В русле, предложенном его предшественниками, Дагпа Чжалцан продолжил теоретическое осмысление тантрических практик, исследование классификационных признаков буддийских тантр. Авторству Дагпа Чжалцана принадлежит, в частности, тринадцать трактатов, посвященных ритуальному комплексу богини Тары. В этих текстах подробно исследованы и разъяснены практически все компоненты, входящие в ритуальный комплекс Тары, — способы построения мандал, магические практики, жертвенные подношения, визуализация, использование специальных словесных формул — мантр и дхарани. Особенностью трактатов было включение описаний автохтонных тибетских магических практик в контекст разъяснения буддийских тантрических ритуалов. Дагпа Чжалцан, комментируя тантры, вводил в свой текст материал, не содержащийся в санскритском оригинале. Благодаря исследованиям Дагпа Чжалцана ритуальный цикл Тары получил свое комплексное оформление, представляющее перечень и подробное рассмотрение всех функций Тары. В комментариях Дагпа Чжалцана к текстам под общим названием «Подношения двадцати одной Таре» обрели свое письменное закрепление те связанные с культом Тары ритуальные практики, которые ранее передавались лишь в устной форме от учителя к ученику.
Дагпа Чжалцан в своих исследованиях тантрических текстов так же, как и предыдущие иерархи школы Сакьяпа, особое внимание уделял осмыслению проблемы классификации уже переведенных тантр. Результаты его работы в этом направлении изложены в сочинениях «Драгоценное древо познания тантры» и «Общее руководство к разделу тантры с исследованием семидесяти тем познания тантры». Венцом усилий Дагпа Чжалцана в области классификации и систематизации переводных с санскрита тантр стал первый в истории школы Сакьяпа «Каталог тантр». Он имеет семь разделов и насчитывает 220 текстов. В четыре начальных раздела включены тексты тантр «низкого уровня» — криятантра, чарьятантра, йогатантра и махайогатантра. Следующие три содержат только «высшие» тантры. Этот каталог использовался в качестве образца пятым иерархом школы Сакьяпа — Пагба-ламой — при разработке его собственного каталога буддийских тантр.
Среди выдающихся учеников Дагпа Чжалцана, около пятидесяти лет возглавлявшего школу Сакьяпа, был и его племянник Кхон Балдан Дондуб, известный под именем Сакья-пандита («Ученый из монастыря Сакья»), Со времени Сакья-пандиты (сокращенная форма имени — Сапан) в существовании традиции Сакьяпа начинается совершенно новый период, связанный с преодолением узких границ прежней проблематики (толкования буддийских тантр), с обретением доминирующего положения среди прочих школ тибетского буддизма.
В отличие от своих предшественников Сакьяпандита получил энциклопедическое по охвату дисциплин буддийское образование и уже в возрасте Двадцати семи лет принял строгое монашество (предполагавшее обет безбрачия). Наряду с изучением Традиции Сакьяпа он совершенствовал свои познания в Дхарме под руководством знаменитого буддийского наставника из Кашмира Шакьяшрибхадры, проживавшего в тот период в Тибете. Сакья-пандита освоил весь курс буддийского традиционного образования, состоявшего из десяти наук, и по завершении обучения у Шакьяшрибхадры принял участие в диспуте, принесшем ему славу знатока религиозной доктрины и мастера ее аргументации с позиций логики и теории познания.
Сакья-пандита был первым в цепочке иерархов школы, кто занялся исследованием системы буддийского традиционного образования и определением места и роли философского диспута в нем. Он также выступил автором целого ряда сочинений по различным областям знания — сфера его интересов была представлена не только буддийской религиозной доктриной, но и языкознанием, семантикой, лексикологией, философией, логикой и эпистемологией. Особое значение в системе монашеского образования Сакья-пандита придавал философскому диспуту. Участие в теоретическом споре, проводящемся в соответствии с определенной формализованной процедурой, давало учащимся возможность закрепить полученные знания и практически освоить методы правильного мышления. В трактате «Врата [в собрание] мудрецов» Сакья-пандита посвятил отдельную главу процедуре ведения диспута, анализу его компонентов. Он указал также на важность лингвофилософского аспекта в диспутальной практике и в этой связи — на необходимость основательного изучения грамматики и семантики. Весьма значительным вкладом в области логики стал трактат Сакья-пандиты «Сокровищница науки логики», в котором он дал углубленную интерпретацию теоретических положений, выдвинутых в трудах Дхармакирти (VII в.), одного из индийских корифеев буддийской учености. Сочинения Сакья-пандиты заложили основы изучения логики в образовательной системе школы Сакьяпа, введенная им процедура диспута сделалась ее стержнем.
Сочинения Сакья-пандиты написаны в форме «руководств» и «введений» к различным дисциплинам буддийского образовательного комплекса, и в дальнейшем они использовались в школьной традиции Сакьяпа как учебные пособия.