Еще об одном моменте, связанном с исполнением «Крейцеровой сонаты» еще в конце 70-х годов, читаем в воспоминаниях С. Л. Толстого: «Событием в музыкальном мире Ясной Поляны был приезд одного свойственника Льва Николаевича, Ипполита Михайловича Нагорнова, замечательного скрипача, мало выступавшего в концертах в России, но имевшего когда-то успех в Италии и Франции. Он много играл в Ясной Поляне, между прочим, «Крейцерову сонату», которая именно тогда произвела особенно сильное впечатление на Льва Николаевича. Может быть, уже в то время зародились те мысли и образы, которые впоследствии были так ярко выражены в повести «Крейцерова соната». Может быть, даже некоторые черты И. М. Нагорного послужили для характеристики Трухачевского» (С. Л. Толстой. Очерки былого. М., 1956, с. 380). Об этом же эпизоде упоминает И. Л. Толстой (см.: И. Л. Толстой. Мои воспоминания. М., 1969, с. 79). По воспоминаниям С. Л. Толстого, «во время написания «Крейцеровой сонаты» Лев Николаевич старался выяснить себе, какие именно чувства выражаются первым престо «Крейцеровой сонаты»; он говорил, что введение к первой части предупреждает о значительности того, что следует, что затем неопределенное волнующее чувство, изображаемое первой темой, и сдержанное, успокаивающееся чувство, изображаемое второй темой, — оба приводят к сильной, ясной, даже грубой мелодии заключительной партии, изображающей просто чувственность. Впоследствии, однако, Лев Николаевич отказался от мысли, что эта мелодия изображает чувственность. Так как, по его мнению, музыка не может изображать то или другое чувство, а лишь чувство вообще, то и эта мелодия есть изображение вообще ясного и сильного чувства, но какого именно, определить нельзя» (С. Л. Толстой. Очерки былого, с. 374).
Начало работы над повестью относится к октябрю 1887 года.
В процессе создания «Крейцерова соната» подвергалась многочисленным переработкам и коренным переделкам. 31 августа 1889 года Л. Н. Толстой записал в Дневнике: «Вечером читал всем «Крейцерову сонату». Подняло всех. Это очень нужно. Решил печатать в «Неделе» (т. 27, с. 580). Прежде чем повесть была завершена, ее текст (в восьмой редакции) начал распространяться в списках. Сначала повесть переписывали от руки, а затем стали размножать на литографах и гектографах. «Повесть всех подняла, задела за живое», — писала 30 октября 1889 года Кузминская С. А. Толстой. В «Неделе» (1890, № 6) была помещена такая заметка: «В Петербурге идут нескончаемые толки о «Крейцеровой сонате». Черновой набросок ее, неотделанный, незаконченный, прошедший в публику благодаря медвежьей услужливости друзей Л. Н. Толстого, — даже этот черновой список сделался событием» (т. 27, с. 588). А. А. Толстая вспоминала: «…казалось подчас, что публика, забыв все свои личные заботы, жила только литературой графа Толстого… Самые важные политические события редко завладевали всеми с такой силой и полнотой» (т. 27, с. 588). Уже незавершенная редакция породила печатные критические отклики и даже художественные произведения, одним из которых явился рассказ «По поводу «Крейцеровой сонаты» (из «Рассказов кстати») Н. С. Лескова. Эпиграфом он взял слова предпоследней редакции повести Толстого, которые отсутствуют в окончательном тексте: «Всякая девушка нравственно выше мужчины, потому что несравненно его чище. Девушка, выходящая замуж, всегда выше своего мужа. Она выше его и девушкой и становясь женщиной в пашем быту». Сын Толстого Лев Львович, познакомившись с повестью, написал рассказ «Прелюдия Шопена» («Новое время», 1888, июнь).
Предпоследняя редакция повести распространилась вопреки воле автора. Толстой писал Т. А. Кузминской в ноябре 1889 года: «Личное же мое желание об этой повести то, чтобы ее не давать читать, пока она не исправлена» (т. 27, с. 590). Чертков предлагал напечатать повесть в «Посреднике», на что получил согласие автора, но С. А. Толстая настояла на публикации в 13-й части готовящегося ею восьмого издания «Сочинений гр. Л. Н. Толстого». Решено было предварительно опубликовать «Крейцерову сонату» в «Неделе» Гайдебурова. «У него без цензуры. Иначе нельзя. И это решено, и решено женою, которая на это согласна», — писал Толстой 10 сентября 1889 года (т. 27, с. 591). Но публикация была отложена в связи с тем, что Толстой снова занялся переделкой повести.
Позже Толстой решил напечатать «Крейцерову сонату» в сборнике в память умершего в декабре 1888 года редактора «Русской мысли» С. А. Юрьева, и 14 января 1890 года он передал рукопись Н. И. Стороженко для опубликования. Но цензура запретила печатание повести. Она была набрана для 13-й части «Сочинений», но также запрещена. Тогда С. А. Толстая обратилась к министру внутренних дел И. И. Дурново с просьбой пропустить «Крейцерову сонату» в собрании сочинений, но получила отказ. 13 апреля 1891 года она добивается аудиенции у Александра III, после чего было наконец получено разрешение на печатание повести, но только в составе «Сочинений». Запрещение было снято в 1900 году.