Опираясь на присягу короля произвести реформу инквизиции, аррагонские кортесы послали проект этой реформы на утверждение папы Льва X. Но пока тянулись двухлетние хлопоты об этом утверждении, инквизиторы не дремали и арестовали в Сарагосе секретаря кортесов. В ответ на это насилие постоянная депутация открыла новое собрание. Карл приказал распустить его, но кортесы ответили, что аррагонские короли не имеют права нарушать законы, и затем издали декрет, запрещавший сбор налогов впредь до исполнения королевского обещания. Папа тоже вооружился в это время против испанской инквизиции и приказал было инквизиторам оставить свои должности, но ему не хватило мужества довести дело до исполнения, и даже, по просьбе Карла, он отменил свое распоряжение. При таких обстоятельствах, конечно, трудно было рассчитывать на исполнение желаний кортесов, и действительно, кроме освобождения секретаря собрания, представители сословий не добились ничего.
Не одно намерение поддержать инквизицию руководило Карлом в столкновении с кортесами. Это было продолжение давней борьбы испанских королей с привилегиями сословий, результат их стремлений сделать свою власть неограниченной и управлять страною по усмотрению.
Возникновение народных привилегий в Испании было тесно связано с освобождением ее от власти арабов. Когда оттесненные в горы предводители испанцев начали первые попытки к этому освобождению, они привлекали к себе воинов, наделяя их льготами, в отвоеванных провинциях создавали города и, в возмещение риска от соседства с арабами, давали их жителям права самоуправления и прочее. Таким образом возникли кортесы, представительные собрания дворян, духовенства и горожан, принимавшие участие в законодательстве, в контроле над финансами и судебною властью. В Аррагонии существовал даже высший судья, великий хустисия, который имел власть призвать граждан к оружию в случае нарушения их прав. Но по мере того, как падало могущество арабов, испанские короли стали стремиться уничтожить привилегии сословий. Сама благочестивая Изабелла искала случая нарушить вольности кортесов и говорила, что ее величайшим желанием было бы восстание аррагонцев, что позволило бы уничтожить их права. Этот случай представился Карлу V при деятельном участии инквизиции. В 1520 году недовольные королем и видя его стремление уничтожить старинные привилегии, сословия восстали под начальством Хуана Падильи и после несчастной для них битвы при Вильяларе потеряли почти всю свою самостоятельность. При Филиппе II и в Кастилии, и в Аррагонии на развалинах средневековой свободы уже процветала система правления на четырех основах – машинально-пассивном повиновении, страхе инквизиции, конфискациях и казнях. На этой тучной почве наследие Торквемады разрослось и зацвело с дотоле невиданным блеском. В 1520 году инквизиция добилась у короля нового указа об изгнании мавров, которые ютились еще в Аррагонии и Кастилии. Разрешение остаться в Испании давалось только желавшим креститься, но мавры попытались силою отстоять свою религию и хотя не успели в этом, однако получили право сохранить язык, одежду, оружие и право платить налоги наравне с коренными испанцами. Получив эти льготы, они крестились, и таким образом все мавры Испании обратились в морисков.