Эти четыре центральных университетских комплекса школы Гелугпа изначально предназначались на роль монашеских учебных заведений, где философскому диспуту и логике предполагалось уделять большое внимание. В каждом из них имелось несколько факультетов и специальных общежитий для студентов, приезжавших из отдаленных районов Тибета. Позднее, начиная с XVIII в., в стенах этих университетов появились и студенты из Монголии Обучение строилось в них по единой образовательной программе, включавшей пять обязательных дисциплин: 1) парчин (санскр. праджняпарамита) — тексты цикла Праджняпарамиты; 2) цадма (санскр-прамана) — эпистемология как учение об источниках истинного знания; 3) ума (санскр. мадхьямика) — философия Мадхьямики; 4) дулва (санскр. виная) — дисциплинарный кодекс Винаи; 5) нгондзод (санскр. абхидхармакоша) — «Абхидхармакоши» Васубандху.
Логика и эпистемология изучались преимущественно на основе тибетских учительских текстов, относящихся к классу учебной литературы, именуемой
Обучение начиналось с тщательного штудирования учебников, в которых рассматривались объекты познания в аспекте их существования, источники истинного познания и логика (искусство дедукции). Этот этап считался предварительным, вводящим в основные образовательные дисциплины. Он охватывал три класса, по окончании которых студент владел понятийно-терминологическим аппаратом, законами дедукции и правилами ведения диспута. Успешные студенты допускались к изучению четырех основных дисциплин.
Во времена Цзонхавы учащиеся, одолевшие основные предметы, получали после прохождения экзамена ученую степень каши рабчампа — «тот, кто понимает четыре дисциплины, или четыре раздела Учения, в совершенстве». Позднее эта ученая степень была преобразована в качупа — «тот, кто овладел десятью образовательными дисциплинами», поскольку изучение вводного курса и основных дисциплин (соответствующих им индийских текстов) было дополнено еще пятью, обязывающими студента предметно познакомиться с обширными комментариями.
Пять дисциплин изучались в определенной последовательности. Начальный этап завершался освоением искусства диспута, после чего студенты переходили ко второй дисциплине — парчину — познанию текстов Праджняпарамиты. Целью обучения на этом этапе выступало теоретическое и практическое постижение природы парамит — высших совершенств, «запредельных» добродетелей, свойственных бодхисаттве. В основу обучения был положен махаянский текст — «Абхисамаяаланкара-сутра», в котором рассматривается метод интуитивного постижения (абхисамая) Благородных истин. Изучались и комментарии к этому сложнейшему тексту, созданные теоретиками школы Гелугпа.
Следующий этап образовательного процесса был связан с углубленным изучением
Философская система Мадхьямики — дисциплина ума преподавалась после эпистемологии и предполагала освоение трактата Цзонхавы «Ума гонпа рабсал», а также его комментария к сочинению Чандракирти «Прасаннапада». Трактат Чандракирти являлся основополагающим в традиции Прасангика-Мадхьямика. Цзонхава считал метод мышления и ведения межшкольных диспутов, разработанный Чандракирти, весьма важным. Согласно этому методу, в споре не следует выдвигать собственные точки зрения, ибо цель спора — разрушение аргументации оппонента средствами негативной диалектики. Диспут с позиций Прасангики-Мадхьямики — это акт сострадания к оппоненту, разрушающий его неведение посредством редукции к абсурду всех его суждений. Такой подход базировался на главной идее философии Мадхьямики — в высшем смысле истина есть Нирвана, а она невыразима в словах. Поэтому любой тезис заведомо абсурден, и в диспуте это должно быть обнаружено благодаря эпистемологическому мастерству. Истина познается не посредством слов, а благодаря практике интуитивного постижения.
Освоив эпистемологию, студенты приступали к изучению кодекса Винаи, где в качестве центральных текстов выступали «Пратимокшасутравритти», «Винаясутра» Гунапрабхи и «Винаясутратика» Дхармамитры.