Деление Думы на «чины» (бояре, окольничие, думные дворяне и думные дьяки) сохранялось до конца ее существования. В первый чин, наиболее важный и престижный, назначались лица из представителей самых знатных родов — Рюриковичей и Гедиминовичей (Воротынские, Мстиславские, Голицыны, Куракины и др.), а также старых московских боярских родов (Салтыковы, Шереметевы, Романовы, Морозовы, Шеины и др.) — их невозможно было обойти. Подсчитано, что все они были выходцами из менее чем шестидесяти наиболее древних и знатных фамилий. В XVII веке немалое число людей вошло в состав Думы благодаря родству с царями по женской линии: Стрешневы при царе Михаиле, Милославские и Нарышкины при его сыне и внуках. Но конечно же, большую роль играли личные и деловые качества — так возвысились Алексей Адашев и Иван Висковатов при молодом Иване Грозном, Артамон Матвеев и Афанасий Ордин-Нащокин при царе Алексее Михайловиче. В конце 70-х гг. XVII века в составе Думы было уже 97 человек, из них 42 боярина, 27 окольничих, 19 думных дворян и 9 думных дьяков. Аристократический характер Думы постепенно размывался — в Думу попадало все большее количество дворян и дьяков.
Собираясь в обычном составе, Дума слушала доклады по различным вопросам государственного управления и давала на них резолюции. Подготовка оснований для резолюции лежала на докладчике или поручалась тому приказу, который мог дать нужные справки.
Случайно уцелела «шпаргалка» царя Алексея Михайловича, показывающая, как он готовился к заседаниям Думы. Это список вопросов, предлагаемых на обсуждение бояр, и наброски того, что будет предлагать он сам. Готовясь к заседанию, царь явно навел некоторые справки, записал цифры, пометил, какие еще вопросы надо будет выяснить в таком-то приказе: там об этом осведомлены, сделают выписку, и по ней, поговорив с боярами, можно будет придти к решению; по каким-то вопросам у царя не сложилось мнение и он не берется предугадать, что решат бояре; по другим он в колебаниях и уступит, если станут возражать. Он даже старается угадать возражения и заготовить ответы. К примеру, шведское посольство хочет послать в Швецию гонца за новыми инструкциями. «Позволить не будет худа», записывает Алексей Михайлович. Но ведь гонец сообщит шведам московские вести? «Они давно все ведают и кроме сего гонца». По другим вопросам, как видно из записки, царь уже имеет твердое мнение, за которое он будет упорно бороться в Думе если встретит сопротивление.
Часто при первом чтении возникала необходимость навести дополнительные справки, и тогда Дума приказывала доложить дело вторично. При втором чтении, случалось, возникали сомнения, верно ли думные дьяки изложили первое чтение. Крупный впоследствии дипломат (он четверть века, в 1570-94 гг., возглавлял Посольский приказ) Андрей Щелкалов в молодые годы служил думным дьяком и был знаменит привычкой менять смысл указов по своему вкусу и разумению, за что не раз бывал наказан.
Важным источником участия общества в развитии страны были челобитные. Царь был доступен, поскольку ходил к службе в Успенский собор Кремля пешком, а так как Кремль был открыт, теоретически любой мог подать царю челобитную. Это был обычай, известный с первых великих князей московских. Особенно много желающих подать челобитную набиралось в праздники. При большом стечении народа редко кому удавалось передать ее лично в руки, но беды в том не было. Адам Олеарий описывает, как при приближении царя (Михаила Федоровича) люди в толпе поднимали челобитные над головой. Их собирал чиновник и уносил в Челобитный приказ. В случае надобности челобитчиков дополнительно расспрашивали, и по их челобитным и «расспросным речам» составляли доклад боярам. Далее челобитная получала либо «отказ», оставлявший ее без последствий, либо «указ», дававший ей ход. Во втором случае челобитная становилась «подписной» и отправлялась в тот или иной приказ, где делом занимались по существу, она была, пользуясь современным жаргоном, «на контроле». Челобитные по делам, превышавшим компетенцию приказов, минуя бояр, передавались прямо царю. Сохранилось немало челобитных с царскими резолюциями.
В.О. Ключевский показал исключительно важное значение «подписных челобитных». В них «выражались нужды отдельных лиц и целых обществ, указывались недостатки суда и управления», они влияли на развитие московского законодательства. «Это была наиболее обычная, так сказать, ежедневная форма участия общества в устроении общественного порядка [выделено мной — А.Г.]. В памятниках ХVІІ века есть многочисленные следы коллективных челобитных, поданных служилыми людьми московских чинов, дворянами разных уездов и другими классами с заявлением своих местных или сословных нужд, с указанием на какой-либо пробел в законодательстве. Эти челобитные подавались обычным порядком, как и другие частные просьбы, докладывались и подписывались думными дьяками, вызывали “выписи” и доклады из приказов, обсуждались в Думе и таким образом подавали повод к очень важным узаконениям».