Обязанности, возложенные на Тимофея, были важны и сложны. Он должен был управлять пресвитерами, многие из которых были старше его по летам, распределять между ними вознаграждение по трудам каждого из них, разбирать распри и жалобы, заведовать делами благотворения и женских общежитий, рукополагать пресвитеров и диаконов. Кроме того, молодому епископу приходилось умиротворять страсти недовольных его главенством, да и самим апостолом, которого уже по преклонности лет некоторые считали неспособным к дальнейшей апостольской деятельности и к управлению церквами. Пользуясь продолжительным отсутствием апостола, в Ефесе появились дерзкие самозванцы, которые, вроде Именея, Филита и Александра, выступили с новыми вероучениями, противными истинному христианству, и отвергали авторитет апостола. С одной стороны, заблуждение иудействующих, с другой – бредни александрийской философии начали распространяться среди ефесских христиан и омрачать их светлую и чистую веру, которую они восприняли от апостола. Ввиду стольких затруднений апостол не оставил юного епископа без своего авторитетного руководительства и вскоре по отбытии из Ефеса написал к нему первое послание, в котором и изложил ему ряд наставлений, как действовать в затруднительных обстоятельствах. В этом послании между прочим апостол преподавал своему возлюбленному сыну и сотруднику завещание «воинствовать как добрый воин, имея веру и добрую совесть, которую некоторые отвергнув, потерпели кораблекрушение в вере. Таковы, – прибавляет апостол, – Именей и Александр, которых я предал сатане, чтоб они научились не богохульствовать» (1 Тим 1:18–20). Всепослание наполнено истинно пастырскими наставлениями, в которых мог назидаться Тимофей при исполнении своего высокого долга архипастыря церкви в столь большом и шумном городе, каким был Ефес. Свое послание апостол закончил повторением высказанного раньше предостережения. «О Тимофей! храни преданное тебе, отвращаясь негодного пустословия и прекословий лжеименного знания, которому предавшись некоторые уклонились от веры. Благодать с тобою» (1 Тим 6:20–21).
Из Ефеса апостол, по-видимому, отправился в Македонию, побывал в Коринфе и оттуда посетил вместе с своим другим возлюбленным сотрудником, Титом, остров Крит или Кандию. На южных берегах этого острова апостолу уже пришлось побывать во время короткой стоянки того александрийского корабля, который потерпел полное крушение у острова Милет. Можно бы думать, что тогда же апостолом народов посеяны были семена христианства на этом острове; но так как кратковременной остановки в «Хороших Пристанях» было слишком недостаточно для этого, то вероятнее предполагать, что первые семена христианства занесены были сюда теми критскими иудеями, которые слышали чудесную проповедь ап. Петра в праздник Пятидесятницы.
Критяне не пользовались доброй славой, и даже их соотечественник Эпименид сочинил о них колкую эпиграмму, которая гласила: «Критяне всегда лжецы, злые звери, утробы ленивые»; поэтому неудивительно, что христианство у них не произрастало с таким успехом, как было в других местах. Оно скоро смешалось с различными местными иудейскими суевериями, и в самой церкви начались неурядицы. Чтобы устроить там церковные дела и поддержать истину христианского благовестия, апостол оставил в Крите Тита, рукоположив его так же, как и Тимофея, во епископы. Тит был также одним из самых преданных и возлюбленных членов благородного кружка друзей и учеников ап. Павла. Так как он был грек по рождению, то ап. Павел, обращением которого он был, брал его с собой в Иерусалим во время того достопамятного посещения, которое закончилось признанием свободы язычников от ига Моисеева закона (Гал 3; Тит 1:4). Тит находился в особенно близких отношениях с Коринфом, в который апостол и посылал его три раза во время беспорядков в этой легкомысленной общине (2 Кор 7–8). Та теплота, с которой ап. Павел всегда говорит о нем как о своем брате, сотоварище и сотруднике, а также тоскливое беспокойство, которое делало его положительно несчастным, когда ему не удалось встретить его в Троаде, показывают, как он дорог был апостолу в качестве помощника в его великих апостольских делах.