Отличие герценовских взглядов на историю философии от гегелевских ярко сказывается также в отношении Герцена и Гегеля к материализму и идеализму. С точки зрения Гегеля, рассматривавшего историю философии как систему развития понятий его идеалистической логики, для материализма вообще не находилось места в истории философии. Идеалистически искажая историю философской мысли, Гегель либо открыто третировал материализм и клеветал на него, либо пытался путем всякого рода софизмов истолковать материалистические системы как идеалистические. В то же время он всячески превозносил идеализм. Герцен, напротив, стоит на стороне «реалистических» (т. е. материалистических) теорий, считая безусловно верным исходный пункт «реалистического» мышления – признание объективного значения природы, ее первичности по отношению к сознанию.
При изложении древнегреческой философии Герцен, в отличие от Гегеля, выдвигает на первый план и постоянно подчеркивает естественный «реализм» мышления древних философов. Считая всю философию древних греков в основе своей реалистической, Герцен не проводит четкого различия между материалистической линией Демокрита и идеалистической линией Платона в этой философии. Однако в оценках представителей этих двух направлений античной философии ясно выступает отличие материалиста Герцена от идеалиста Гегеля. Гегель третировал античный атомизм как «бедное и скудное» воззрение и путем натяжек пытался превратить атомиста Левкиппа в идеалиста. Герцен же считает атомизм реалистическим учением, которое в своем дальнейшем развитии «твердо оперлось на верное, хотя одностороннее, понимание природы и принесло большую пользу естествоведению». Гегель видел историческое значение философии Платона в ее направленности на интеллектуальный, сверхчувственный мир, в ее близости к религии; он подробно излагал и превозносил мистическую натурфилософию Платона, учение о бессмертии души и т. п. Герцен, напротив, считает пороком платоновской философии стремление покорить все сущее мысли, взгляд на телесное бытие как на преграду знанию. Воззрение Платона на природу, по мнению Герцена, «больше поэтико-созерцательное, нежели спекулятивно-наукообразное»; идеалистическую натурфилософию Платона Герцен считает не характерной для древнего воззрения на природу, основанного на реализме.
В изложении философии нового времени еще более отчетливо выступает критическое отношение Герцена к идеализму. В начале шестого «Письма» Герцен прямо противопоставляет свое отрицательное отношение к попытке построить философию на начале «чистого мышления» гегелевской идеалистической точке зрения. Для Герцена материалистические системы безусловно правы в их отправном пункте – признании природы первичной относительно мышления. Слабую сторону этих систем Герцен видит в их методе (метафизическом).
Основными недостатками материалистических теорий нового времени (в частности, французского материализма) Герцен считает: во-первых, неумение понять мышление как степень
По замыслу Герцена, в обзор истории философии в «Письмах» должно было войти (кроме напечатанных шести историко-философских «Писем») изложение систем Спинозы, Лейбница и немецкой философии конца XVIII-начала XIX века. Однако это намерение осталось невыполненным. В конце ноября 1845 г. Герцен писал Краевскому: «Письмо о Локке, Юме и энциклопедистах готово. Теперь вопрос – и прошу отвечать откровенно. Самое живое изложение истории философии не может победить некоторую абстрактность языка, говоря о Спинозе, о Лейбнице, и потому я полагаю, что забастую на энциклопедистах и примусь за что-нибудь другое для “От. зап.”, или продолжать? – Пожалуйста, напишите». Через месяц Герцен сообщал ему же: «О Спинозе и Лейбнице не буду писать, – по крайней мере, до лета, когда уеду на дачу». Но и летом 1846 г. Герцен не вернулся к «Письмам».