Теперь первоначальный проект был разделен на две части. Решено было, что статьи, касающиеся судопроизводства, и статьи, касающиеся наказаний, составят два отдельных свода: Устав уголовного судопроизводства и Уголовный кодекс. Первым обсуждался Устав уголовного судопроизводства. На этот раз Наполеон открыто высказался за сохранение суда присяжных. Он признавал за последним двоякое преимущество: 1) обвиняемого судят равные ему люди, а не судьи-профессионалы, которые могли бы очерстветь от привычного им занятия; 2) этим путем устраняется необходимость вверять судам чрезмерную власть, предоставляя им одновременно и суждение о праве и суждение о факте. Решено было сохранить присяжных, а также соединить гражданскую юрисдикцию с уголовной. После 37 зазеданпй прения были закрыты 30 октября 1808 года, и проект передан на рассмотрение Законодательного корпуса, который 16 декабря того же года утвердил последнюю статью его. Но Устав уголовного судопроизводства не мог быть введен в действие ранее опубликования Уголовного кодекса, который был готов лишь 20 февраля 1810 года. Обсуждение ого, начавшееся в Государственном совете 4 октября 1808 года, заняло 41 заседание. Слияние гражданской и уголовной юрисдикции, принятое в принципе, требовало преобразования судебных органов, которое и было произведено лишь законом 20 апреля 1810 года. В результате закон 17 декабря 1809 года назначил сроком введения в действие Устава уголовного судопроизводства и Уголовного кодекса лишь 1 января 1811 года.
Из этих двух кодексов первый бесконечно выше второго, хотя и сам не свободен от недостатков. Он проникнут той либеральной идеей, что в подсудимом до момента осуждения следует предполагать невиновного. Судебное следствие должно в такой же степени стремиться установить невиновность подсудимого, в какой оно ищет доказательств его вины. Защита свободна. Система формальных доказательств окончательно отменена. Таким образом, французский кодекс устранил ошибки прошлого и явился крупным шагом вперед в сравнении с господствовавшими в ту эпоху формами уголовного судопроизводства. Напротив, Уголовный кодекс представлял собою шаг назад. Он был проникнут не столько идеей абсолютной справедливости, сколько принципами утилитарной философии Вентама. Подобно ордонансу 1670 года, к которому он приближается по характеру, он стремится главным образом запугать. Отсюда чрезмерная строгость наказаний. Смертная казнь расточается щедро и применяется к проступкам, не заслуживающим ее, каковы: подделка государственной печати, фабрикация фальшивой монеты или политические преступления. В числе наказаний снова появляются изувечение, клеймение, выставление у позорного столба и общая конфискация имущества. Но при всем своем реакционном характере новый Уголовный кодекс отмечен и прогрессивными чертами, каковы: установление минимума и максимума наказаний (принцип, освященный законом 25 фримера VIII —16 декабря 1799 г.) и установление системы смягчающих вину обстоятельств. Точно так же лежащая в основе этого кодекса классификация преступлений и наказаний лучше координирована, нежели господствовавшая раньше. Притом он несколько раз подвергался пересмотру в видах смягчения наказаний: общая конфискация (1814), изувечение, клеймение и выставление у позорного столба были уничтожены.
Административная юрисдикция.
Картина судебных установлений Первой империи была бы неполна, если бы мы не упомянули наряду с гражданским и уголовным судами так называемого административного суда. Административная юрисдикция, предназначенная ведать все процессы, касавшиеся администрации, была тщательно изъята из-под контроля кассационной палаты, которому прямо или косвенно были подчинены все органы гражданского и уголовного судопроизводства, не исключая даже военных судов. Это мотивировалось тем соображением, что необходимо оградить администрацию от возможных вторжений в ее сферу со стороны судебной власти, вторжений, какие так часто позволяли себе былые «парламенты». Но при этом упустили из виду возможность вторжений со стороны административной власти в сферу суда, чрезвычайно участившихся при Директории, и забыли, что при таких условиях администрация будет в собственных делах одновременно и судьею и стороною.Высшим административным судом был Государственный совет, являвшийся вместе с тем и кассационной и апелляционной палатой. Далее шли министры, префекты, советы префектуры, мэры и несколько специальных юрисдикции вроде, например, Контрольной счетной палаты.