Пагба-лама получил в дар от Хубилая земли тринадцати округов Центрального Тибета и часть территории районов Уй и Цзан. Покровительство монгольского двора и активная деятельность Пагба-ламы обеспечили процветание и религиозно-политическое доминирование школы Сакьяпа в Тибете вплоть до 1350 г.
После смерти Пагба-ламы эта школа постепенно утратила свои лидерские позиции. В результате поражения в военном столкновении с кланом Пагмоду, члены которого следовали традиции Кагьюпа, род Сакья лишился политического первенства, потеряв право собственности на значительную часть своих территорий. В XIV в. это некогда могущественное семейство распалось на четыре ветви, а внутри школы Сакьяпа также произошло размежевание на подшколы, базировавшиеся на субтрадициях конкретных монастырей.
Применительно к школе Кагьюпа, как и в случае с процессом формирования школы Ньинмапа, следует проводить различение между религиозной традицией и традицией школьной. Сложение религиозной традиции Кагьюпа предшествовало становлению школы, обладающей своей собственной монастырской системой образования, иерархией социорелигиозных статусов, историографической концепцией. Религиозная традиция Кагьюпа имела ряд характеристик, в силу которых она поначалу в принципе не могла стать школьной. Одна из важных характеристик этой религиозной традиции и обусловила ее самоназвание — кагью означает «линия», «нить». Это интерпретировалось как линия преемственности религиозного опыта, который передается от учителя к ученику без обращения к письменному источнику сакрального религиозного знания — к Слову Будды. Кагью — это невидимая духовная нить, связующая учителя и ученика, она возникает в процессе передачи сакрального знания, сакральной мистической силы наставника его преданному последователю. Религиозная традиция Кагьюпа, подобно религиозной традиции Ньинмапа представляет собой социокультурную форму бытования буддийской тантры в Тибете. Однако в отличие от религиозной традиции Ньинмапа, традиция Кагьюпа складывается в XI–XII вв., само ее возникновение связано с распространением «новых» тантр, их практическим освоением мирскими последователями буддизма.
В историографии школы Кагьюпа в качестве ее иерархов, основателей линии учительской преемственности указываются пятеро учителей-наставников — Тилопа (988-1069), Наропа (1016–1100), Марпа (1012–1097), Миларепа (1040–1123), Гампопа (1079–1153). Тилопа и Наропа — это прославленные индийские йогины, буддийские учителя-тантрики, и рассматривать их в качестве иерархов традиции Кагьюпа можно лишь с известной степенью условности. Создателями религиозной традиции Кагьюпа в том виде, как она функционировала в Тибете XI–XII вв., являются тибетцы Марпа и его ученик Миларепа. Социокультурное закрепление религиозной традиции Кагьюпа связано с деятельностью именно этих двух учителей. Будучи первоначально традицией странствующих аскетов и йогинов, Кагьюпа превращается в самостоятельную школу тибетского буддизма в XII–XIII вв., ее основателем выступил ученик Миларепы — Гампопа.
Как и в случае со школой Ньинмапа, появление историографической концепции школы Кагьюпа было обусловлено необходимостью обосновать правомерность социокультурной формы функционирования ее религиозной традиции. Выстраиваемая историографами школы Кагьюпа линия учительской преемственности возводится к индийским практикам буддийской йоги и тантрической психотехники Тилопе и Наропе, причем в школьных историографических трудах, как правило, излагаются их жизнеописания. Собственно, доказательством аутентичности религиозной традиции Кагьюпа служат многочисленные версии биографий пяти ее иерархов. В разных историографических источниках повествование о становлении традиции Кагьюпа строится по одной и той же схеме. Тибетец Марпа, не удовлетворенный ученичеством у переводчика Брогми, славившегося своим знанием буддийской тантры и энциклопедической образованностью, отправляется на поиски учителя в Индию. После долгих скитаний и разнообразных испытаний ему наконец удается обрести учителя — йогина Наропу. О Наропе говорится, что к тому времени он уже покинул монастырь — университет Викрамашилу, где ранее был одним из ведущих преподавателей, сложил с себя монашеские обеты и вел жизнь странствующего буддийского аскета, проповедника тантры. По возвращении в Тибет Марпа занимается переводом буддийских тантр с санскрита на тибетский язык, обзаводится семьей и ведет жизнь домохозяина. Со временем у него появляются ученики — так называемые духовные сыновья, одним из которых и становится Миларепа. Миларепа под руководством Марпы проходит курс буддийской йоги и тантрической психотехники, а затем поселяется в уединении, посвящая себя как аскет-отшельник практике глубокого созерцания. Однако у него появляется ученик — Гампопа, который, подобно индийскому йогину Народе, сначала получил монастырское религиозное образование, принял монашеские обеты и потом решил обратиться к практике тантрической психотехники, сам для себя избрал учителя.