Между тем Эрнст Шефер обратился в управление культуры при Министерстве иностранных дел Германии, чтобы попытаться найти там какую-нибудь поддержку, что могло помочь в общении с немецкими консульствами на территории Индии и Китая. Шефер обращался во все структуры, в которые только мог. Так, в итоге он обратился в письменном виде к командованию 51-го геттингене кого штандарта СС с просьбой, чтобы СС помогли в решении сложившейся проблемы. В данной ситуации молодого ученого даже не смущал тот факт, что экспедиция отчасти финансировалась из США. Это указывает на некую политическую наивность Шефера, который не видел в этом шаге (СС помогают экспедиции, финансируемой из США) ничего противоестественного. Как ни странно, но из 51 — го штандарта СС пришел ответ, в котором сообщалось, что в Министерство иностранных дел было направлено соответствующее ходатайство. Уже только один этот момент показывает, что руководство СС понимало, насколько важным для них было участие одного членов охранных отрядов в азиатской экспедиции. В указанном ходатайстве была одна интересная фраза: «Самой большой целью Шефера является желание не только послужить немецкой науке в роли исследователя, но и стать представителем новой Германии во всех государствах и областях, которые он посетит во время своей 2-летней поездки. Он готов послужить словом и делом. Именно поданной причине он просит содействия у высшего руководства С С, а также поддержки правительства всех его последующих научных начинаний».
Оказалось, что уже в начале карьеры Шефер смог доказать политическую значимость своей научной деятельности. Впрочем, не будь он членом СС, то неизвестно, мог бы он рассчитывать на поддержку Министерства иностранных дел. Но Шефер не хотел рисковать, он предпочитал действовать наверняка. А для этого ему любой ценой надо было получить поддержку немецких консульств за рубежом. По этой причине можно говорить о том, что на тот момент попытка заручиться поддержкой со стороны СС была его личной инициативой. Но в любом случае заступничество СС усиливало его позиции.
Членство Шефера в СС пригодилось ему и во время самой экспедиции. Так, например, германское посольство в Нанкине стало собирать все китайские статьи и газетные заметки об экспедиции, членом которой являлся молодой эсэсовец. В итоге можно с определенной долей уверенности утверждать, что членство Шефера в охранных отрядах оказалось решающим фактором для разрешения его выезда в Азию. Но при этом нельзя отрицать и того факта, что большая часть организационных и финансовых затрат была возложена на американцев.
Эрнст Шефер был научным руководителем предстоящей экспедиции. 5 апреля 1934 года он покинул Германию, чтобы несколькими неделями позже встретиться в Китае с Доланом и Дунканом. Несмотря на то что между Доланом и Шефером установились дружеские связи, это не исключало неких договорных отношений. Так, например, именно Долан должен был первым сообщать в США обо всех открытиях, которые сделает экспедиция. Именно так произошло в случае с неизвестным видом барана, который в декабре 1934 года был обнаружен именно Шефером. Но пальма первенства досталась Долану. И лишь по возвращении в Европу Шефер получил возможность доложить об этом открытии в научных кругах. Не исключено, что в СС знали об этом экспедиционном договоре. Только так можно объяснить тот факт, что в шанхайском представительстве немецкой фирмы AGFA, в котором имелось немало резидентов немецких спецслужб, после проявки фотографических пленок, отснятых во время экспедиции, были тут же сделаны дубликаты всех фотоснимков. Эти отпечатки были тут же посланы в Германию.
Во время длительной и трудной экспедиции не обходилось без ссор и споров. Тяготы не улучшали психологический климат в коллективе. В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, фактически на несколько недель задержал экспедицию. Именно по этой причине само предприятие развалилось. Долан намеревался вернуться назад, чтобы заручиться помощью, получить новые разрешения и доверенности. Однако к Шеферу он так и не вернулся. Он направился в Шанхай, где (по странному стечению обстоятельств) оказался и Дункан. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил свой путь. 2 ноября 1935 года, как единственный и полновластный руководитель экспедиции, Шефер, казалось бы, освобожденный от всех обязательств, с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом» прибыл в Шанхай.