Это была своего рода Директория, очень мало зависящая от того, что когда-то Думой было избрано какое-то Правительство. И, конечно, совершенно прав государствовед Гинс, отмечающий, что санкция, данная грамотой председателя Облдумы, не соответствовала положению, выработанному Думой о временных органах управления Сибирью, по которой верховная власть принадлежала самой Думе. Это было Правительство, созданное жизнью, идущей мимо нежизненных фикций и формальностей. Думы ещё не было, а Правительство было налицо. И ему должна была принадлежать полнота власти на территории, освобождённой от большевиков. Это понял, по словам Гинса, Якушев, «тогда не успевший ещё окунуться в партийную политику»
[I, с. 97]. Но формально Правительство свою деятельность сцепляло неразрывными узами с Думой, что и послужило почвой, на которой выросли сложные и острые конфликты. В декларации Омского правительства 4 июля «торжественно» объявлялось во всеобщее сведение, что «ныне оно одно (т.е. Вр. Сиб. пр.) вместе с Сибирской Областной Думой является ответственным за судьбы Сибири… отныне никакая иная власть, помимо Вр. Сиб. пр., не может действовать на территории Сибири или обязываться от её имени». Не упоминая больше о Думе, Правительство почитало «своим священным долгом заявить, что созыв Всесиб. Учр. Собр., которому оно передаст свою власть, является его непреклонным намерением, к скорейшему осуществлению которого оно будет стремиться всеми силами». Однако… «Правительство полагает также совершенно необходимым объявить не менее торжественно, что оно не считает Сибирь навсегда оторвавшейся от тех территорий, которые в совокупности составляли державу Российскую, и полагает, что все его усилия должны быть направлены к воссоединению российской государственности» [«Хр.». Прил. 70].Сдача власти комиссариатом не прошла без трений. Возникло некоторое колебание: сдавать или не сдавать власть?