не красивый, но сильный телом, страстями и волей; авантюрист на суше и на море, мастерски владеющий шпагой и рапирой; покоряющий мужчин своей холодной дерзостью, манящий женщин своими разговорами, безрассудством и репутацией соблазнителя; но при этом человек превосходного образования, любитель и автор книг в эпоху, когда многие знатные шотландцы не могли написать свое имя. Поначалу королева невзлюбила его, поскольку он плохо отзывался о ней; но это один из способов завоевать интерес женщины. Затем, видя его воинские качества, она назначила его лейтенантом Пограничья; узнав о его знакомстве с кораблями, она сделала его лордом-адмиралом; узнав о его желании заполучить руку леди Джейн Гордон, она способствовала их браку.
Теперь, опасаясь убийц Риццио и подозревая соучастие своего мужа, она обратилась к Ботвеллу за защитой и советом. Она не приняла его поспешно, но его мужские качества - мужество, сила и уверенность - были тем, чего так жаждала ее женская натура и чего она не нашла ни у Франциска II, ни у Дарнли. Она заметила, как уважение к его мечу и войскам заставило заговорщиков скрыться или подчиниться; вскоре она почувствовала себя достаточно уверенно, чтобы вернуться в Холируд. Хотя Нокс одобрил убийство Риццио, Мария на некоторое время успокоила министров, улучшив их содержание. Простые шотландцы, никогда не любившие лордов, симпатизировали ей, и еще несколько месяцев она пользовалась всеобщей популярностью. "Я никогда не видел королеву столь любимой, уважаемой и почитаемой, - писал французский посол, - и столь великой гармонии среди ее подданных".31 Тем не менее, приближаясь к своему заключению, она была одержима мыслью, что ее убьют или свергнут с престола в ее беспомощности.32 Когда она благополучно родила мальчика (19 июня 1566 года), вся Шотландия ликовала, словно предвидя, что этот мальчик станет королем и Шотландии, и Англии. Мария была в апогее.
Но с Дарнли она была несчастна. Его возмущало ее новое доверие к Мюррею и растущее восхищение Ботвеллом. Поговаривали, что Ботвелл похитит королевского младенца и будет править от его имени.33 Дарнли обвинил дворян в убийстве Риццио и заявил о своей невиновности; в отместку они послали королеве доказательства его участия.34 Аргайл, Летингтон и Ботвелл предложили королеве развестись с ним; она возразила, что это может поставить под угрозу престолонаследие. Летингтон ответил, что они найдут способ освободить ее от Дарнли без ущерба для ее сына. Она не согласилась; она предложила скорее удалиться из Шотландии, чтобы позволить Дарнли править; и она закончила беседу предостережением: "Я не желаю, чтобы вы делали что-либо, что могло бы нанести урон моей чести или совести; и поэтому, молю вас, пусть дело будет так, как оно есть, пока Бог по Своей благости не исправит его".35 Несколько раз она заговаривала о самоубийстве.36
Примерно в октябре 1566 года Аргайл, сэр Джеймс Бальфур, Ботвелл и, возможно, Лэттингтон подписали договор, чтобы избавиться от Дарнли. Граф Лен nox узнал о заговоре и предупредил своего сына; Дарнли, который жил отдельно от Марии, присоединился к отцу в Глазго (декабрь 1566 года). Там он заболел, по-видимому, от оспы, хотя ходили слухи о яде. Тем временем развивающаяся близость Марии с Ботвеллом вызвала подозрение в прелюбодеянии; Нокс открыто называл ее шлюхой.37 Похоже, она обратилась к архиепископу Гамильтону с просьбой организовать развод Ботвелла с женой. Она предложила Дарнли посетить ее; он послал ей оскорбительный ответ; она все же отправилась к нему (22 января 1567 года), заявила о своей верности и вновь пробудила его любовь. Она умоляла его вернуться в Эдинбург, где, как она обещала, она будет лелеять его здоровье и счастье.