В 1953 году, когда на июльском пленуме ЦК рассматривалось дело Берии, некоторые члены политбюро упоминали, в частности, и об интригах Берии в отношении Орджоникидзе. Ворошилов: «Я вспоминаю, как в свое время, это известно и товарищам Молотову и Кагановичу, и в особенности тбилисцам-грузинам… и тем, которые здесь присутствуют, какую гнусную роль играл в жизни замечательного коммуниста Серго Орджоникидзе Берия. Он все сделал, чтобы оклеветать, испачкать этого поистине кристально чистого человека перед Сталиным. Серго Орджоникидзе рассказывал не только мне, но и другим товарищам страшные вещи об этом человеке».
Нечто подобное излагал на пленуме и Андреев: «Берия рассорил товарища Сталина и Орджоникидзе, и благородное сердце товарища Серго не выдержало этого: так Берия вывел из строя одного из лучших руководителей партии и друзей товарища Сталина». Микоян вспомнил, как за несколько дней до смерти Орджоникидзе поделился с ним своими тревогами: «Не понимаю, почему мне Сталин не доверяет. Я ему абсолютно верен, не хочу с ним драться, хочу поддержать его, а он мне не доверяет. Здесь большую роль играют интриги Берии, который дает Сталину неправильную информацию, а Сталин ему верит».
Официальная причина смерти Орджоникидзе, преподнесенная Сталиным, – «сердце не выдержало». В 1953, судя по выступлениям участников пленума, акцент опять-таки делался на сталинскую установку, только товарищ Орджоникидзе на этот раз скончался не потому, что не выдержал предательства «троцкистов», а потому, что его довели интриги Берии. Но, по мнению современных исследователей, роль Берии была несколько преувеличена. «Наследники Сталина», арестовав Берию из страха за свою безопасность, пока еще не знали, какого рода обвинение ему лучше всего предъявить. Ссылка же на его причастность к гибели всенародно любимого и почитаемого Орджоникидзе как нельзя лучше подходила в данной ситуации. В то время члены политбюро пока еще не решались говорить откровенно об истинных причинах конфликта между Сталиным и Орджоникидзе, поэтому объясняли все лишь происками коварного Берии. В то время все грехи некогда могущественного генсека вообще списывались на Берию – такова была партийная линия.
Никита Сергеевич Хрущёв уже спустя несколько лет после легендарного пленума говорил: «Мы создали в 1953 году, грубо говоря, версию о роли Берии: что, дескать, Берия полностью отвечает за злоупотребления, которые совершались при Сталине… Мы тогда еще никак не могли освободиться от идеи, что Сталин – друг каждого, отец народа, гений и прочее. Невозможно было сразу представить себе, что Сталин – изверг и убийца… Мы находились в плену этой версии, нами же созданной в интересах реабилитации Сталина: не Бог виноват, а угодники, которые плохо докладывали Богу, и поэтому Бог насылает град, гром и другие бедствия… Узнают люди, что партия виновна, наступит партии конец… Мы тогда еще находились в плену у мертвого Сталина и… давали партии и народу неправильные объяснения, все свернув на Берию. Нам он казался удобной для этого фигурой. Мы делали все, чтобы выгородить Сталина, хотя выгораживали преступника, убийцу, ибо еще не освободились от преклонения перед Сталиным».
И все-таки в отношениях между Орджоникидзе и Берией действительно замечались некоторые сложности. Орджоникидзе в партийной иерархии занимал гораздо более высокое положение, чем Берия. В 1932 году он даже смог воспрепятствовать решению Сталина выдвинуть Берию на пост руководителя Закавказской партийной организации. Об этом факте вспоминали С. З. Гинзбург и А. В. Снегова – один из руководящих работников Закавказского крайкома ВКП(б) в 1930-е годы. Кроме того, Гинзбург подчеркивал, что негативное отношение Орджоникидзе к Берии с годами лишь усиливалось и он нисколько этого не скрывал.
Некоторые следственные дела 1930–1950-х годов также свидетельствуют, хотя и косвенно, об этом. М. Звонцов, бывший второй секретарь Кабардино-Балкарского обкома, после ареста в 1938 году на допросе рассказывал о содержании беседы между Орджоникидзе и Беталом Калмыковым, руководителем партийной организации этого района: «Бетал задал вопрос: „Товарищ Серго, до каких пор этот негодяй будет возглавлять Закавказскую парторганизацию?„. Серго ответил: „Кое-кто ему еще доверяет. Пройдет время, он сам себя разоблачит““.