Хотя ап. Павел и избег главной бури гонения на христиан и мог еще несколько времени продолжать свою деятельность по распространению Евангелия и утверждению церквей, но, видимо, приближался и его конец. Гонение, воздвигнутое на христиан в Риме, нашло сочувственный отголосок и во многих провинциальных городах, где различные представители римской власти, рабски прислушиваясь к пульсу общественной жизни в самом Риме, подобострастно подражали ему и во вверенных их управлению городах, чтобы выказать свое усердие на службе кесарю. Неудивительно, что положение христиан после этого повсюду сделалось тяжелее и опаснее, так как они стали повсюду возбуждать против себя подозрение и вражду, и последняя делалась тем более дерзкой, что всегда могла рассчитывать на поддержку власти. Этим не преминули, конечно, воспользоваться злейшие враги ап. Павла, и по возвращении его с далекого Запада на Восток приняли все меры к удовлетворению своей ненависти к нему. Когда он вновь посетил Ефес, то некий медник Александр, вероятно из числа тех ремесленников и художников, которые уже раз жаждали крови апостола и произвели страшное смятение в городе, указал на него властям как на опасного врага общественного спокойствия (2 Тим 4:14–15). Вследствие этого апостол был вновь арестован и опять в узах отправлен в Рим. Там он уже не пользовался такой сравнительной свободой, как это было при первых узах, потому что на христиан смотрели как на опасных государственных преступников. Но даже и в этом тяжелом положении апостол продолжал свою проповедь всем, кто только приходил с ним в соприкосновение, и приобрел еще нескольких обращенцев (2 Тим 4:21). По улицам Рима между тем все еще громко раздавался яростный крик черни, требовавшей преследования христиан. «Ко львам христиан!» – этот крик сделался как бы девизом уличной черни со времени великого пожара. Поэтому и суд над апостолом не мог откладываться надолго. Но нужно иметь в виду, что несмотря на возбужденность страстей, римский суд сохранял свое строгое беспристрастие, каким он прославился по всему миру и какое не раз испытывал и ап. Павел. Разбирательство его дела должно было совершиться по всем правилам римского судопроизводства. Как римский гражданин, апостол мог лично защищать свою невинность, и так как налицо не оказалось достаточных свидетельств для решения дела, то суд над апостолом был отсрочен на некоторое время, и апостолу пришлось опять пойти в мрачную темницу для ожидания своей участи. Из этой темницы он написал свое последнее послание, именно второе послание к своему возлюбленному Тимофею. Напомнив ему о том, чтобы он «возгревал полученный им через рукоположение дар Божий», апостол повторил свое предостережение против непотребного пустословия таких лжеучителей, как Именей и Филит, равно и предсказывал о том, какие еще тяжкие дни ожидают церковь. Затем, говоря о своем положении, апостол прямо заявляет, что он уже становится жертвой, и время его отшествия настало. «Подвигом добрым я подвизался, течение совершил, веру сохранил. А теперь готовится мне венец правды, который даст мне Господь, праведный Судия, в день оный; и не только мне, но и всем возлюбившим явление Его».
Указав на свое томительное одиночество, так как все его сотрудники, за исключением Луки, разошлись по разным странам, он просил Тимофея прийти к нему возможно скорее и взять с собой Марка, который оказался ему нужен для служения. Вместе с тем апостол наказывал Тимофею, что когда он пойдет, то захватил бы с собой и фелонь, который он оставил в Троаде у Карпа, и книги, особенно кожаные. Затем, предостерегая Тимофея от Александра-медника, причинившего апостолу столько зла, он заканчивает передачей приветствия от новообращенных им братий – Еввула, Пуда, Лина и Клавдия. «Господь Иисус Христос со духом твоим. Благодать с вами. Аминь».
Неизвестно, успел ли Тимофей застать ап. Павла еще в живых. Дело его подверглось новому разбирательству, и на этот раз большинство судей, быть может, под давлением черни, склонилось к обвинительному приговору, и ап. Павел осужден был на обезглавление. Мученическая кончина его совершилась в 13-й год царствования Нерона, именно 29 июня, каковой день и чтится церковью как День памяти величайшего из апостолов вместе с его собратом – апостолом Петром, потерпевшим мученичество в один день с ним.