Развитие школы Гелугпа в направлении активного включения в борьбу за идеологическое доминирование в Тибете приходится на период после смерти Цзонхавы. Первые атаки на школу были связаны с деятельностью ее монастыря-университета Ташилунпо, основанного, как отмечалось выше, учеником Цзонхавы — Гедундубом на территории Шигадзе, подмандатной клану Ринпунг. Этот аристократический род поддерживал школу Карма-Кагьюпа и не вмешивался в дела Ташилунпо лишь до той поры, покуда семья Пагмоду не утратила своего политического господства. С падением власти Пагмоду клан Ринпунг начал притеснять последователей Цзонхавы. В этой ситуации, чреватой запустением, а возможно, и разгромом монастыря и ущербом для школы Гелугпа в целом, было важно сохранить преемственность руководства. Гедундуб составляет, подобно лидерам школы Карма-Кагьюпа. пророческое завещание, в котором предсказывает появление своего нового человеческого воплощения — тулку — и называет признаки для установления личности «перерожденца». Благодаря этому в новой школе произошла адаптация введенной в рамках традиции Карма-Кагьюпа концепции религиозного главы школы как непрерывной серии человеческих рождений единой персоналии.
Новым воплощением настоятеля монастыря Ташилунпо стал мальчик, родившийся в семье простого крестьянина через год после смерти Гедундуба. Когда ему исполнилось одиннадцать, он принял свои первые религиозные обеты и вошел в сангху монастыря Ташилунпо под именем Гедун Чжамцо. В возрасте двадцати одного года «перерожденец» был посвящен в монашество в монастыре Брайбун. Завершив курс религиозного образования, Гедун Чжамцо приступает к проповеди Дхармы в районах Уй, Цзан, Лока, Дагпо. В 1509 г. в районе Лока им был основан новый монастырь — Чойкорчжал.
Ученики Цзонхавы вели активную проповедь в различных районах Тибета — Кхаме, Нгари, создавали там школьные монастыри. В частности, Тод Шераб Санпо, пройдя курс религиозного образования в Галдане, вернулся к себе на родину в Нгари и там, в местности Манюл, основал монастырь Тагмо, а уроженец Кхама Джансем Шераб Санпо по завершении образования в монастыре Сера направился в Чамдо, где благодаря его усилиям возник монастырь Джамбалин. Подобная деятельность позволила школе Гелугпа в течение нескольких десятилетий XV в. обрести последователей почти повсеместно. Главные монастыри школы — Галдан, Сера и Брайбун — сделались кузницей кадров: здесь получали образование и ученые степени будущие основатели новых монастырей.
В конце XV-начале XVI в., когда политическая власть оказалась полностью в руках аристократической семьи Ринпунг, школа Гелугпа подверглась вытеснению с территории Центрального Тибета. В 1435 г. Шигадзе, столица района Цзан, была захвачена Норцаном из рода Ринпунг, и религиозному главе школы Гедун Чжамцо в административном порядке запретили вести проповедь Дхармы в районах Центрального Тибета. К этому времени Гедун Чжамцо был избран на пост настоятеля монастыря Брайбун, а вслед за тем он возглавил и монастырь Сера. В Брайбуне для религиозного главы школы Гелугпа построили резиденцию, получившую название Гандан Пходанг. Она предназначалась не только для временного проживания, но и служила местом ведения проповеди, аудиенций, когда Гедун Чжамцо навещал Брайбун.
В 1498 г. Дондуб Дордже из рода Ринпунг осуществил вооруженный захват власти в Лхасе при активном участии религиозных последователей Карма-Кагьюпа. Вплоть до 1517 г., когда войска, руководимые десятым главой школы Пагмо-Кагьюпа, вытеснили Ринпунгов из Лхасы, монахи Брайбуна и Сера подвергались непрерывному давлению — им даже было запрещено участвовать в ритуалах празднования Мон лама. Этот праздник был введен в буддийский календарь Цзонхавой и содержательно представлял собой идеологическую реинтерпретацию автохтонного Нового года в контексте учения Будды.
Мон лам (Мон лам чен мо) — «Великое Моление» — проводился в течение трех недель первого месяца празднования Нового года. По мысли Цзонхавы, начало каждого годичного цикла должно было сопровождаться осуществлением масштабного ритуального сценария, направленного на единение тибетского буддийского монашества. Монахи и монахини, принадлежавшие к различным школам, собирались в Лхасе для совместного моления во благо всех живых существ и чтения соответствующих «очистительных» текстов. Власти предержащие и миряне получали возможность выказать свою преданность Дхарме и обрести религиозную заслугу, одаривая монашество подношениями — лекарствами, пищей, тканями для облачений и т. п. Ритуальный сценарий включал также и проведение публичного межшкольного философского диспута. Цзонхаве не только удалось внедрить традицию празднования Мон лама в древней столице Тибета — Лхасе, но и получить одобрение на личное руководство его проведением. Ринпунги не покушались на эту традицию, захватив господство над Лхасой, — празднование Мон лама имело место и в период гонений на школу Гелугпа, но ее последователи были отрешены от ритуальных действий.