Султан находился в сложном положении. Русские подтолкнули Иран к нападению на Османскую империю с тыла, а Махмуд в собственной столице пытался укрепить свои реформы. У него не было другого выбора, кроме как выполнить все требования русских. Он отменил правление фанариотов и восстановил власть туземных князей и бояр, выступавших против восстания. Он подтвердил право России на консультации по внутренним вопросам, касающимся управления княжествами. Но русские настаивали на дополнительном праве рассматривать кандидатуры в княжеские троны. Напряжение оставалось высоким. Тем временем на Пелопоннесе разразился более серьезный конфликт.
Воспользовавшись трудностями в отношениях с Али-пашой и восстанием в княжествах, местные греческие лидеры, называемые капитанами, возглавили серию набегов. Они были выборными или наследственными главами христианского ополчения (арматолес), уполномоченного Портой защищать жителей деревень от разбойников (клефтов) и собирать налоги. Но, как и в Трехречье, грань между ополчением и разбойниками была размыта; они часто переходили от одной социальной роли к другой в зависимости от обстоятельств. Они принадлежали к кочующему населению, которое стало столь распространенным явлением в социальной жизни поздней Османской империи. И те, и другие, но особенно клефты, пользовались репутацией отважных бойцов и были прославлены в народной культуре, как хайдуки на Балканах. Многие из них служили во французских или русских войсках на Ионических островах во время наполеоновских войн, а в мирное время оказались без постоянной работы. По неясным причинам в 1821 году капитаны выступили против безоружного мусульманского населения, убив, по оценкам, 15 000 из 40 000 мусульман на Пелопоннесе. Турки предприняли ответные действия. Резня нескольких тысяч христиан на острове Хиос была увековечена на картине Делакруа. Мусульманам нечего было противопоставить этой картине или поэзии Байрона в той односторонней пропагандистской войне, которая на протяжении всего XIX века была сосредоточена на "ужасном турке".
Повстанческие отряды не смогли разгромить регулярные войска Османской империи, а последние смогли прекратить партизанскую войну, которую отряды вели в горных массивах. В отчаянии султан Махмуд II обратился за помощью к своему могущественному подчиненному Мухаммеду Али, чья египетская армия уже была обновлена французскими офицерами. Под руководством его сына, Ибрагима-паши, талантливого полководца, египетские войска очистили от повстанцев Крит и большую часть Пелопоннеса. Главной слабостью повстанцев было их внутреннее разделение по географическому, этническому и социальному признакам. Капитаны представляли интересы сплоченных деревенских общин; купеческая диаспора преследовала более широкие коммерческие цели; фанариоты из Константинополя стремились к большей административной автономии; клефты были заинтересованы исключительно в грабеже; арматолы стремились заменить мусульман как лояльные слуги султана; а албанцы присоединились к обеим сторонам ради материальной выгоды. Греческая церковь, в отличие от своей сербской коллеги, была более осторожной, поскольку была интегрирована в правящую элиту под руководством патриарха в Стамбуле. Деревенские священники, разделявшие угнетенное экономическое положение крестьянства, чаще присоединялись к революционерам. Однако общим для них было осознание того, что их цели могут быть достигнуты только с помощью иностранной державы. Но даже здесь они были разделены на фракции, которые попеременно смотрели на Россию, Британию или Францию как на своего спасителя. Сербы и румыны также искали христианского покровителя. Но случай с Грецией отличался в двух отношениях. Во-первых, конкуренция шла уже не только между региональными державами, а во-вторых, фракционные разногласия вылились в гражданскую войну.
Каждая из великих держав была жизненно заинтересована в исходе восстания. Габсбургская монархия при батоне Меттерниха продолжала играть ставшую к тому времени привычной роль: стремилась сохранить статус-кво, сдерживая Россию и отстаивая собственные интересы. Франция и Британия расходились во мнениях как друг с другом, так и с Россией относительно наилучшего образа действий. Со времен наполеоновских войн Великобритания была твердо привержена политике сохранения своего военно-морского господства в Средиземноморье. Ее лидеры предпочитали сохранять территориальный статус-кво, опасаясь, что автономная Греция превратится в русский или французский форпост. Но общественное мнение было подхвачено мощными течениями филэллинизма и идеализировало восставших как потомков аттических героев. Франция стремилась к балансу сил с британцами, защищая свои позиции в Египте и Сирии и укрепляя позиции в Греции и Алжире. Ее интеллектуалы также находились под влиянием романтического видения затронутой Греции, противостоящей Азии. Филэлленизм был неотъемлемым элементом общеевропейских романтических движений. Симпатия к героическим греческим революционерам в Европе скрывала жестокую реальность борьбы.