В Закаспийской области бастующие железнодорожники в Ташкенте возглавили революцию в ноябре 1905 года, но Октябрьский манифест вскоре расколол антиправительственные силы. Либеральная интеллигенция в органах государственного управления и профессиях опасалась эксцессов радикалов, а также растущей враждебности коренного населения, которое они считали "темными" мусульманскими массами, нуждающимися в российском просвещении. Закон о веротерпимости вызвал в Туркестане усилия мусульман по созданию самостоятельного Духовного управления и расширению прав мусульманских юрисконсультов (муфтиев). Продолжая политику фон Кауфмана, правительство подозревало потенциальную политическую значимость и отклоняло их ходатайства. Опасения были связаны с тем, что единое религиозное учреждение в Туркестане или под эгидой уфимского муфтия послужит организационным звеном между мусульманами Туркестана, Поволжья и Крыма, пропагандируя панисламистские идеи. По аналогичным причинам правительство не только поддерживало, но усилило административный контроль над мусульманскими конфессиональными школами и медресе для подготовки юристов, включая введение русского языка в качестве языка обучения. В 1911 году Столыпин издал постановление "О мерах борьбы с панисламистскими и пантюркистскими настроениями среди мусульманского населения". В то же время правительство одобрило новую политику, согласно которой любая земля, "признанная излишней" по отношению к потребностям местного населения, могла быть отдана под заселение. Во время войны Туркестанский край был переведен на военное положение. Но опасения по поводу проникновения османов оказались иллюзорными. Несмотря на одержимость угрозой панисламизма, правительство не понимало характера религиозной жизни в Туркестане и управляло регионом без ее учета. Политика поощрения колонизации неуклонно вторгалась в пастбищные земли кочевников. Слияние религиозного и экономического недовольства привело к катастрофическим последствиям во время Первой мировой войны.
В 1916 году, в разгар войны, правительство, испытывая нехватку рабочей силы, впервые ввело в Туркестане военный призыв. Несмотря на то, что призывники должны были использоваться только в дальних районах, эта мера вызвала масштабное восстание. Оно началось среди киргизских кочевников. Среди них быстро распространился слух, что призыв на самом деле предназначен для обеспечения фронта пушечным мясом, чтобы русские колонисты могли занять их пастбищные земли. Муллы, которые не были освобождены от призыва, быстро присоединились к восстанию. Ошеломленные русские чиновники подавили восстание, понеся большие потери среди кочевников и русского имущества. Ветеран управления, генерал-губернатор А.Н. Куропаткин, признал, что в течение тридцати лет русские не умели взаимодействовать с коренным населением. Но даже он недооценил религиозный компонент восстания и порекомендовал административное решение. Вновь, как и в 1892 году, он попросил создать единую военную и гражданскую администрацию для Туркестана. И снова исправление ситуации произошло слишком поздно. Новое положение было введено в действие почти ровно за год до начала Февральской революции.
Дума и конституционный кризис
В 1906/7 году проведение выборов в условиях революционного брожения создало две серьезные проблемы для правительства.
Большинство делегатов Первой Думы были привержены крестьянской программе массового передела земли, продолжению революционных целей законными средствами. Не менее зловещими в глазах правящей элиты были результаты выборов от нерусской периферии, где делегаты были возвращены на платформе национально-региональной автономии, причем избранные от Украины связывали вопросы земли и свободы. Самой организованной фракцией было польское Коло. Они возглавили движение, требуя местного самоуправления и религиозного равенства. Масса думских петиций в Министерство внутренних дел содержала горькие жалобы на местных администраторов, разжигавших межнациональную рознь во время революции. Правительство отреагировало быстро, распустив Думу и назначив новые выборы. Хотя под давлением правительства число нерусских депутатов сократилось, Вторая Дума оказалась такой же раздробленной, как и Первая. Но начались разногласия между национальностями по вопросу о местной автономии, а также между нерусскими и русскими представителями в западных пограничных районах. Новый премьер-министр П.А. Столыпин выступал за уступки, но царь противился им.