Оппозиционная мюльгаузенская партия крепла и росла в повседневных мелких стычках с городской властью и патрициями. К началу 1525 года авторитет Совета окончательно пал, он перестал быть хозяином в собственном городе. Община ни в чем не доверяла верховной городской власти. Без согласия общины Совет ничего не в силах был предпринять. «Восьмерка» добилась даже того, что запасные ключи от городских ворот очутились в ее руках. Патриции почувствовали, что опасность угрожает им и за городскими стенами. Оппозиция могла в любой момент призвать к себе на помощь малоимущих жителей предместий и крестьян, открыв им доступ в город. Несмотря на свои явные симпатии к старой церкви, Совет оказался не в силах бороться с растущим движением масс. Хроники рассказывают о многочисленных случаях преследования католического духовенства, ограбления и уничтожения имущества церквей и монастырей.
Совет вынужден был еще в конце 1 524 года запретить католическим монахам совершать богослужение. Монахов выгоняли из монастырей и принуждали снимать свое монашеское платье; тех же, кто не шел на это, высылали из пределов города. Земельные владения мюльгаузенских монастырей подвергались конфискации, а принадлежавшие им дароносицы, чаши и прочие драгоценности изымались и хранились по описи в Совете или в общественных хранилищах. Привилегии, которыми раньше пользовалось духовенство, фактически были отменены, церковным учреждениям не уплачивали налогов, податей и процентов. В этом, в первую очередь, видна направляющая рука Генриха Пфейфера.
В отсутствие Мюнцера жена его, по свидетельству источников того времени, «подстрекала, насмехалась, собирала сходки», ходила с женщинами по монастырем и церквам Мюльгаузена и вела горячую пропаганду за введение нового богослужения.
Мюльгаузенский совет пытался получить поддержку от имперского правительства для подавления беспорядков в городе. Тайком от общины был отправлен посланец в Нюрнберг к эрцгерцогу Фердинанду, находившемуся там на очередном заседании сейма. Из этой затеи ничего не вышло, так как эрцгерцог успел покинуть Нюрнберг раньше, чем прибыл мюльгаузенский гонец.
Князья, которым принадлежали права надзора за имперским городом, непрерывно получали все новые и новые жалобы мюльгаузенских властей на действия революционных горожан.
Жалобы бесплодно ходили по княжеским канцеляриям, так как князья остерегались применить насилие по отношению к имперскому городу, — слишком Сильны были массы, а реакция еще не накопила сил для их разгрома. После неудачных попыток помочь духовенству восстановить свои попранные права и навести в Мюльгаузене обычный порядок герцоги Георг и Иоанн Саксонские решили вызвать в Зондергаузен представителей от Совета и общины Мюльгаузена. Там собирались судить мюльгаузенцев за ограбление доминиканского монастыря и смещение бургомистров, за пропаганду, которая велась в их городе, «по наставлению некоего, кто называет себя Мюнцером и раньше был в Альтштедте», и вызывала волнения в соседних городах и селениях, принадлежащих князьям.
Но этому зондергаузенскому судилищу так и не суждено было состояться. Раньше чем наступил назначенный для него день, началась крестьянская война в Тюрингии.
Князей в первую очередь беспокоило влияние мюльгаузенских проповедников на массы, тот пример революционного действия, который оказывал этот город на их собственные владения. Еще в марте они издали запрещение своим подданным посещать Мюльгаузен и поддерживать с ним какие-либо сношения. Мюльгаузен все больше и больше чувствовал себя осажденной крепостью и готовился к борьбе. В это время, как рассказывают хроники, в Мюльгаузен стекалась масса чужеземцев-беглецов, изгнанников и авантюристов — людей, пострадавших, недовольных существующими порядками и готовых принять участие в любом мятеже. Многие из них смыкались с революционной партией и увеличивали ее силы. Озлобленные, голодные и полунищие, они с восторгом слушали проповедь о великой борьбе против всех феодалов и богатеев, за всеобщее равенство, и готовились к этой борьбе.
Эти люди находили в Мюльгаузене приют и поддержку, прежде всего благодаря Мюнцеру, который в середине февраля возвратился в город.
Мюнцер сильно изменился за это полугодие: ушел из Мюльгаузена молодой, пламенный искатель высшей социальной правды, а возвратился грозный. пророк революции, непоколебимо верующий в близкое наступление великих революционных битв.
Всеобщая война низов против крепостников отодвигала все другие вопросы на задний план. Могучая энергия Мюнцера отныне направлена на достижение единственной цели, вое он оценивает с точки зрения пользы для дела начавшейся народной революции. Он уже ощущал ее первое дыхание во время своих прежних странствований. Теперь Германия была в огне гражданской войны.