17 мая 1606 г. в Москве вспыхнуло восстание, принявшее всенародный характер. Лжедмитрий был убит, на престол бояре возвели Василия Шуйского, который стал проводить политику, угодную узкому кругу боярской знати. Это усилило недовольство народных масс. Первыми восстали южные окраины — северские города Путивль и Чернигов. Во главе восставших вскоре встал Иван Исаевич Болотников, талантливый полководец, человек незаурядной духовной силы и мужества, бывший холоп боярина Телятевского. Собрав в Путивле большое войско, Болотников в июле 1606 г. пошел на Москву. По мере продвижения армия Болотникова все время пополнялась новыми силами. В октябре 1606 г. Болотников окружил Москву. Осада длилась пять недель. Напуганные ростом восстания дворянские отряды из войска Болотникова стали переходить на сторону Василия Шуйского. Усиленные подкреплениями из западных и северных уездов страны войска царя Василия Шуйского смогли нанести поражение отрядам Болотникова (сражение 2 декабря 1606 г. около села Коломенского). Болотников отступил к Калуге и в течение 5 месяцев отражал натиск правительственных войск. Весной 1607 г. он перешел в хорошо укрепленную Тулу. После длительной осады 10 октября 1607 г. Тула пала. Сторонники Болотникова подверглись жестокой расправе, сам Иван Болотников, которому царь поклялся сохранить жизнь, был сослан в Каргополь, где его ослепили, а вскоре он был утоплен в проруби.
Летом 1607 г. в Северской Украине вновь объявился самозванец, будто бы дважды (в Угличе и в Москве) спасшийся от убийц царевич Дмитрий. За его спиной стояли польские феодалы, которые решили воспользоваться осложнившимся внутренним положением России для захвата русских земель. Основную часть армии Лжедмитрия II составляли отряды польской шляхты, однако к нему присоединились и крестьяне, и низы посадского населения. В июне 1608 г. Лжедмитрий II подошел к Москве и, не сумев взять ее «с хода», остановился лагерем в подмосковном селе Тушине (отсюда прозвище второго самозванца - «Тушинский вор»). Осада Москвы продолжалась с июня 1608 по март 1610 г. Одновременно отряды Лжедмитрия II захватывали различные области страны. К осени 1608 г. под его властью оказались все Верхнее и Среднее Поволжье, многие местности севера и центра России. На первых порах вера в «хорошего царя» привлекала на сторону Лжедмитрия II угнетенное крестьянство и посадское население. Однако грабежи и бесчинства тушинских отрядов, в которых преобладали польские шляхтичи, привели к резкому недовольству населения. На борьбу поднялись крестьяне и посадские люди. В течение зимы 1608/09 г. от тушинцев были освобождены города Поволжья и севера страны. Активную роль в борьбе с Лжедмитрием II сыграл родственник царя Василия Шуйского, воевода, князь М. В. Скопин-Шуйский, талантливый и мужественный полководец. С армией, набранной в Новгородской земле, и с вспомогательными отрядами шведов (Василий Шуйский заключил в феврале 1609 г. союз со Швецией) он освободил от польско-тушинских войск Верхнее Поволжье и в конце 1609 г. подошел к Москве. К этому же времени, убедившись в непопулярности своего ставленника Лжедмитрия II и в его неспособности овладеть Москвой, правящие круги Польши перешли к прямому вмешательству в русские дела. В сентябре 1609 г. войска короля Сигизмунда III перешли границу и осадили Смоленск; большая часть шляхтичей покинула Тушинский лагерь и присоединилась к королевским войскам.
В марте 1610 г. князь М. В. Скопин-Шуйский освободил Москву от польско-тушинской осады и вступил со своими войсками в столицу. Военные успехи Скопина-Шуйского завоевали ему огромную популярность среди всех кругов населения. Вскоре после вступления в Москву Скопин-Шуйский внезапно умер (23 апреля). Современники объясняли его смерть тем, что он был отравлен боярами из-за зависти к его воинским успехам и всенародной популярности.
В июне 1610 г. по приказу Сигизмунда из-под Смоленска на Москву двинулись войска гетмана Жолкевского. В бою под селением Клушино московское войско Василия Шуйского потерпело сокрушительное поражение. Это поражение вселило уверенность в тушинцев. Войска Лжедмитрия II вновь подступили к Москве, расположившись в Коломне.
17 июля 1610 г. Василий Шуйский был свергнут московскими боярами и дворянами с престола и власть перешла в руки правительства из семи бояр («семибоярщина»). Это правительство, опасаясь восстания низов в столице, заключило 17 августа 1610 г. договор с гетманом Жолкевским о приглашении на русский трон сына Сигизмунда III, королевича Владислава, при условии, что он примет православие. К Сигизмунду III было отправлено посольство для выработки условий; в Успенском соборе в Москве бояре целовали крест Владиславу. Среди москвичей усиливались волнения и недовольство. Ожидали окончания переговоров.