Хотя во время этих переговоров Наполеон притворялся, что договаривается с Союзом на равной ноге, однако он нисколько не постеснялся заставить Союз пойти на невыгодную для него перекройку территории. Новый Союз девятнадцати кантонов был далек от распространения своего влияния на все те местности, которые зависели когда-то от старинной лиги тринадцати кантонов. Союз утратил Мюльгаузен и Ротвейль, епископство Базельское, Женевскую республику, Вальтелину, присоединенные к Франции или к Италии; княжество Нев-шатель, старинный союзник Швейцарии, перешло из-под номинального суверенитета прусского короля под власть Наполеона, который сделал из него вассальное владение для своего начальника штаба, генерала Бертье (1807); Валлис временно оставался независимой республикой. Единственной компенсацией за такое множество потерь являлось окончательное приобретение Фрикталя, небольшой области, отнятой у Австрии и обещанной вначале в качестве эквивалента за Вальтелину.
В своих аннексиях Наполеон пошел дальше. Чтобы обеспечить себе военную дорогу на форт Русс, горный проход Фос-силь, область Жекс и форт Эклюз, он потребовал себе уступки Даппской долины, у подножия Доля, обещав кантону Ваадт некоторое вознаграждение. В 1810 году Наполеон присоединил непосредственно к Империи республику Валлис, которая нужна была ему из-за Симплонской дороги, и в том же году он не поколебался занять своими итальянскими войсками Тессинский кантон, чтобы помешать контрабандному подвозу английских товаров.
Военный договор 27 сентября 1803 года и швейцарцы на иноземной службе. На протесты швейцарцев против наполеоновских захватов могущественный император отвечал жалобами, что они не доставляют ему всех тех войск, какие они обязаны были ему давать, и позволяют его врагам набирать солдат в Швейцарии. Традиционная служба швейцарцев во Франции не исчезла, несмотря на роспуск в 1792 году тех 12 000, которые принадлежали к армии Людовика XVI. За договором о наступательном и оборонительном союзе между Французской и Гельветической республиками, заключенным 19 августа 1798 года, последовало соглашение 10 ноября, в силу которого Франция принимала на свое содержание 18 ООО человек, т. е. шесть полубригад гельветических вспомогательных войск. Во время неудачной войны 1799 года удалось набрать едва третью часть этих войск, а на следующий год гельветическое «восстановительное» правительство свело эти шесть полубригад к трем, которые и были расквартированы на берегах Рейна. Акт посредничества установил, что Франция должна перевести на свою службу всех швейцарских солдат, которых не сохранит у себя Союз. В один день с оборонительным союзом (27 сентября 1803 г.) подписан был военный договор. Франция принимала на свое содержание 16000 швейцарцев, распределенных на четыре полка, не считая запаса в 4000 человек и батальона гренадер, пригодных для гвардии, которая вскоре сделалась императорской. Восстановлена была должность генерал-полковника швейцарцев. Кроме того, Наполеон брал по батальону из Вал лиса и из Невшателя.
Тем не менее и другие государства продолжали нанимать швейцарцев. Англия в течение всех войн времен Революции и Империи не переставала держать в составе своей армии три или четыре швейцарских полка. Были они и у сицилийских Бурбонов. Но только одной Испании, в то время своей союзнице, сам Наполеон разрешил набор войск на территории Союза. В 1804 году между Испанией и Швейцарией было заключено военное соглашение без всякого протеста со стороны императора. Этим соглашением было упорядочено положение пяти полков, которые католический король набирал в кантонах, не считая шестого полка, доставляемого ему независимой Валлисской республикой. Однако следует заметить, что лишь третья часть швейцарских полков на испанской службе составлялась из швейцарцев; остальная часть наличного состава набиралась в Германии.