Сам он тем временем пытается «обработать» мнительного Г. В. Чичерина, заинтересовать его козловской экспедиций, и тот уже буквально на другой день «желает видеть снимки коллекций и вообще знать, во что оценены результаты Тибетской экспедиции, что по этому поводу сказали А. Н. (Ольденбург) и Г. О. (Шокальский и Комаров)». Политический фактор снова решительно вмешивается в ход событий – 17 февраля Козлов записывает в дневнике: «Л. Е. Берлин говорит (по телефону): Г. В. [Чичерин] очень интересуется Тибетской экспедицией, и нужно завтра доставить план ее дальнейших шагов». На следующий день составленный Козловым план предстоящих работ вместе с финансовым отчетом ложится на стол Г. В. Чичерину. «Тяжелый камень дипломатии», кажется, сдвинулся с места. Нарком одобрил обновленный проект исследований и дал поручение Л. М. Карахану «убедить Китай выдать пропуск и т. д.» экспедиции Козлова (по крайней мере, так об этом сообщил 21 февраля Козлову Л. Е. Берлин).
Хождения ученого между Кузнецким мостом и Лубянкой, однако, продолжаются еще целый месяц. Козлов с нетерпением ждет ответа из Пекина от Л. М. Карахана, без которого его руки все еще связаны. Согласно новому плану работа экспедиции летом 1925 г. должна быть сосредоточена в Монгольском Алтае, а лето 1926 г. Козлов собирался провести в Восточном Цайдаме – на ближайшем подступе к Тибету, где должна быть устроена стационарная база, и откуда можно будет совершать экскурсии в глубь Тибетского плато в направлении истоков р. Янцзы.
Отношение к экспедиции «наверху» постепенно меняется: Козлов становится снова нужен советскому правительству, поскольку его открытие получило широкий международный резонанс. Центр выделяет Козлову дополнительно 12 тысяч золотых рублей «для производства работ по изучению Внешней Монголии» и даже соглашается вернуть в экспедицию С. А. Глаголева!
Довольный таким исходом, Козлов 25 марта 1925 г. покинул Москву. А через несколько дней (31 марта) СНК на своем заседании подвел итоги работы Комиссии по рассмотрению отчетов Монголо-Тибетской экспедиции. Принимается решение о срочном издании результатов работы экспедиции, утверждается соглашение между Козловым и Ц. Ж. Жамцарано о передаче Учкому МНР «части археологических коллекций», но, пожалуй, самое главное – это решение об образовании при СНК СССР постоянной комиссии под председательством Н. П. Горбунова «для планомерного систематического исследования Монголии». Идея создания такой структуры всецело принадлежала руководству РАН. По мысли С. Ф. Ольденбурга, Монгольская комиссия на первых порах могла бы курировать экспедицию Козлова «в связи с отсутствием у нее лиц с полной научной квалификацией».
В начале апреля путешественник снова в Монголии. Завершив работы в окрестностях Урги, экспедиция разделилась на две партии: одна, под руководством С. А. Глаголева, направилась в Монгольский Алтай и оттуда в Хара-Хото для дополнительных раскопок и снятия плана городища; другая, которой руководил сам П. К., выступила в направлении Южного Хангая. Вырвавшись наконец-то на «светлые научные просторы Азии», Козлов стремился наверстать упущенное – вел интенсивную археологическую разведку, занимался маршрутной съемкой, пополнял ботаническую и зоологическую коллекции. Около 5 месяцев – до весны 1926 г. – его отряд находился в предгорьях Хангая. Здесь ученый затеял новые раскопки в урочище Олун-сун, где им были обнаружены развалины древнего монастыря. (Исследование мест нахождения буддийских монастырей – одна из рекомендаций С. Ф. Ольденбурга.) Заключительный этап экспедиции (весна-лето 1926 г.) – это палеонтологические раскопки вблизи реки Холт, посещение озера Орок-нор и развалин Хара-Хото в низовьях Эдзин-гола.
В целом путешествие по Южной Монголии принесло немало ценных находок, однако повторить ноин-ульский успех Козлову, увы, было не суждено.
Работа экспедиции в период 1925–1926 гг. проходила под тесной опекой РАН (С. Ф. Ольденбурга), что подчас вызывало раздражение у Козлова. «Сегодня получена бумажка от Н. П. Горбунова с копией письма С. Ф. Ольденбурга, – записывает он в дневнике в середине июня 1925 г. – Последний, так или иначе, не хочет упустить связь с Т[ибетской] экспедицией и вместо Р. Г. О-ва становится в роль опекуна. Я люблю Ольденбурга за его энергию, инициативу, за его уместные подсказы, все это хорошо, но нельзя же чересчур расписывать, что нам нужно делать, как делать и каким путем разыскивать те или другие памятники». Однако что-либо изменить в характере установившихся отношений с Центром Козлов бессилен. Осуществить свою программу до конца ему так и не удалось: основательно увязнув работой в Монголии, экспедиция уже не смогла выступить в сторону «заветного юга», в Цайдам и Тибет, несмотря на китайские паспорта, наконец-таки полученные из Пекина в ноябре 1925 г.