Но здесь его ожидала проблема, которая предопределила все его будущее. В Германии его покровитель и научный руководитель зоолог Юон с самого начала отказывался признавать вторую экспедицию молодого исследователя. С другой стороны, экспедицию все-таки финансировали Долан и Академия естественных наук Филадельфии. Шефера в тот момент интересовал исключительно научный успех экспедиции, а не договорные отношения, которые предусматривали, кстати, вывоз всех собранных ею материалов на корабле в Америку. Дружеские отношения между Шефером и Доланом, которого немец встретил, как ни в чем не бывало, в Шанхае, дали огромную трещину. В итоге Шефер скрипя сердце передал американцу собранные им материалы, как то изначально предусматривал договор. Более того, он не намеревался направляться вместе с ним в США. Именно по этой причине Шефер накануне своего отъезда в США обратился в немецкое дипломатическое консульство в Шанхае. Тогда консульством руководил Герман Крибель, «старый боец национал-социалистического движения». Еще в 1923 году он участвовал в так называемом «пивном путче». Некоторое время он тесно общался с фюрером, когда тот еще только рвался к вершине власти.
Крибель, как ярый националист, даже допустить не мог, чтобы молодой перспективный ученый направился в Америку. Он тут же написал в Берлин, в Министерство иностранных дел: «Я знаю Шефера лично, а потому могу удостовериться, что он один из немногих людей, твердых как кремень. В будущем он станет великим немецким ученым. Но теперь он находится перед мучительным выбором: окончательно продаться американцам или взять на себя китайские обязательства. В любом случае мы теряем человека, который мог бы быть истинным украшением нашего ученого мира. Необходимо, чтобы этот человек вернулся к нам». Крибель поведал и о замысле Шефера — направиться в США вместе Доланом, чтобы обработать собранные материалы и тайком начать готовиться к новой экспедиции, которая предположительно должна была осуществиться два года спустя. Но для этого ему требовалось получить на 1938 год въездную визу от китайского МИДа в Нанкине. Это было непременным условием осуществления экспедиции в Западный Китай.
В те дни Крибель направил письмо не только в немецкое Министерство иностранных дел, но и во множество других не менее авторитетных инстанций. Во всех сообщениях он просил заступиться за Молодого немецкого ученого. Среди всех прочих адресатов в списке значились Вальтер Грайте, главный референт общества Немецкой научной взаимопомощи (Немецкое исследовательское общество), а также основоположник геополитики Карл Хаусхофер, который с 1934 года являлся президентом «Немецкой академии — Академии научного исследования и сохранения немецкого духа».
Хаусхофер был готов поддержать начинание Крибеля. Забегая вперед, скажем, что в феврале 1936 года он направит в Немецкое исследовательское общество письмо, в котором напишет: «Немецкая академия полагает, что в интересах Германии оберегать ценные исследования молодого немецкого ученого. По этой причине мы бы не только приветствовали, но и были крайне благодарны, если предложения генерального консульства были взяты на вооружение, а молодому ученому, находящемуся в настоящее время в Филадельфии было послано сообщение, что авторитетные структуры Рейха хотят поддержать его научную деятельность».
Очевидно, что Шефер смог убедить Крибеля в том, что он, как перспективный ученый, мог использоваться не только Министерством иностранных дел, но целым рядом влиятельных личностей, например Карлом Хаусхофером. Но на этот раз речь шла уже о том, чтобы продолжить свои исследования уже в Германии. Вне всякого сомнения, Шефер, разочарованный «интернациональными проектами», на этот раз планировал сформировать исключительно немецкую экспедицию. Он не хотел в очередной раз повторять своих ошибок общения с Доланом. Но при этом нельзя четко определить, отказывался ли молодой немец далее путешествовать с американцами по личным или все-таки политическим мотивам. Но ни одного из них нельзя было исключать. В любом случае он намеревался впредь для продвижения своей научной карьеры использовать только германские инстанции. Крибель же, в свою очередь, сообщал в управление культуры при Министерстве иностранных дел Германии, что хотя бы по соображениям национального престижа Шефер должен был оказаться вновь в Германии. Только так можно было предотвратить получение ученым американского гражданства и последующую работу на благо США. Крибель настаивал на том, что Министерство иностранных дел должно было как минимум поздравить Шефера в официальном письме с его научными достижениями, что не только значительно упростило бы переговоры, но позволило бы Германии занять более выгодную по сравнению с США позицию в переговорах с Шефером. Используя свой последний аргумент, Крибель писал: «Эрнст Шефер является нашим партайгеноссе и служащим СС, а потому должен, прежде всего, использоваться на благо нашего национал-социалистического движения».