Вице-премьер И.Клебанов озвучил версию столкновения «Курска» с противокорабельной миной времён Великой Отечественной войны, что возможно привело, также, к детонации торпеды. После выбора официальной версией «взрыв торпеды», предположение отпало само собой. Специалисты, знакомые с прочностными характеристиками атомных подводных лодок данного класса данную версию отвергали изначально. Один из членов государственной комиссии, который принимал подводную лодку от промышленности, капитан I ранга М.Волженский считает, что торпеду в аппарате могло заклинить из-за сильного механического удара по корпусу лодки. Волженский считает наиболее вероятной причиной катастрофы столкновение с иностранной подводной лодкой. По его мнению, «скользящий удар рулевого пера (горизонтальных рулей) мог привести к сильной деформации торпедных аппаратов «Курска». Этот вывод очень похож на вероятные причины катастрофы «Курска», изложенные 29 ноября 2000 г. в «Независимой газете». Сразу после катастрофы несколько адмиралов и официальных лиц утверждали, что «Курск» был торпедирован американской подводной лодкой. Затем эта версия стала умалчиваться в пользу официальной версии. Однако французский режиссер Жан-Мишель Карре, в своём фильме «Курск: подводная лодка в мутных водах», который был показан 7 января 2005 на французском телевидении France-2, утверждает, что «Курск» был торпедирован американской подводной лодкой «Мемфис». Согласно его версии, «Курск» выполнял показательный выстрел новой торпеды «Шквал», эти испытания наблюдались двумя американскими подводными лодками «Мемфис» и «Толедо». «Толедо» шел на опасной близости под прикрытием «Мемфис», который находился «в тени». В один момент, «Курск» и «Толедо» столкнулись, (видеозапись лежащего на дне «Курска» показывает длинные разрывы на его корпусе). Чтобы предотвратить выстрел «Курска» в «Толедо», (предполагается, что было услышано открытие трубы торпедного аппарата «Курска»), «Мемфис» открыл огонь торпедой Мк-48 по «Курску». Карре утверждает, что российский президент В.Путин преднамеренно скрыл правду о том, что случилось, чтобы не допустить резкого ухудшения отношений с США. Этой же версии придерживаются канадские документалисты и некоторые военные моряки запаса.
Для удаления из воздуха горючих газов (в первую очередь водорода, который может выделяться из аккумуляторов), в системе вентиляции подводных лодок применяются каталитические печи холодного беспламенного горения. Катализаторы содержат платину и палладий, что делает их желанной добычей для расхитителей оборудования на вторсырье. При отсутствии катализаторов водород мог накопиться в воздухе и взорваться от случайной искры, что могло повлечь взрыв боезапаса. Один из офицеров ВМФ запаса доказывал, что подводная лодка такого размера не имела права находиться под водой в этом месте по физическим причинам, выдвинул предположение, что в подводную лодку попала противокорабельная баллистическая ракета, запущенная с космодрома Плесецк. Были подвергнуты резкой критике результаты официального расследования обстоятельств катастрофы, в том числе в книге «Она утонула. Правда о «Курске», которую скрыл генпрокурор Устинов». Автор этой книги считал, что если бы российские власти сразу же обратилась за иностранной помощью, «то удалось спасти тех 23 моряков, которые находились в девятом отсеке и жили более двух с половиной суток» (по официальным данным, моряки были живы лишь в течение нескольких часов). В то же время согласился с выводами расследования о том, что на лодке произошёл взрыв торпед и отверг версию о её столкновении с американской подводной лодкой.
Президент В. Путин прервал свой отпуск, который он проводил в Сочи, только через пять дней после трагедии. На вопрос иностранного корреспондента о том, что произошло с подводной лодкой,
В.Путин дал ставший знаменитым ответ:
«Она утонула». 28 августа 2000 г. в эфир телеканала ОРТ вышла передача-программа С. Доренко, в которой шла резкая критика в адрес Путина по поводу гибели АПРК «Курск».
В соответствии с указом президента РФ от 26.08.2000 № -1578 все находившиеся на борту были посмертно награждены орденом Мужества, а командиру корабля присвоено звание Героя Российской Федерации.
В 2000 году было проведено несколько обследований затонувшей подводной лодки: с 13 по 19 августа при проведении спасательной операции обитаемыми подводными аппаратами Северного флота, 20–21 августа норвежскими и британскими водолазами-глубоководниками с норвежских судов «Normand Pioneer» и «Seaway Eagle». 21 августа в 13:47 норвежские водолазы открыли внутренний люк шлюзовой камеры, в 17:07 официально объявлено о гибели экипажа подводной лодки, детальное обследование в конце сентября с помощью глубоководных обитаемых аппаратов «Мир-1» и «Мир-2» с научно-исследовательского судна «Академик Мстислав Келдыш», в октябре — ноябре — необитаемыми подводными аппаратами и водолазами норвежской компании «Halliburton AS» с судна «Regalia».