Ливонская война (1558—1583) и опричнина подорвали экономическую базу феодального государства, и в 70—80-х гг. XVI в. страну охватил общий хозяйственный кризис. Сложной была и внешнеполитическая обстановка (возобновились набеги крымцев, Стефан Баторий готовился нарушить заключенное с Иваном Грозным перемирие и начать военные действия против России, Швеция вынашивала планы новых завоеваний). Это заставляло Бориса Годунова предпринимать решительные действия как во внутренней, так и во внешней политике. Мероприятия, направленные на восстановление разрушенного хозяйства страны, прежде всего выразились в ужесточенной эксплуатации крестьян. Именно в это время произошло окончательное закрепощение крестьянства: в течение 80—90-х гг. повсеместно был отменен так называемый Юрьев день — право перехода крестьян от одного феодала к другому. Определенные успехи были достигнуты в плане внешнеполитическом. После смерти в 1586 г. Стефана Батория Годунов смог продлить перемирие с Польшей на 1587—1602 гг. Заключением «вечного мира» (так называемый Тявзинский мир) закончилась русско-шведская война 1590—1595 гг., и России были возвращены захваченные шведами во время Ливонской войны русские города Ивангород, Ям, Копорье, Корела. Ведется успешная борьба с иноземными притязаниями на южных и восточных рубежах страны, идет активное освоение Приуралья и Сибири, начатое еще при Иване Грозном, к началу XVII в. было ликвидировано Сибирское ханство и территория Западной Сибири включена в состав России. В 1589 г. в Москве учреждено патриаршество — первым русским патриархом избран митрополит Иов. Учреждение в Москве патриаршества стало не только началом нового этапа в истории Православной церкви в России: оно повышало авторитет страны на международной арене.
Крепостническая политика Бориса Годунова вела к резкому обострению классовых противоречий между феодалами и крепостным крестьянством. Резкому обострению классовых противоречий способствовал страшный голод, охвативший в 1601—1603 гг. почти всю страну. Началось массовое бегство крестьян от помещиков из центральных и северных земель, более всего пострадавших от голода, на юг, главным образом в Северскую Украину. Назревала крестьянская война.
В 1601—1602 гг. в польских владениях на Украине появился самозванец, объявивший, что он царевич Дмитрий, чудом спасшийся от убийцв Угличе. Претендуя на московский престол как «законныйнаследник», он обратился запомощью кпольским магнатам, апотом икпольскому королю Сигизмунду. Сигизмунд не решился открыто поддержать самозванца, и вторжение в Россию было организовано как частное предприятие польских магнатов и шляхты. Осенью 1604 г. Лжедмитрий с небольшим войском казаков и польских шляхтичей через Северскую Украину пошел на Москву. Под Добрыничами правительственные войска нанесли самозванцу сильное поражение. Он бежал в Путивль. Весь юг и юго-восток страны восстал против Годунова. Начался новый подъем крестьянской войны.
В апреле 1605 г. умер Борис Годунов. Его 16-летний сын Федор в создавшейся обстановке удержать власти не мог. Вскоре бояре-воеводы вместе со всей армией, действовавшей против самозванца у города Кромы, перешли на сторону Лжедмитрия. Народ связывал с именем «царя Дмитрия» надежду на улучшение своего положения. В Москве 1 июня 1605 г. восстали широкие массы населения, бояре воспользовались этим восстанием для свержения Годуновых. Федор и его мать были убиты.
20 июня 1605 г. Лжедмитрий торжественно вступил в Москву, 21 июля он венчался на царство в Успенском соборе. Новый самозваный царь не смог выполнить обещаний, которые он давал всем, кто поддерживал его. Не принесло воцарение Лжедмитрия и облегчения в положении народных масс — вера в «хорошего царя» не оправдалась. Пренебрежение к русским национальным обычаям и религии нового «царя Дмитрия» возбуждало серьезное недовольство всех слоев общества. Своего апогея это недовольство достигло в мае 1606 г., когда в Москву на свадьбу самозванца с Мариной Мнишек, дочерью польского магната Ежи (Юрия) Мнишка, прибыло две тысячи поляков, которые вели себя в Москве как завоеватели. Сложившейся обстановкой воспользовались бояре во главе с князем Василием Шуйским, устроив заговор против самозванца.