Падмасамбхава вошел в историю тибетского буддизма на статусе «Второго Будды». Именно так называют индийского миссионера тибетские историографы. Падмасамбхава, буддийский учитель-тантрик, сумел обратить в веру Шакьямуни бывших последователей местных религиозных культов. И достиг он этого поразительного результата отнюдь не силой проповеди, а исключительно благодаря умелому использованию паранормальных (риддхических) способностей, которыми владел как мастер буддийской йоги. В тибетских хрониках довольно подробно говорится о чудесах, удивительных действиях, сотворенных Падмасамбхавой по пути в Тибет. Так, царских посланцев он изумил, превратив пригоршни земли в золото. Когда дорогу преградила песчаная буря, вызванная гневом местных божеств, он усмирил их ярость силой своего сосредоточенного сознания, погрузившись в созерцание.
Падмасамбхава представлен в хрониках прежде всего как победитель местных божеств, которые под воздействием его йогических способностей превратились в защитников учения Будды Шакьямуни. Как миссионер Падмасамбхава использовал вполне определенную технику религиозного обращения — убеждение посредством демонстрации необычных явлений, поражающих воображение. Он показал тибетцам, знакомым с магией, искусство впечатляющее, но связанное с иной, новой для них религией. А поскольку объектом его воздействия явились местные божества, Падмасамбхава сразу же был воспринят тибетцами как тот, кто может устанавливать контакт с этими божествами, то есть их избранник. Он доказал, что располагает особым мистическим даром, подобно служителям местных культов, но вместе с тем его способности более высокого порядка, ибо божества подчинились ему и проявили смирение.
В тибетобуддийских хрониках всегда подчеркивается, что прибытие Падмасамбхавы в страну, подчинение божеств и установление резиденции этого учителя в местности Самье сделали возможным возвращение Шантаракшиты ко двору. Историографы не упоминают о том, вел ли Падмасамбхава публичную проповедническую деятельность. Как правило, перечисляются лишь его действия, связанные с усмирением местных божеств, а также указывается, что индийский учитель обрел большое количество последователей среди простого населения. Сообщается, что он давал устные разъяснения относительно конкретных буддийских тантрических текстов, а также наставления в религиозных техниках и практиках. Проповедь основ доктрины оставалась прерогативой Шантаракшиты и возымела успех во время его повторного посещения Тибета.
Совместные религиозные усилия двух индийских миссионеров — Шантаракшиты и Падмасамбхавы были направлены на строительство первого на территории Тибета монастыря Самье, получившего свое название по местности, где он был основан. Он сооружался по модели известного индийского буддийского монастыря Одантапури — знаменитого образовательного центра. Обучались в нем монахи, которым предстояло религиозное служение в других монастырях, а также буддисты-миряне.
В Индии наибольшим авторитетом пользовались три монастыря — Одантапури, Наланда и Викрамашила. Они представляли собой крупные архитектурные комплексы, включавшие ансамбль храмовых построек, ступ, строений для проживания монахов, обучающихся и гостей. Между этими тремя центрами буддийской учености практиковалось плодотворное сотрудничество, выражавшееся, в частности, в обмене преподавателями. Индийские, кашмирские и непальские миссионеры, проповедовавшие на территории Тибета или участвовавшие в переводе текстов буддийского канона на тибетский язык, имели опыт преподавания в каком-либо из этих трех университетов, а некоторые — и в каждом из них.
Примечательно, что Шантаракшита, будучи преподавателем Наланды, деканом факультета логики и философии, предложил строить первый буддийский монастырь-университет в Тибете по образцу Одантапури, а отнюдь не Наланды. Такое решение объяснялось в первую очередь тем, что Одантапури прославился своим тантрическим факультетом. Кроме того, были приняты во внимание особенности архитектурного плана Одантапури. Совокупность его строений воспроизводила буддийскую космографическую схему, и этот архитектурный образ буддийского космоса было намечено утвердить в Тибете — новой цитадели учения Шакьямуни. Шантаракшита сам выбрал местность для будущего монастыря. В тексте «Летописи царских родословных» подробно воспроизводится процедура поиска подходящей территории. Ачарья Бодхисаттва отверг предложения основать монастырь на одной из четырех гор Тибета или в одной из долин. Эти пространства осмыслялись тибетцами как сакральные, населенные божествами. Горы, их подножия использовались как места проведения бонских ритуалов. Шантаракшита избрал живописную местность Самье, «словно заполненную цветами шафрана». Учитель Падмасамбхава сотворил ритуал освящения избранной земли, приведя к повиновению злых духов местности.