Колебание Соединенных Штатов между Францией и Англией. Второе президентство Джефферсона было далеко не таким удачным, как первое. Оно изобиловало затруднениями во внешней политике. Разногласия в общественном мнении снова обострились вследствие ожесточения, с которым велась в Европе борьба между наполеоновской Францией и Англией, и в связи с значением этой борьбы для торговли Соединенных Штатов. Срок договора, заключенного Джеем и вызвавшего бурные нападки республиканской прессы на Вашингтона, истекал в 1804 году. Джефферсон, вся внешняя политика которого была направлена к тому, чтобы не возобновлять прежних обязательств по истечении их срока и ограничить дипломатическое представительство Америки в Европе одними консульствами, совершенно не стремился вступить в переговоры с лондонским кабинетом. Немедленно возобновились притеснения американской морской торговли со стороны Англии. С другой стороны, и Франция, в свою очередь, вынуждена была предъявить Соединенным Штатам требования, значительно превышавшие то, что Соединенные Штаты расположены были дать ей.
Бедствия Старого Света превратили американских моряков в морских маклеров, и это положение обеспечило им огромные барыши. Правда, это развитие морской торговли нейтральной страны возлагало на нее известные обязанности и подвергало риску. По мере того как обострялась борьба между Наполеоном и британским кабинетом, давление, оказываемое на правительство Соединенных Штатов с целью заставить его открыто примкнуть к той или иной державе, становилось все более ощутительным, а так как это правительство не обнаруживало никакого расположения защищать свою торговлю вооруженной силой, то обе заинтересованные стороны действовали не столько уговорами, сколько запугиванием. Целый ряд приказов английского совета и декретов императора французов (миланский, берлинский, декрет о континентальной блокаде, о блокаде Англии) делал для американцев все более затруднительным сохранение нейтралитета. Джефферсон вовсе не хотел впутываться в войну; он больше предавался теоретическим размышлениям насчет того положения, которое Соединенные Штаты должны занимать между Англией Питта и Францией Наполеона, и удовольствовался тем, что попросил конгресс вотировать ему некоторую сумму на сооружение канонерок, которые в случае надобности могли бы защитить устья рек.
Политика «эмбарго». Так как Англия вела себя все более и более вызывающе, беспощадно применяя право осмотра судов, снимая с американских кораблей предполагаемых английских матросов (это делалось по закону о принудительном наборе матросов), то положение вскоре сделалось невыносимым. Федералисты требовали, чтобы правительство решительно выступило против Франции и этим заставило Англию относиться с большим уважением к Соединенным Штатам. Республиканцы задавались целью не ссориться ни с Францией, ни с Англией. Тем временем американские суда повсюду в европейских морях подвергались захвату как со стороны англичан, так и со стороны французов.
В 1806 году (18 апреля) конгресс принял закон, воспрещавший ввоз некоторых британских товаров; закон этот являлся как бы отголоском политических методов действия времен американской революции. 22 июня 1807 года, при входе в залив Чезапик, английский фрегат открыл огонь по американскому фрегату, недостаточно быстро повиновавшемуся его приказаниям. В возмездие за это Джефферсон внес в конгресс и провел предложение об эмбарго (22 декабря 1807 г.); он рассчитывал, что, лишив обе воюющие стороны услуг торгового флота Соединенных Штатов и выгод, вытекавших для них из торговли с Америкой, принудит воюющие стороны к большему уважению. Джефферсон ничего этим не добился, а федералисты Новой Англии получили благодарный повод обличать гибельную политику, убивавшую торговлю будто бы в целях лучшей ее защиты. Республиканцы сопротивлялись еще некоторое время, но потом решили отказаться от эмбарго (1 марта 1809 г.). 4 марта Джефферсон оставил пост президента; он вынужден был признать, что его политика интернациональной философии и мира во что бы то ни стало потерпела неудачу и что его страна роковым образом приближалась к войне с Англией — войне, которую он лично не сумел ни предотвратить, ни подготовить.