В Москве решили не упускать благоприятного времени и попытаться возвратить государеву отчину воинскою силою. В январе 1590 года многочисленное русское войско выступило к шведским границам; сам царь находился при нем; воеводами были: в большом полку – князь Федор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами, в передовом полку – князь Дмитрий Хворостинин, считавшийся лучшим полководцем; при царе, в звании дворовых, или ближних воевод, находились Борис Годунов и Федор Никитич Романов. Яма была взята; двадцатитысячный шведский отряд под начальством Густава Банера был разбит князем Хворостининым близ Нарвы; несмотря на неудачный приступ к Нарве, отбитый с большою для русских потерею, шведы видели невозможность продолжать с успехом войну и 25 февраля заключили перемирие на один год, уступив царю Яму, Иван-город и Копорье, обещая уступить и больше на будущем съезде посольском. Съезд не повел ни к чему, потому что шведы уступали Корельскую область, но русские не хотели мириться без Нарвы. Военные действия, однако, кончились на этот раз неудачною осадою Иван-города шведами. Московское правительство не решалось предпринимать нового похода: приступ к Нарве показал, что осада больших крепостей не может обещать верного успеха; а правитель Годунов по характеру своему всего менее был способен прельщаться предприятиями, не обещавшими верного успеха; с другой стороны, несмотря на все нежелание Литвы заступаться за Швецию и нарушать перемирие с Москвою, нельзя было надеяться, что Сигизмунд польский останется долго спокойным зрителем успехов Москвы в войне с отцом его; Швеция одна не казалась опасною; от нее не трудно было получить желаемое, да и немногого от нее требовалось; чего наиболее должны были желать в Москве – удачного похода, этого достигли: и Швеции, и Польше, а главное, Литве, было показано, что Москва теперь не старая и не боится поднять оружия против победителей Грозного, и царь, которого называли не способным, водит сам полки свои; до сих пор приверженцы Феодора в Польше и Литве могли указывать только на успехи его внутреннего управления, теперь могли указывать и на успех воинский, а усилить приверженцев государя московского в Литве было важнее всего при том смутном состоянии, в котором находились владения Сигизмунда III. В Москву дали знать, что крымцы повоевали Литву, а Сигизмунд поехал к отцу и не возвратится в Польшу; тогда решили послать панам грамоты, припомянуть о соединенье, да и вестей проведать; посланы были грамоты от князя Мстиславского к кардиналу Раздвиллу, от Бориса Годунова к воеводе виленскому Радзивиллу, от Федора Никитича Романова к воеводе троцкому, Яну Глебовичу. Бояре извещали панов, что хан снова хочет идти на Литву, приглашали и царя воевать ее, но царь не согласился, что необходимо соединиться Литве с Москвою против неверных. Но эта задирка не повела ни к чему: паны благодарили за доброе расположение к ним царя, но прибавили, что по вестям из Крыма сам царь поднимает хана на Литву. В то же время московское правительство должно было двинуть войско к Чернигову и требовать удовлетворения за обиду, нанесенную ему, впрочем, без ведома польско-литовского правительства. И твердый Баторий принужден был горько жаловаться на своевольство запорожцев, которых он величал разбойниками: в 1585 году они посадили в воду Глембоцкого, которого он послал уговаривать их, чтоб не тревожили крымского хана, не нарушали договоров, с ним заключенных. Понятно, что своевольство козаков не могло укротиться по смерти Батория: собравшись из Канева, Черкас, Переяславля, они явились перед Воронежем, объявив тамошнему воеводе, что пришли стоять заодно против татар с донскими козаками; воевода поверил, давал им корм и поставил их в остроге у посада; но козаки ночью зажгли город и побили много людей. На жалобу московского правительства киевский воевода, князь Острожский, отвечал: «Писали паны радные к князю Александру Вишневецкому, велели ему схватить атамана запорожского, Потребацкого с товарищами, которые сожгли Воронеж; паны грозили Вишневецкому, что если он козаков не переловит, то поплатится головою, потому что они ведут к размирью с государем московским. Вишневецкий Потребацкого схватил и с ним 70 человек козаков».