Побуждаемый своими слугами, он по примеру своих предшественников не оставил в покое морисков. В 1566 году он приказал им отказаться от национальной одежды, языка и обычаев и во всем сообразоваться с христианами. В три года они должны были изучить испанский язык и по истечении этого срока не читать и не писать по-арабски. Гренадскому суду было приказано в тридцать дней уничтожить все предосудительные книги, а другие разрешалось хранить, но не более как три года. Даже бани и ванны в частных домах уничтожались, чтобы изгладить всякую память о привычках магометан. При Филиппе III в 1609 году поступили проще: тогда решили совсем изгнать морисков. Об этом ходатайствовал Сандоваль, генерал-инквизитор и канцлер Испании. “Решение великое, да будет оно исполнено”, – сказал король на доклад министра Лермы об изгнании морисков. Исполнение этой меры духовенство приветствовало как великое благо Испании. Архиепископ Валенсии сулил испанцам как результат изгнания морисков богатство и счастье евреев во времена Соломона.
“Таким же счастием, – говорил он в своей проповеди, – будем наслаждаться и мы в Испании отныне впредь благодаря милосердию нашего государям отеческой заботливости его величества. У нас всего будет в изобилии: земля оплодотворится, и благословение снизойдет на нее. С тех пор, как эти проклятые окрестились, не было ни одного хорошего урожая. Теперь все годы будут урожайные, ибо эти гады навлекли своею ересью и своим богохульством бесплодие на землю. Всего, повторяю вам, будет у нас в изобилии”...
Пророчеству архиепископа не суждено было сбыться. Изгнание миллиона морисков, искусных земледельцев и промышленников, после прежних изгнаний, начиная с евреев, окончательно обессилило Испанию. Целые округа остались пустынными, приютами бродяг и разбойников, промышленность и торговля расстроились, земледелие упало... Политика произвола и нетерпимости принесла наконец все плоды, кроме изобилия, которое обещал архиепископ Валенсии. В 1667 году французский посол писал Людовику XIV, что нужда так велика в Испании, что с частных лиц собирают добровольные приношения. В этом же году пришлось отказаться от обложения народа новыми налогами, а старые подати собирать с понуждением силою. В 1680 году общее бедствие дошло до того, что в Мадриде даже торговцы соединялись в шайки и грабили состоятельных граждан. Одна война с Нидерландами стоила Испании 200 миллионов дукатов, а государственный долг возрос в царствование Филиппа II с 35 до 140 миллионов дукатов. Однако политика нетерпимости так въелась в характер испанцев, что в 1619 году профессор толедского университета дон Санчо де-Мекало предложил королю довершить объединение страны изгнанием цыган, “потому что, – говорил он, – постыдно терпеть такую вредную и развращенную нацию”... Этот проект профессора как нельзя лучше оправдывал мнение герцога Сен-Симона об испанской науке. Как писал он в 1722 году, наука в Испании была в пренебрежении, а невежество и тупость считались добродетелями.