Медлительность Венедека дала возможность пруссакам занять без единого выстрела всю Саксонию, но они боялись неприятельского вторжения в Силезию и сосредоточили там большую армию под командой наследного принца. Затем, стараясь захватить австрийцев в Чехии, они двинулись туда тремя значительно удаленными друг от друга корпусами. Между Фридрихом-Карлом, который шел долиной между Эльбой и Рейхенбергом, и наследным принцем, который должен был выйти из ущелий Исполиновых гор, Бенедек занимал весьма выгодную позицию, но не сумел по-настоящему ее использовать. Фридрих-Карл, имевший дело с более слабым противником, переправился через Изер, плохо защищаемый Клам-Галласом, и после сражений при Гюнервассере, Либенау, Подоле, Мюнхенгретце и Ичине (26–29 июня) отбросил расстроенное левое крыло австрийской армии к Садовой и Кениггретцу. Крисманик надеялся разбить его до прибытия наследного принца, но потерял двое суток, а тем временем подошла силезская армия. Один из корпусов этой армии сначала был остановлен Габленцем при Траутенау (27 июня), но Габленц, подвергшийся нападению прусской гвардии с фланга, был разбит при Буркерсдорфе (Траутенау-Зоор) и отступил в беспорядке. Штейнмец одержал победы при Находе (27 июня), при Скалице (28 июня) и при Швейншеделе (29 июня). Обе прусские армии вошли в соприкосновение, и король прибыл в главную квартиру вместе с Мольтке, Рооном и Бисмарком.
Последние бои стоили австрийцам 40 000 человек. Почти все австрийские дивизии принимали в них участие и были более или менее деморализованы. «Я настоятельно прошу ваше величество, — телеграфировал 1 июля Бенедек, — заключить мир во что бы то ни стало; армии грозит неизбежная катастрофа». Благоразумие требовало всячески уклоняться от решительной битвы, сберечь силы монархии и дать иностранным державам время для вмешательства. Но Франц-Иосиф хотел спасти честь Австрии большим сражением.
Австрийская армия занимала несколько к северу от Кениггретца, на правом берегу Эльбы, сильную позицию, хорошо защищенную окопами на высотах Липы и Чистовца, прикрытых реками Быстрицей и Тротиной. 3 июля Фридрих-Карл без особого труда переправился через Быстрицу, но когда он хотел выбраться из деревни Садовой, то был остановлен убийственным огнем австрийской артиллерии, расположенной в несколько ярусов на высотах. Если бы в этот момент Бенедек двинул свои резервы на поколебавшиеся прусские дивизии, ему, быть может, удалось бы нанести им поражение. Но он опасался атаки со стороны наследного принца, который перешел в наступление около полудня. На правом фланге австрийцев Фастетич, Тун и Молинари, увлеченные разгоревшимся боем, без всякого приказа атаковали Свипвальд, где героически оборонялся прусский генерал Франсецкий. Австрийские солдаты были уже истощены продолжительным боем, когда неожиданно на них обрушились новые неприятельские силы. Наследный принц быстро дошел до Хлума — этого ключа австрийских позиций. Австрийская колонна, численностью до 18 ООО человек, произвела яростную атаку с целью взять Хлум обратно, но лишь потеряла при этом треть своего состава. Войска дрогнули, и Бенедек отдал приказ об отступлении. Отход прикрывался артиллерией, проявившей изумительное самоотвержение. Утомленные победители, еще не уяснившие себе действительных размеров своего успеха, в продолжение двух дней не преследовали австрийцев, которых эта задержка спасла от полного разгрома: они потеряли. 13 000 человек убитыми, 18 000 ранеными и 13 000 пленными. У пруссаков выбыло из строя 9000 человек.
Никольсбурское перемирие и Пражский мир
. Бенедек отступил к Ольмюцу, преследуемый армией наследного принца, тогда как Фридрих-Карл шел на Вену. Теперь Францу-Иосифу оставалось только надеяться на вмешательство Европы. Эрцгерцог Альбрехт 24 июня разбил итальянцев при Кустоцце. Следовательно, с этой стороны военная честь была спасена. Император официально уступил Венецианскую область Наполеону III и просил его посредничества. Французская дипломатия, все расчеты которой строились на поражении Пруссии или, по крайней мере, на продолжительной и изнурительной войне, способной истощить силы враждующих сторон, совершенно растерялась. Наиболее разумным выходом было бы обратиться к Европе и согласиться на предложенный Горчаковым конгресс. Вместо этого австрийское правительство отклонило предложение России и завело длиннейшие и бесплодные переговоры, а Пруссия ловко воспользовалась этой ошибкой и продолжала наступление.