В отношениях с герцогом Эдуард продолжал вести себя удивительно безвольно и пассивно. Один французский наблюдатель писал: «Когда бы ни возникало нечто важное, что он [герцог Нортумберленд] желал, чтобы король произнес или сделал, не дав другим догадаться об истинном источнике таковых слов или действий, ночью, когда все уже спали, он, никем не замеченный, тайком пробирался в спальню к юному королю. А на следующее утро тот являлся в совет и словно бы от своего лица выступал в защиту определенных вопросов, чем приводил всех в необычайное удивление, заставляя увериться в том, что это его идеи». Другой иностранец отмечал, что король не сводил с герцога глаз и мог покинуть совещание или прервать беседу, «если герцог Нортумберленд делал ему соответствующий знак». Постепенно король все больше узнавал о том, что происходит в мире и как работает правительство, не имея, однако, никаких самостоятельных полномочий. Герцог Нортумберленд руководил раздачей государственных должностей и земельных владений. Говорили, что он всячески поощрял юного короля в занятиях воинскими искусствами, включая стрельбу из лука и охоту, чтобы тот не стоял у него на пути.
Тем не менее в вопросах религии у Эдуарда, очевидно, уже успели сформироваться собственные взгляды. В момент падения герцога Сомерсета ему было двенадцать лет от роду. Это возраст вполне достаточный для увлечения верой и благочестием, и его критика религиозных воззрений и практик сводной сестры Марии указывает на уже развитую к тому времени непримиримость и строгость Эдуарда в этой области. Годом ранее юный король завершил трактат о притязаниях папы римского, в котором пришел к заключению, что понтифик «воистину есть сын диавола, дурной человек, Антихрист и чудовищный тиран». Возможно, учителя и наставляли его подобным образом, однако тон, несомненно, принадлежит самому Эдуарду. Присутствуя на рукоположении нового епископа, король столкнулся с практикой молитвенного призывания святых; одним росчерком пера он отменил ее как богохульное наслоение. Именно Эдуард принял решение о необходимости еженедельных проповедей в церквях по всей стране. «Поверьте, — писал один реформатор, — еще не встречали вы за последнюю тысячу лет такой эрудиции вкупе с благочестием и ласковым нравом».
Как мы заметили, Эдуард получил известность в качестве «благочестивого бесенка», и вполне вероятно, что он отличался значительным юношеским идеализмом. Разве не прославляли его как «юного Иосию»? Возможно, он желал соответствовать такому сравнению. Так, в ранние годы правления Эдуарда попросили высказать свое мнение по любопытному вопросу епископского облачения.
Джон Хупер, капеллан герцога Нортумберленда, был назначен епископом Глостера. Однако будущий епископ столкнулся с одним препятствием. На церемонии рукоположения и литургиях ему пришлось бы облачаться в особое одеяние — белый стихарь-рокетто и черную симару, которые он ранее порицал, называя одеждами вавилонской блудницы. Джон Хупер заявлял, что не желает уподобляться сороке с ее черно-белым оперением и что стихарь есть магическое платье заклинателя. Одновременно ему нужно было дать клятву верности архиепископу Кентерберийскому, тогда как в прошлом он дал себе обещание полагаться лишь на Священное Писание. Такое сопротивление угрожало новому церковному учению расколом, в связи с чем Хупера на время заключили в Флитскую тюрьму. Томас Кранмер попросил короля высказаться по этому вопросу, и по приказу Эдуарда был достигнут компромисс. Джону Хуперу предстояло облачиться в церемониальное одеяние во время рукоположения, но он мог не надевать его на литургиях в своей епархии. С тех пор епископ стал известен как «отец нонконформизма».
В конце 1549 года созвали парламент, подтвердивший изменения в сфере религии. Восемь степеней священства средневековой церкви были отменены, а их место занял более простой порядок из епископа, священника и диакона. Отправление священнических обязанностей и проповедование было упрощено. Более не ожидалось, что священник будет «приносить жертву и служить мессу и за живых, и за мертвых», как требовалось ранее, но станет просто проповедовать Евангелие и совершать причастие. Однако в среде духовенства все еще оставалось множество скрытых католиков; во время причастия они исполняли песнопения с теми же понижениями голоса и шепотом, какие приняты в католической мессе; наклонялись над столом для причастия; преклоняли колена и поднимали руки вверх; ударяли себя в грудь и совершали крестное знамение в воздухе. То были «гнусные отрепья папизма», служившие, однако, утешением для многих прихожан.