Трагедия начинается с челобитной, затем следует эпизод примирения, который тесно вплетен в сюжет и который именно и приводит к заговору. Заговор Шуйских и их желание посадить на престол Дмитрия в пьесе не выдумка Бориса, а реальный факт, но вызван он обманом того же Бориса. Арест же и гибель Шуйских — следствие не раскрытого заговора, а челобитной; последняя предшествует заговору, но Федор узнает о них в обратном порядке. Таким образом, отдельные события, лежащие в основе сюжета, являются историческими, но большинство мотивировок и пружин драматической интриги принадлежат Толстому.
Кроме ряда эпизодических и безыменных действующих лиц, в «Царе Федоре Иоанновиче» есть и другие вымышленные персонажи. Григорий Петрович Шаховской — лицо историческое, он известен как сподвижник обоих Лжедмитриев, но он вовсе не был сторонником Шуйских, и герой Толстого не имеет с ним ничего общего, кроме имени. Михайло Головин — тоже лицо историческое, но и ему приписаны такие поступки, которые не имели места в действительности, в частности сношения с Угличем (основной факт, характеризующий фигуру Головина в пьесе); ни в исторических сочинениях, ни в документах об этом ничего не говорится.
Действие трагедии происходит «в конце XVI столетия», но не прикреплено к определенному году. Отдельные события, изображенные в ней, относятся: примирение Шуйского с Борисом — к 1585 году, челобитная — к 1585–1586 годам, заговор Шуйских — к 1587 году, смерть И. П. Шуйского — к 1589 году, смерть Дмитрия — к 1591 году и т. д.
Действие первое.
Действие второе.
Действие третье.
Действие четвертое.
Действие пятое.
Царь Борис
*В течение семилетней работы над трилогией понимание личности Бориса Годунова и отношение к нему Толстого менялись. Во второй и особенно в третьей трагедии поэт с гораздо большей определенностью увидел в Борисе мудрого государственного деятеля, а также близкие ему самому идейные устремления: желание вывести Россию из национальной замкнутости на арену мировой истории и культуры. Последнее является одним из существенных моментов идейного содержания пьесы. В противоположном направлении был изменен образ жены Годунова: ей в значительной степени были переданы «злодейские» черты Бориса. Если в «Смерти Иоанна Грозного» Мария искренне пугается неожиданно открывшихся ей честолюбивых планов мужа, то в «Царе Борисе» она его верный помощник и даже превосходит его жестокостью, причем ею руководят отнюдь не государственные, а чисто личные побуждения.