Следуя исходной проблематике школы, Сакья-пандита также занимался изучением текстов тантрического цикла и составлением собственных хронологических таблиц истории буддизма в Индии и Тибете. Однако и в этом Сакья-пандита особое внимание уделял исследованию доктринальных и философских аспектов, стремясь к предельной систематизации рассматриваемого материала. Многие сочинения Сакья-пандиты обрели известность и широкое распространение за пределами Тибета — в Монголии, а позднее и в Бурятии.
В XIII в. благодаря его просветительской деятельности в традиции Сакьяпа формируется школьная система образования, создается группа монастырей, выполняющих функции образовательных центров. Появляется и широкий круг последователей — как принявших монашество, так и мирян.
В XII–XIII вв. произошло окончательное закрепление различных районов Тибета за теми влиятельными аристократическими родами, в чьих руках сосредоточилась политико-административная и религиозная власть. Иерархи школ тибетского буддизма одновременно представляли и интересы местной аристократии, что во многом способствовало становлению теократической формы правления в отдельных регионах Тибета. Среди сформировавшихся к XIII в. школ тибетского буддизма — Кадампа, Кагьюпа, Ньинмапа, Сакьяпа — наибольшим влиянием обладали Сакьяпа во главе с Сакья-пандитой и Кагьюпа. Жесткое противостояние этих двух школ, их конкурентная борьба за численность последователей и идеологическое господство временно утратили свою напряженность из-за политических событий 40-х годов XIII в.
В 1240 г. в результате вторжения в Тибет монгольских войск под руководством хана Годана страна оказалась в политической зависимости от монгольской династии. Согласно историческим источникам, Годан не стремился к оккупации Тибета, а выбрал путь установления вассально-союзных отношений, сохраняя за собой право формировать на местах административный аппарат и осуществлять кадровые назначения. Учитывая высокий религиозный авторитет и популярность Сакья-пандиты, Годан избрал именно его из числа прочих выдающихся буддийских деятелей своим «личным учителем». В 1244 г. Сакья-пандита был приглашен ко двору Годана. Сакья-пандита проявил себя как весьма искусный дипломат, и в результете этой встречи были сформулированы обоюдоприемлемые условия подчинения Тибета монгольскому хану. Монастырь Трулпайде и специальная резиденций, возведенные в честь Сакья-пандиты, послужили обителью последних семи лет его жизни.
Принципиально важно, что в сложившейся политической ситуации Сакья-пандита проводил достаточно гибкую линию в отношениях с монгольским ханом. Согласно историческим хроникам школы Сакьяпа, он разослал обращения к религиозным иерархам всех школ и правителям на местах, призвав к соблюдению лояльности и неукоснительной выплате затребованной монголами дани во избежание прямых вооруженных конфликтов. Одновременно с этим он добился от Годана признания статуса теократического правителя Тибета. Пребывая в этом статусе, Сакья-пандита заложил основы тибетской теократии и гибкой внешней политики, не характерной в историческом прошлом для тибетской государственности, изначально складывавшейся как довольно агрессивный военный альянс племен. Благодаря проповеднической деятельности Сакья-пандиты, школа, которую он представлял, обрела известность среди монголов, познакомившихся с Дхармой именно в интерпретации Сакьяпа.
Дело Сакья-пандиты продолжил его племянник — Пагба-лама, возглавивший школу в 1251 г. после его кончины. Пагба-лама считается учеником Сакья-пандиты, однако его обучение, прерванное смертью наставника, не было продолжительным. Пагба-лама приступил к своей общественно-политической и религиозной деятельности, будучи очень молодым человеком. В 1253 г. в возрасте восемнадцати лет он был приглашен ко двору монгольского хана Хубилая и получил от него титул «личный учитель». Пагба-лама руководствовался в своей деятельности концепцией «духовный наставник — податель благ», разработанной его предшественником и имевшей определенную политическую направленность. В число наиболее важных его сочинений входят письма, обращенные к видным политическим деятелям из придворного окружения монгольского хана. Эпистолярный жанр, вообще говоря, сложился еще в буддийской постканонической литературе Индии, и образцы этого жанра (письма-наставления правителю) были известны в Тибете. Именно им и следовал Пагбалама, составляя свое «Наставление для владыки» в форме письма, адресованного Хубилаю.
Ряд сочинений Пагба-ламы касается традиционной для школы Сакьяпа проблематики — изучения тантр. Его работы посвящены исследованиям ритуального оформления буддийских тантрических практик. Кроме того, им был создан «Каталог тантр» и комментаторские труды по системе «Хеваджратантры».