В этот же день от близких разрывов авиабомб получили различные повреждения крейсер «Киров», минный заградитель «Марти», эсминцы «Гордый» и «Славный», канонерская лодка «Пионер». В частности на «Марти», стоявшему у стенки дока Сургина, осколками пробило борт и вывело из строя три орудия, в результате повреждения кабеля возник пожар. Осколочные повреждения получил и стоявший в сухом доке «Гордый». Больше других досталось «Славному», который в это время вел огонь по позициям германских войск. От близкого разрыва одной бомбы он не только получил осколочные пробоины, но от сотрясения вышли из строя сразу два котла. Во время маневрирования в гаванях Кронштадта тральщик Т-217 столкнулся с буксиром КП-17, а тральщик Т-211 — с тральщиком № 68. Кроме боевых кораблей 21 сентября в Кронштадте и на его рейдах авиация потопила транспорты «Леваневский», «Барта» и «Мария» (в 15:40), в также три баржи. В Ораниенбауме погибли гидрографическое судно «Базис» и плавкран.
Пострадал и сам Кронштадт. Большие разрушения получил Морской госпиталь, в который попало несколько предположительно 500-кг бомб. В результате разрушено западное крыло главного корпуса, погибло 53 человека и 27 — ранено. Также большие потери понесла так называемая Артминтерритория — погибло 50 и ранено 20 человек. Шестнадцать авиабомб взорвалось на территории Морского завода: частично разрушен механический цех с восточной стороны, погибло 7 и ранено 18 человек. Сильно пострадал Артиллерийский ремонтный завод. Здесь в главном корпусе оказались полностью уничтожены мастерские телемеханики, гидроакустики, радиоаппаратуры, оптических приборов, приборов управления артиллерийским огнем. Погибло семеро и ранено двое. В городе и гавани оказались повреждены нефтебаки и склады; разрушено и повреждено шесть жилых домов, перебита в нескольких местах главная магистраль водопровода, электросеть и повреждена насосная станция дока. В городе погибло 18 и ранено 28 человек.
Согласно отчету по ПВО КБФ в отражении налетов 21 сентября участвовали 22 батареи зенитной артиллерии, израсходовавшие 3024 снаряда и сбившие семь самолетов противника. Потеря семи машин вроде бы не подтверждается противником — но два истребителя-бомбардировщика были сбиты точно, по-видимому, это работа зенитчиков с «Сильного» и «Славного». Оба летчика воспользовались парашютами и были спасены гидросамолетом Не-59.
22 сентября авиационные удары по Кронштадту и кораблям в его гаванях и на рейдах продолжились. На этот раз ссылаться на элемент внезапности советским зенитчикам не приходилось. Однако флот вновь понес потери. События развивались следующим образом. В 14:40 начался первый налет, в котором участвовало по данным постов ВНОС 17 Ju-88, 7 Ju-87 и 6 Me-109. Одновременно по Кронштадту вела огонь артиллерия противника. Первыми жертвами авиации в 15:00 стали ремонтировавшийся у заводской стенки сторожевой корабль «Вихрь» и эсминец «Сильный». Правда, если первый затонул, то второй остался на плаву.
К началу налета «Сильный» вел огонь по позициям германских войск с Восточного рейда. Авиабомба попала в кормовую надстройку, в результате чего возник пожар, пришлось затопить артиллерийский погреб. Другая бомба упала в десяти метрах от борта, в корпусе образовалось около 300 пробоин. К моменту налета авиации эсминец имел введенными два главных котла, по одному в каждом эшелоне. Поэтому хотя из-за выхода из строя электрооборудования корабль обесточился, но турбонасосы работали, а потому борьба за живучесть была обеспечена как пожарной водой, так и водоотливной системой.
Из-за опасения взрыва кормовых погребов от пожара, по приказанию командира БЧ-5 затопили погреба № 3, 4, 5 и 7. Чуть позже, по приказанию командира корабля, затопили также погреб № 2, в котором произошло возгорание пороха. Поскольку главную угрозу для эсминца представляли пожары, в том числе на верхней палубе, то весь 76-мм боезапас, находившийся в кранцах первых выстрелов и у орудий главного калибра, полетел за борт. По этой же причине по приказанию командира корабля произвели выстрелы торпедами из торпедных аппаратов и сбросили за борт глубинные бомбы. После локализации пожара эсминец отбуксировали в гавань, где окончательно осушили затопленные помещения.
В доке «Памяти трех эсминцев» находился эсминец «Грозящий». С небольшим промежутком одна бомба попала в сам корабль, а одна разорвалась в доке по корме эсминца. Также поблизости разорвались два артиллерийских снаряда. Естественно, корабль получил ряд повреждений. Но самое страшное, что в нарушение правил постановки кораблей в док, на «Грозящем» имелось порядка 200 т мазута. Его воспламенение повлекло за собой взрыв топливной цистерны и сильный пожар.