Рукописная традиция болгаро-русской версии богата и разнообразна. Рукописи представляют несколько вариантов текста, и различия этих вариантов формируются в двух планах: во-первых, текстовые разночтения, во-вторых, интерполяции (т. е. позднейшие вставки и изменения; см. ниже). Разночтения в рукописях очень важны — они дают нам возможность судить о том, как древнерусские книжники воспринимали этот чужеродный и иногда непонятный для них текст. На местах ошибок, возникающих при переводе с греческого, в рукописях возникали узлы разночтений — переписчики, чувствуя шероховатость в тексте, пытались исправлять текст по своему разумению (без сверки с греческим оригиналом), а иногда появлялись глоссы на полях, поясняющие текст. Поэтому, чтобы понять восприятие текста средневековым читателем, необходимо изучать его по совокупности рукописей.
Отличительной чертой болгаро-русской редакции является наличие в ней интерполяций — вставок нравоучительного характера. По составу этих вставок мы можем делить рукописи на группы и подгруппы; есть группы, в которых интерполяции вовсе отсутствуют. Интерполяции появились в рукописях болгаро-русской редакции, возможно, сразу же при составлении редакции — во всяком случае, самые ранние рукописи уже содержат интерполяции. Изъятие интерполяций из текста было результатом вторичного редактирования. В двух рукописях XV в. (Синодальной и Рогожской) интерполяции отмечены глоссами на полях «иного-сущее», а в Синодальной рукописи они, кроме того, вычеркнуты. Есть еще рукопись XV в., — Троицкая, текст которой представляет особую редакцию: все интерполяции выброшены, текст сокращен, ему придан более «беллетристический» вид. В рукописях других групп тоже есть интерполяции — они иные, чем в Синодальной группе, и зачастую не воспринимаются как интерполяции, но характер их такой же. Во многих же рукописях XVII—XVIII вв. интерполяции изъяты совсем и памятнику возвращена его басенная сущность.
Наличие и отсутствие интерполяций связано с литературной средой и с литературной обстановкой, в которой существовал текст.
Получив в свои руки восточный басенный цикл, содержащий много афоризмов и нравоучительных сентенций, славянский переводчик — афонский монах — возможно, не придал значения басенному («беллетристическому») характеру памятника, а воспринял только его нравоучительную афористичность. Он усилил дидактическую сторону памятника, добавив туда еще ряд цитат, выдержек из святоотеческих книг. В средневековой письменности имели большое распространение сборники афоризмов (такие как «Пчела») и особенно нравственно-учительные сочинения, такие как «Лествица» Иоанна Синаита или поучения аввы Дорофея. Эти памятники и были источником нового интерполирования. Получается, что для составителя болгаро-русской редакции «Стефанит и Ихнилат» был не столько книгой басен (басни как жанр были ему, видимо, чужды), сколько своего рода «Пчелой», сборником афоризмов, который, следуя традиции, можно дополнять новыми по своему выбору и вкусу. Этим, по-видимому, и объясняется то пренебрежение к сюжету, с которым интерполяции вносятся в текст, — они часто прерывают фразу посередине, иногда полностью не соответствуют по смыслу тому, о чем раесказывается в тексте, иногда просто выглядят странно в данном контексте. Для книжника XV в. литературные особенности «Стефанита и Ихнилата» были чужды — этот памятник обладает чертами литературы Нового времени (неоднозначность героев — злодей говорит умные и благочестивые вещи и подчас вызывает сочувствие; основные моральные установки недостаточно четко выражены, читателю приходится самому оценивать этическую сторону происходящего — в то время как в привычной для него средневековой литературе все было четко, положительный герой говорил и делал все прекрасно, отрицательный — был резко черным; автор же четко и однозначно выражал «мораль притчи»), в нем есть увлекательный сюжет, закоторым нужно следить, и даже своеобразный юмор. Все это, по-видимому, было чуждо и книжнику, и читателю.
В XVII в. положение изменилось, возникала другая литературная ситуация, развились жанры демократических повестей, были сделаны новые переводы («Басни Эзопа», «Зрелище жития человеческого» и др.), и «Стефанит и Ихнилат» попал на свое место, его повествовательная природа ярко проявилась и закрепилась в рукописной традиции. Памятник стал переписываться вместе с другими повествовательными произведениями; сам он тоже стал меняться за счет распространения бытовых подробностей, увеличения деталей сюжетного повествования, интерполяции стали исчезать, начали появляться новые притчи из других источников. При этом книжная лексика частично заменилась на более понятную и даже бытовую.