Во второй половине этой эпохи реставрации произошел эпизод, сыгравший большую роль в политической судьбе Пашича. На Милана было произведено таинственное покушение, авторство которого радикалы приписывали Александру, который, по их словам, путем покушения хотел освободиться от Милана, а путем репрессий за покушение — от радикалов. Если это объяснение верно, то приходится признать удавшейся только вторую половину плана: Милан остался невредим. Зато радикалы пострадали жестоко. Дело было подготовлено настолько хорошо, что никому из радикальных вождей не удалось бежать. Все они были теперь в когтях Милана, своего заклятого врага, и смертный приговор, уже предрешенный Миланом, был бы, несомненно, приведен в исполнение, если бы — ирония судеб! — не энергичное вмешательство русской дипломатии, которая поддерживала радикалов, как врагов австрофильской политики Милана. Вожди радикалов были присуждены к долголетним каторжным работам. Стоян Протич, нынешний министр внутренних дел, два года провел в ужасающих тюремных условиях, на цементном полу, в цепях и в арестантском халате с буквой Р (робиаш-арестант) на спине. Нынешний председатель старорадикального клуба скупщины, архиерей Коста Джюрич, один из основателей партии и влиятельнейший агитатор-демагог, проделал тот же самый каторжный курс — после того как был лишен сана и священнической бороды. Один только Никола Пашич, приговоренный к пятилетнему заключению, был немедленно помилован. Причина этого изъятия не выяснена и до сих пор. Но популярности Пашича был нанесен жестокий удар, долгое время казавшийся непоправимым. Пашича обвиняли в отступничестве и даже в предательствах. Припомнили его «своевременный» побег во время зайчарской буны. Если обвинение в предательствах осталось, по меньшей мере, недоказанным, то несомненным был, во всяком случае, факт уклончиво-осторожного поведения на суде. В противоположность мужественно-непримиримым заявлениям Протича, Пашич тщательно подчеркивал возможность компромисса между радикальной партией и Обреновичами. Друзья Пашича, и среди них первым Протич, объясняли помилование стремлением Милана искусственно выделить из радикальной партии опаснейшего врага и, скомпрометировав его в общественном мнении, сделать политически безвредным. Цель эта была, во всяком случае, достигнута — по крайней мере, на время. Против Пашича началась жестокая агитация в его собственной партии. Стало выделяться младорадикальное крыло, объявившее войну политике компромиссов и Пашичу, как ее злому вдохновителю. В течение двух-трех следующих лет Пашич стал политической невозможностью.
В 1901 году Александр женится на Драге и высылает Милана из Сербии, при чем пограничным солдатам отдано распоряжение стрелять в отставного монарха, если он попытается вернуться. А в апреле 1903 года — после новых coups d'etat, политических манифестаций и репрессий — офицерский заговор, подготовленный и выполненный в полном согласии с радикальной партией, ставит последнюю кровавую черту под историей династии Обреновичей.
После убийства Александра и Драги, во время новых парламентских выборов 1903 года, антипатия к Пашичу, как отступнику, была еще настолько велика и всеобща, что ни один из округов не решается вставить его имя в свой список кандидатов. И это несмотря на то, что ближайшие друзья его, как Протич, Пачу и Джюрич, оставались неизменно преданы ему, и, освободившись из тюрьмы, Протич в тот же день об руку с Пашичем совершил демонстративную прогулку по улицам Белграда. Пашич, однако, не опускает рук. Он переезжает из округа в округ, не смущается неудачами и достигает, наконец, того, что один из популярных старорадикальных крестьян, Станко Петрович, вносит его в свой список и проводит в депутаты. А через каких-нибудь три года после этого Никола Пашич становится абсолютным властителем Сербии, имя его пишется первым во всех списках, а остальные имена — не только депутатов, но и министров — зависят в первую голову от него.