Основателем собственно школы Сакьяпа считается сын Гончог Чжалпо — Гунга Ньинпо, положивший начало формированию школьного образца учености. Первые пять иерархов школы Сакьяпа вошли в буддийскую культуру как «пять великих» — это Гунга Ньинпо (1092–1158), Соднам Цземо (1142–1182), Дагпа Чжалцан (1147–1216), Сакья-пандита (1182–1251) и Пагба-лама (1235–1280). Они последовательно сменяли один другого на посту настоятеля монастыря Сакья, вели активную проповедническую деятельность в подвластных роду Кхон землях, заложили основы сакьяпинской системы монастырского образования.
Традиция школы Сакьяпа, как и школы Кадампа, изначально формируется как монастырская, то есть нацеленная на изучение письменного источника сакрального буддийского знания в рамках собственной образовательной программы. Вместе с тем в отличие от школы Кадампа традиция Сакьяпа создается усилиями местной аристократии, претендовавшей на политическую власть и администрирование в границах всего Тибета. В сочинениях учителей-основателей этой традиции прослеживается стремление жестко обозначить религиозно-доктринальные и социокультурные особенности школы Сакьяпа, подчеркнуть ее уникальность. Основатели традиции Сакьяпа не признавали, как это было у последователей школы Кадампа, необходимости строгого монашества (то есть соблюдения обета безбрачия) для достижения конечной религиозной цели — Просветления. Религиозно-доктринальной основой школьного монастырского образования становятся тексты «новых» тантр, переведенные с санскрита в XI–XIII вв. и вошедшие в состав тибетского буддийского канона. Стремясь размежеваться с последователями «старых» тантр и обосновать свое преимущественное идеологическое право на проповедь Дхармы в стране, основатели школы Сакьяпа создают первую в истории тибетобуддийской мысли историографическую концепцию. Историографическая концепция этой школы представлена суммой сочинений ее основателей. Они создали и ввели в тибетскую буддийскую литературу два самостоятельных жанра — «история Дхармы» и «родословные».
Авторству третьего по счету иерарха школы Сакьяпа — Дагпа Чжалцана принадлежит самая ранняя работа, выполненная в жанре «родословных» и посвященная истории царских династий, она так и называется — «Родословная царей Тибета». Он также выступил составителем «родословной семьи Сакья», изложенной им в 1206 г. в эпистолярной форме — в виде письма, адресованного царственной особе. Одной из основных целей этих сочинений Дагпа Чжалцана была документальная демонстрация и подтверждение идеологического права семьи Кхон на проповедь буддизма. Основатели традиции школы Сакьяпа рассматривались в них как прямые наследники религиозно-идеологической и политической власти в Тибете. Так, родословная рода Кхон, или семьи Сакья, начинается с Кхон Луи Вангпо и его младшего брата Дордже Ринчена, министров Тисрондецана, и доводится вплоть до племянников автора хроники.
Основатели школы Сакьяпа стремились также закрепить за собой приоритет в исследовании, изучении и комментировании «новых» тантр. В качестве духовного основателя религиозной традиции Сакьяпа, в рамках которой главный акцент ставился на изучение текстов буддийской тантры и психотехники, в историографии этой школы фигурирует тибетский ученый — переводчик XI в. Брогми. Основатели традиции Сакьяпа всегда подчеркивали уникальность собственной линии учительской преемственности по сравнению с другими школьными традициями. Выстраивание собственной линии учительской преемственности — это еще один способ подчеркнуть идеологическую независимость данной школы, ее отличие от школ Кадампа, Ньинмапа и Кагьюпа. В этой связи важно, что основатель традиции школы Кагьюпа — Гампопа получил свое религиозное образование и дисциплинарные обеты от наставников школы Кадампа. Традиция школы Ньинмапа вообще не располагала отчетливой линией учительской преемственности, а «старые» тантры, составлявшие ее источник сакрального знания, не признавались последователями традиции Сакьяпа.
Особенностью историографической традиции школы Сакьяпа становится обращение к историческим документам, их тщательное исследование и использование для подтверждения религиозно-доктринального соответствия учительской традиции Сакьяпа индийскому буддизму. Историографические сочинения иерархов этой школы призваны, в частности, Показать, что духовный авторитет ее основателей базируется прежде всего на их энциклопедической буддийской образованности, то есть всестороннем знании доктрины, философии, теории познания и логики, психотехники. В отличие от всех прочих последователей буддийской тантры учителя школы Сакьяпа делали упор не на обретении мистического опыта и паранормальных способностей, а на необходимости накопления знаний в соответствии с индобуддийским образовательным стандартом.