The Voyage of Sorcerer II

В отличие от старого метода "бульон в чашке", бактерии трудно различить, учитывая, как быстро они мутируют. (Они делятся каждые несколько часов, а значит, могут быстро адаптироваться и мутировать). Кроме того, они иногда заимствуют и обмениваются генами латерально - то есть не в процессе размножения. Из-за такой "скользкости" генов и мутаций у микробов бывает трудно различить виды даже с помощью идентификации по 16S рРНК, о чем мы подробнее поговорим в главе 2.

Однако проблема Крейга с 16S рРНК заключалась не только в скользкости генов. На протяжении многих лет его раздражало то, что 16S рРНК ничего не говорит нам о том, что делают гены бактерии. Это все равно что знать имена, скажем, десяти разных людей, не зная о них ничего другого. "Проблема заключалась в том, что 16S рРНК не учитывала всего, - говорит Крейг, - и ничего не говорила о функции или природе организма. Именно это меня и интересовало".

Именно здесь на помощь пришло секвенирование дробовика - метод, позволяющий секвенировать весь геном организма, а не только штрих-код ДНК. Метод "дробовика", разработанный Крейгом в 1990-х годах и использовавшийся в проекте Sorcerer II, также использует сложные компьютерные алгоритмы для сборки и анализа геномов, предлагая полную генетическую информацию, а не только отдельные гены.

После того как в 2002 году он покинул Celera и взял перерыв, чтобы собраться с мыслями, Крейг вернулся из плавания по Карибскому морю готовым вернуться к микробам. Собрав большое количество микробов для секвенирования и изучения, он был уверен, что сможет доказать, что микробные формы жизни гораздо многочисленнее и разнообразнее, чем считало научное сообщество. Он также хотел окончательно продемонстрировать, что секвенирование дробовика - мощный метод, который можно использовать не только для отдельных организмов, но и для смесей организмов - даже тысяч миллионов организмов в, скажем, двух гигантах литров саргассовой морской воды, собранной, скажем, со стофутовой яхты.

"Когда до нас дошли слухи о том, что предлагал Крейг, - говорит Энди Аллен, микробиолог и океанограф, который сейчас работает в Океанографическом институте Скриппса и JCVI, - люди в океанографическом сообществе пришли в ужас. Они подумали: вот богатый и знаменитый парень, который хочет провести время на своей парусной лодке и собрать несколько образцов микробов. Кто он такой, чтобы указывать ученым, которые годами и десятилетиями работали с океаническими микробами, что им делать?"

"Были люди, которые посвятили всю свою карьеру тому, чтобы найти несколько бактерий и попытаться понять их", - говорит Крейг о недоброжелателях. "Они считали меня сумасшедшим, думая, что мы должны взять как можно больше образцов, не имея ни малейшего представления о том, что там находится, а затем с помощью секвенирования дробовика выяснить, что мы получили".

У Крейга были свои первые сторонники. Среди них был известный гарвардский биолог и автор бестселлеров Э. О. Уилсон, который входил в состав научно-консультативного совета экспедиции Sorcerer II. "Мы говорим о неизвестном мире огромной важности, - сказал Уилсон журналисту Wired Джеймсу Шриву. "Вентер - один из первых, кто всерьез взялся за изучение этого мира во всей его полноте. Это парень, который мыслит масштабно и действует соответственно".

Другим давним сторонником был Ари Патринос, бывший директор департамента биологических и экологических исследований Министерства энергетики США.

Программа ментальных исследований, один из основных спонсоров проектов Крейга на протяжении многих лет. "Крейг - очень меркантильный и очень жесткий человек, - говорит Патринос, - что, как мне кажется, не является отрицательной чертой. Я думаю, что он всегда отличался огромной силой личности и приверженностью идеям, которые у него были. Я, честно говоря, не думаю, что он был бы и вполовину так успешен, если бы попытался примириться с людьми. Ему бы постоянно мешали".

Все это привело к тому, что днем мы собрались в пабе "Белая лошадь". Потягивая виски и эль, группа обсуждала то, что Тони Кнап назвал "большой идеей Крейга", и то, как воплотить ее в жизнь.

Кнап, уважаемый ученый в микробиологическом сообществе, сам вызвал несколько приподнятых бровей, когда скептически настроенные приверженцы традиций на Бермудах и в других местах отреагировали на его поддержку "большой идеи" Крейга. Однако Кнап был убежден, что проект Sorcerer II станет победой для его программы. "Я был директором биологической станции, поэтому мне хотелось сделать как можно больше научных исследований. У BIOS были исследователи, получившие гранты на сбор и изучение микробов с гидростанции "S" и на проведение микробиологических временных рядов, но в те дни они использовали более архаичные технологии, чем те, которыми располагал Крейг. Так что сотрудничество не представлялось невозможным".