Первый секретарь ЦК компартии Азербайджана Багиров, выступая на следствии по делу Берии, сообщал, что в 1936 году Орджоникидзе самым подробным образом расспрашивал его о Лаврентии Павловиче, при этом отзывался о последнем крайне неодобрительно. «Орджоникидзе тогда понял уже всю неискренность и вероломство Берии, – говорил Багиров, – решившего любым средством очернить Орджоникидзе». О неприязненных отношениях между этими двумя партийцами рассказывали и ближайшие товарищи Берии по работе. Так, Шария показал: «Мне известно, что Берия внешне относился к Серго Орджоникидзе как бы хорошо, а в действительности говорил о нем в кругу приближенных всякие гадости». Гоглидзе по этому поводу говорил: «Берия в присутствии меня и других лиц допускал в отношении Серго Орджоникидзе резкие высказывания пренебрежительного характера… У меня складывалось впечатление, что Берия говорил это в результате какой-то личной злобы на Орджоникидзе и настраивал против него других».
О личной неприязни Берии к Серго свидетельствует и тот факт, что после смерти последнего была учинена расправа над многими его родственниками. По указанию Берии в мае 1941 года был арестован младший брат Орджоникидзе, Константин. Следствие по его делу длилось три года и не привело к каким-либо существенным результатам. Тем не менее Константин Орджоникидзе был осужден Особым совещанием и приговорен к 5 годам одиночного тюремного заключения. Берия еще дважды продлевал этот срок, причем второе постановление было подписано уже после смерти Сталина.
Но вряд ли только интриги Берии привели к гибели несгибаемого партийца Орджоникидзе. Здесь уместным будет вспомнить выступление Хрущёва на XX съезде партии: «Орджоникидзе мешал Берии в осуществлении его коварных замыслов… всегда был против Берии, о чем он говорил Сталину». И далее Хрущёв отмечает: «Вместо того чтобы разобраться и принять необходимые меры, Сталин допустил уничтожение брата Орджоникидзе, а самого Орджоникидзе довел до такого состояния, что последний вынужден был застрелиться».
В своих мемуарах Хрущёв приводит содержание последнего разговора между Орджоникидзе и Микояном (причем, воспоминания Микояна на данную тему в 1953 году несколько отличаются от версии Хрущёва). Если верить версии Никиты Сергеевича, то Орджоникидзе воспринимал сложившуюся в то время ситуацию как безысходную, но роль Берии при этом не упоминается. Никита Сергеевич рассказывает, как Микоян после смерти Сталина поведал ему в доверительной беседе, что незадолго до смерти Орджоникидзе заявил: «…не могу дальше жить: бороться со Сталиным невозможно, а терпеть то, что он делает, нет сил». И далее: «Сталин мне не верит; кадры, которые я подбирал, почти все уничтожены». Хрущёв настаивал на том, что главной причиной гибели Орджоникидзе стало его общее пассивно-упадническое настроение.
Другие факты свидетельствуют об обратном. Так, один из старейших грузинских большевиков и ближайших друзей Орджоникидзе М. Орахелашвили во время следствия в 1937 году дал следующие показания: «Я клеветнически отзывался о Сталине как о диктаторе партии, а его политику считал чрезмерно жестокой. В этом отношении большое влияние на меня оказал Серго Орджоникидзе, который еще в 1936 году, говоря со мной об отношении Сталина к тогдашним лидерам ленинградской оппозиции (Зиновьев, Каменев, Евдокимов, Залуцкий), доказывал, что Сталин своей чрезмерной жестокостью доводит партию до раскола и в конце концов заведет страну в тупик… Вообще я должен сказать, что приемная в квартире Орджоникидзе, а по выходным дням его дача… являлись зачастую местами сборищ участников нашей контрреволюционной организации, которые в ожидании Серго Орджоникидзе вели самые откровенные контрреволюционные разговоры, которые ни в коей мере не прекращались даже при появлении самого Орджоникидзе».
Конечно, это показание может выглядеть несколько сомнительным, но если из него исключить типичные для допросов того времени слова наподобие «контрреволюционный» или «клеветнический», то в целом можно представить настрой Орджоникидзе и его соратников по отношению к событиям 1930-х годов.
Кроме того, сам Сталин позволил себе высказаться о конфликтах с Орджоникидзе на февральско-мартовском пленуме ЦК. Генсек заявил, что Орджоникидзе как будто «страдал такой болезнью: привяжется к кому-нибудь, объявит людей лично ему преданными и носится с ними, вопреки предупреждениям со стороны партии, со стороны ЦК… Сколько крови он испортил на то, чтобы отстаивать против всех таких, как видно теперь, мерзавцев». После этого товарищ Сталин перечислил несколько фамилий соратников Орджоникидзе по работе в Закавказье. Именно их Орджоникидзе пытался защитить от ложных наветов и злобных преследований. И далее в докладе Сталина: «Сколько крови он себе испортил и нам сколько крови испортил». Не лишним будет заметить, что в то время Сталин уже привык отождествлять действия партии ЦК со своими собственными.