Как ни парадоксально, но «головной боли» с обеспечением противоминной обороны конвоев в июне-июле у нас стало бы гораздо больше, если бы в то время специалисты флота располагали более полными сведениями о тактико-технических характеристиках минного оружия противника. Вплоть до начала августа считалось, что он ставил только «шведские» якорные мины типа «Мотала», «антенные мины с буйками неустановленного образца» (в действительности мины типа ЕМС с трубками КА), «буйковые мины с защитными буйками М-65» (в действительности минные защитники) и якорные подлодочные мины.
Факт постановки магнитных мин все еще не был выявлен, хотя в единичных случаях и возникали некоторые сомнения — например, в отношении обстоятельств гибели Т-208. Тогда, утром 24 июня создалось впечатление, что мина взорвалась не непосредственно под полубаком, а немного в стороне от борта. Более того, тральщик продержался на плаву в течение 40 минут, следовательно, в корпусе корабля образовались трещины, но не пробоина, которая является неизбежным следствием подрыва на якорной ударной мине. В противном случае Т-208 с его маломощными водоотливными средствами, вероятно, затонул бы гораздо быстрее.
Только значительно позднее, зимой 1941–1942 гг., при составлении отчета о боевой деятельности кораблей ОВР впервые высказали предположение о том, что Т-208 погиб от подрыва на донной магнитной мине, а до тех пор в штабе КБФ считалось, что обнаруженное на фарватере № 20 заграждение состояло из якорных ударных мин.
Бывали также недоразумения диаметрально противоположного характера. Так, например, 22 июня, когда в районе с глубиной моря 80 м в параванном охранителе эсминца «Смелый» взорвалась мина типа ЕМС, то на эсминце, поскольку взрыв произошел в стороне от борта корабля, сначала предположили подрыв на магнитной мине. Наоборот, 7 июля, когда тральщик «Петрозаводск» подорвался на траверзе маяка Толбухин на донной магнитной мине, предположили, что это якорная. Просто со 2-го по 7 июля на створе кронштадтских маяков из-за отсутствия тральщиков не производилось разведывательного траления, а потому сочли вероятным скрытую постановку в этот период с подводной лодки или самолета. Фарватеры КБ 1-а и КБ 1–6 немедленно закрыли для плавания кораблей и разрешили проход только вечером 8 июля, после того как оба фарватера протралили тралами Шульца. Якорных мин не вытралили, но точка зрения командования Кронштадтской ВМБ от этого не изменилась и о донных минах не думали.
Впрочем, если бы до начала августа выявили, что противник действительно ставил магнитные мины как на Черном море, о чем командование КБФ уведомили в первой половине июля, то это мало бы чего изменило. На Балтике до середины июля отсутствовали подготовленные к неконтактному тралению тральщики, а на большинстве кораблей и на всех транспортах — размагничивающие устройства. Но поскольку дальше подозрений о применении противником магнитных мин дело не шло, то о них в круговерти событий тотчас забывали, а потому и оснований для тревог не было. Все тральные задачи — разведывательное траление, проводка кораблей и судов за тралами, уничтожение минных заграждений — выполнялись контактными тралами, и никто еще не осознал, что такое траление являлось полноценным не во всех районах.
Одновременно с новой системой траления 16 июля штаб КБФ вводит инструкцию по организации конвойной службы. Формирование конвоев возлагалось на командиров ОВР Главной базы и Кронштадтской ВМБ. Эти же командиры устанавливали пункты передачи конвоев командирам участков, назначали командиров конвоев и выделяли конвойные силы в зависимости от ценности транспортов и грузов, а также давали командирам конвоев указания о маршруте перехода и доводили до них обстановку в районе перехода. В состав конвоя должно было входить не более пяти-шести судов с примерно одинаковой скоростью хода. Связь осуществлялась по радио с помощью таблицы условных сигналов. Командиру конвоя предоставлялось право вызова истребительной авиации с ближайших аэродромов.
В случае нападения артиллерийских кораблей противника выделенные в охранение конвоя корабли, а это чаще всего были тральщики и катера МО, могли рассчитывать только на свои собственные силы, так как в план обеспечения переходов конвоев специальные отряды поддержки не выделялись. Впрочем, в этом не усматривалось особой необходимости, поскольку к середине июля уже выявили общий характер повседневной боевой деятельности противника, вся активность которого в Финском заливе выражалась в использовании разведывательной авиации, подводных лодок и торпедных катеров.