Силы противника, сосредоточенные у границ базы и на прилегавших к ней островах, были сведены в так называемую «ударную группу Ханко», основу которой составлял 55-й полк, а также отдельные пехотные, артиллерийские и инженерно-строительные части со средствами усиления. Кроме этого в августе в эту группу вошел шведский добровольческий батальон. Финская авиация не представляла серьезной опасности для базы, но наличие в близлежащих районах значительного числа аэродромов и посадочных площадок, которые использовала германская авиация, создавали угрозу ВМБ и заставляли держать средства ПВО в постоянной готовности.
Активность противника, особенно его артиллерии, резко возросла с конца июня. Финны начали вести интенсивный артиллерийский и минометный обстрел. Одновременно в течение июля предпринимались несколько попыток прорвать оборону частей 8-й стрелковой бригады, но каждый раз, встречая сильное огневое противодействие, финны отходили на исходные позиции. Успешному отражению атак в большой степени содействовала береговая артиллерия. Имея хорошую связь с частями бригады и заранее пристрелянные рубежи на вероятных направлениях наступления противника, артиллерия оказывала эффективную поддержку сухопутным войскам.
Финские броненосцы береговой обороны предприняли несколько ночных артиллерийских обстрелов объектов базы с моря. Это происходило в ночь на 2, 12 и 14 июля, а также 2 сентября и 15 ноября. Береговые батареи их не наблюдали и поэтому противодействия не оказали. Торпедные катера к тому времени ВМБ покинули.
Оборона базы позволила не только отразить все удары противника, но в течение июля-августа захватить 19 финских островов. Однако после эвакуации Таллина положение военно-морской базы Ханко значительно осложнилось. Она оказалась в глубоком тылу противника, изолированной от главных сил флота. Организация сообщений с базами восточной части Финского залива, побережье которого почти на всем протяжении находилось в руках противника, в условиях большой минной опасности представляла исключительные трудности. Попытка снабжать ВМБ подводными лодками не увенчались успехом. Вышедшая 9 сентября в Ханко подводная лодка П-1 с грузом снарядов, медикаментов и продовольствия до места назначения не дошла — по-видимому, погибла от подрыва на минах.
В связи с изменением обстановки командование ВМБ перешло от активной обороны к жесткой. При дальнейшем укреплении оборонительных сооружений, вводился режим жесткой экономии всех запасов с расчетом обеспечить оборону базы до летней кампании 1942 г. своими собственными силами.
После оставления нашими войсками Таллина финны заметно активизировались, особенно их авиация и артиллерия. Ежедневно объекты ВМБ подвергались шести — восьми налетам, а артиллерия выпускала до 7000 снарядов и мин. Особенно сильному воздействию артиллерии подвергался аэродром. Для сохранения материальной части вокруг него построили подземные ангары, что позволило избежать потерь самолетов. Контрбатарейная борьба осложнялась необходимостью лимитировать артиллерийский боезапас. Но, несмотря на все ограничения, было ясно, что запасов до весны не хватит. Если угля имелось на год, то жидкого топлива — только на пять месяцев, продовольствия и дров — на четыре, а вот боезапас мог закончиться уже к новому году. К тому же, как отмечалось, с ледоставом база становилась крайне уязвима «с тыла», со стороны моря.
Все это было предсказуемо, и поэтому впервые об эвакуации базы заговорили еще в начале августа, но тогда хотели прежде всего воспользоваться войсками с Ханко для усиления обороны Таллина. Однако своими директивами от 13 и 14 августа нарком запретил эвакуацию. Позже, 21 августа Военный Совет КБФ вновь вернулся к идее эвакуации ВМБ Ханко, на этот раз ее войска хотели использовать для прорыва из Таллина в район Ленинграда по суше. И опять Ставка и нарком приказали всем оставаться на местах. Только 28 августа, когда силы КБФ уже двигались в Кронштадт, Главком Северо-Западного направления опять запросил у Ставки разрешение на эвакуацию ВМБ Ханко, но при этом сразу оговаривался, что это возможно только после завершения прорыва сил флота из Таллина. В этот же день разрешение получили, но стало уже не до Ханко: начался непосредственный штурм Ленинграда. Вновь об оставшейся далеко на западе базе вспомнили уже с началом ледостава.