Из воспоминаний ветерана Северного флота Н. Н. Козлова: «Виновным грозило самое суровое наказание. Однако через некоторое время пришла выписка из указа Председателя Президиума Верховного Совета М. И. Калинина: высшая мера виновникам катастрофы заменялась на десятилетний срок заключения. До этого командир Шуйский и капитан траулера просидели несколько десятков дней в камере смертников. Может быть, и сыграло положительную роль наше письмо вождю, не знаю, но оно явилось определенной проверкой порядочности командного состава подводников. Кстати, после указа отстали от нас и политотдельцы. С началом войны неожиданно К. Шуйский появился у нас на бригаде, его, как он сказал, «отпустили смывать преступление кровью»».
Однако отпустили Константина Матвеевича Шуйского не просто так. Все те же Колышкин, Козлов и другие с началом войны обратились к наркому ВМФ Кузнецову с просьбой вернуть опытного офицера-подводника на флот. Вслед за Шуйским переслали и его личное дело с многозначительным примечанием «с последующим отбытием срока заключения после войны». Впрочем, для того, чтобы исполнить это предписание, надо было еще остаться в живых.
Вначале Шуйского назначили старпомом подлодки К-3, которой командовал К. Малофеев. Командиром назначать его было нельзя, так как судимость еще не была снята. На К-3 Шуйский участвовал в четырех боевых походах, в которых были потоплены 2 транспорта и поврежден один корабль.
При этом судимость с Шуйского сняли только в 1942 году. Причиной к снятию послужили итоги знаменитого декабрьского боя в 1941 году К-3, которую вывел в море Магомет Гаджиев. Шуйский был в этом походе старпомом. Тогда подводная лодка потопила транспорт, подверглась преследованию, всплыла в надводное положение и расстреляла преследовавшие ее корабли охранения конвоя. В итоге орденами и медалями наградили весь экипаж, кроме одного человека – Шуйского: с него сняли судимость.
Вот как описывает события, которые изменили судьбу старпома К-3, историк Северного флота и писатель-маринист Сергей Ковалев: «19 февраля 1942 года подводная лодка Щ-403, которой командовал капитан-лейтенант Семен Коваленко, высадив на вражеский берег группу разведчиков, ночью в надводном положении выходила из Порсангер-фьорда. Внезапно она встретила немецкий отряд боевых кораблей в составе минного заградителя «Бруммер» и двух тральщиков, М-1502 и М-1503. На «щуке» вахтенный офицер, находившийся в рубке на командирском мостике, растерялся и вместо того, чтобы скомандовать: «Срочное погружение!», пригласил командира на мостик. Коваленко, поднявшись из прочного корпуса наверх, мгновенно оценил обстановку: лодку обнаружили, а один из тральщиков уже пытается выйти на таран. Расстояние между ним и Щ-403 резко сокращается, и о погружении, даже самом срочном, уже не может быть и речи. Более того, по лодке вражеские корабли открыли ураганный артиллерийский и пулеметный огонь. Командир «щуки» дал команду приготовить кормовые торпедные аппараты к залпу. И аппараты приготовили к стрельбе. Но в тот момент, когда уже нужно было выстрелить по минному заградителю, команда на залп до кормового отсека почему-то не дошла. Однако лодка все равно уклонилась от таранного удара тральщика. Вслед за ним в атаку на «щуку» вышел уже минный заградитель. Но командир прикинул по расстоянию до «Бруммера», что «по-срочному» они погрузиться успеют. Подал команду: «Срочное погружение!» – ив этот момент его тяжело ранило. Коваленко упал в ограждении рубки, прозванном подводниками за полукруглые обводы «лимузином». А вахтенный офицер, выждав короткое время, оглядел мостик и поспешил к рубочному люку. Крикнул: «Есть кто в «лимузине»?» Но ответа не последовало. А еще он увидел, как вниз, в прочный корпус, спускался кто-то, тяжело раненный, окровавленный, и офицер посчитал, что это командир. Но это был боцман.
Вахтенный офицер дал возможность мнимому командиру спуститься в центральный пост. И уже когда начал закрывать за собой рубочный люк, так как лодка шла на срочное погружение, то внезапно увидел в темноте лежащего командира, последними словами которого были: «Погружайтесь без меня!» Но что значило в той ситуации спасти командира лодки? Лодка успела погрузиться на глубину лишь семь метров. И таранного удара минного заградителя избежать ей не удалось, хотя и пришелся он вскользь по легкому корпусу, погнул перископы, перекосил ограждение рубки…
Коваленко остался жив. Немцы подобрали его из воды. Вначале выдавал себя за краснофлотца. Однако по агентурным сведениям немцы все же установили, что он командир подводной лодки. О мужественном поведении североморца в плену свидетельствует тот факт, что в 1944 году его расстреляли, по архивным свидетельствам, за попытку поднять восстание среди военнопленных в концлагере, который находился во Франции.
Щ-403, вот уж воистину счастливая «щука», оторвалась тогда от преследования и возвратилась в базу».