Преследуя отдельные лица в духовенстве, правительство оставалось верно манифесту 17 марта. Мы видели, что при Петре II обращено было внимание на католическую пропаганду среди смоленской шляхты. При новой императрице в апреле 1730 года Сенат распорядился: присланного из Смоленска бернардина Вербитского, который вышел из-за польской границы в Россию для навращения русских обывателей в римскую веру, послать в Смоленскую губернию под караулом при указе, велеть его отдать за польскую границу тамошним командирам и объявить, чтоб таким в Российскую империю выход был запрещен; а если впредь такие будут выходить, то с ними поступлено будет по правам; также и на учрежденных форпостах смотреть накрепко, чтоб таких отнюдь не пропускать. Не хотели потакать и лютеранам. В Малороссии стоял отряд немецкого войска, взятый еще Петром Великим у герцога мекленбургского и потому известный под именем Мекленбургского корпуса. Черниговский епископ жаловался, что начальники этого корпуса не хотят хоронить своих мертвецов вне городов и сел, в определенных местах, самовольно хоронят при православных церквах и делают каменные капища, также принуждают священников приобщать св. тайн находящихся при них малороссиянок, по роду жизни своей этого недостойных: когда священник отрекается, то присылают к нему солдат, бранят, грозят побоями. Синод послал указ в Военную коллегию, чтоб как в Мекленбургском корпусе, так и в других местах находящихся на службе императорской лютеран, кальвинистов и других иноверцев при церквах не хоронили, над ними капищ не делали и священников не обижали, а черниговскому епископу построенные капища велеть сломать. Относительно раскольников восстановлены были распоряжения Петра Великого и Синода его времени, по которым Питириму нижегородскому для обращения раскольников отданы были из синодальной области города Балахна, Юрьевец-Поволжский, Галицкий уезд по реку Унжу, Ярополч, Гороховец, Арзамас и Вязниковская слобода «для ревностного его преосвященства тщания, чтоб раскольническому суемудрию размножения не происходило». По смерти Петра Великого противодействие его распоряжениям шло дальше отобрания нескольких городов из Питиримовой епархии: в сентябре 1727 года по распоряжению Синода велено было отобрать от всех церквей службу св. Александру Невскому на 30 августа и запрещено праздновать святому в этот день, а велено праздновать по-прежнему 23 ноября. Теперь, в сентябре 1730 года, по именному указу императрицы и по определению Синода опять велено праздновать 30 августа.
Синод должен был обратить внимание на явление, которое приверженцы старины могли также приписывать вредному влиянию нового духа. Мы видели, что в допетровской России мужья легко отделывались от нелюбимых жен, заставляя их постригаться в монахини; теперь это было невозможно, и потому, естественно, должны были умножиться случаи разводов; для противодействия этому в декабре 1730 года издан был указ: которые люди с женами своими, не ходя к правильному суду, самовольно между собою разводиться будут, то отцам их духовным ни к каким разводным их письмам рук отнюдь не прикладывать под тяжким штрафом и наказанием и под лишением священства.
Мы видели, что с торжеством Феофана Прокоповича должно было восторжествовать требование образованности от духовенства, и потому вправе ожидать, что Синод, в котором новгородский архиепископ получил такую силу, выскажет громко это требование. Действительно, в конце 1731 года встречаем указ, в котором говорится, что по доношению ректора московской Славяно-греко-латинской академии священники, дьяконы и причетники не отдают своих сыновей в эту Академию вопреки указам Петра Великого, отчего число учеников умалилось и распространение учения пресекается; а вместо Академии духовенство отдает детей своих в разные коллегии и канцелярии в подьячие. Синод предписал духовенству отдавать детей своих в Академию без всякого отлагательства и отговорок и в подьячие не отдавать под страхом лишения чинов и бесщадного наказания; а в Сенат сообщено ведение, чтоб сыновей духовенства запрещено было принимать в подьячие и другие светские чины.